161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1030 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1030  PTS system fructose subfamily IIA component  100 
 
 
151 aa  299  9e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0323  PTS system, unknown pentitol phosphotransferase enzyme II component, putative  57.05 
 
 
156 aa  165  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.119677  normal  0.019889 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0352  PTS system fructose subfamily IIA component  56.38 
 
 
150 aa  157  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0295  PTS system fructose subfamily IIA component  55.7 
 
 
149 aa  154  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000182968 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0290  PTS system fructose subfamily IIA component  55.7 
 
 
149 aa  153  6e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1280  PTS system fructose subfamily IIA component  53.69 
 
 
150 aa  148  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.696517  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0297  PTS system fructose subfamily IIA component  52.98 
 
 
147 aa  145  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0601  PTS system fructose subfamily IIA component  53.38 
 
 
148 aa  143  9e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4898  PTS system fructose subfamily IIA component  50.33 
 
 
151 aa  135  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0346  hypothetical protein  51.97 
 
 
169 aa  134  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55769  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  49.34 
 
 
151 aa  131  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0237  PTS system fructose subfamily IIA component  50.33 
 
 
147 aa  130  7.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.697863  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0244  PTS system fructose subfamily IIA component  48.03 
 
 
151 aa  128  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.533558  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0221  PTS system fructose subfamily IIA component  55.88 
 
 
151 aa  125  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000694463 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0202  PTS system fructose subfamily IIA component  55.15 
 
 
151 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262504  normal  0.29106 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0407  PTS system fructose subfamily IIA component  47.37 
 
 
179 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3213  PTS system, fructose-specific IIA component  47.73 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0187  PTS system, fructose-specific IIA component  47.73 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1405  PTS system, fructose-specific IIA component  47.73 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0472  PTS system mannose/fructose/sorbose (Man) family IIA subunit  47.73 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0491  PTS system mannose/fructose/sorbose (Man) family IIA subunit  47.73 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2832  PTS system, fructose-specific IIA component  47.73 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508767  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0656  PTS system, fructose-specific IIA component  47.73 
 
 
219 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.719861  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6191  PTS system fructose subfamily IIA component  46.97 
 
 
156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2917  PTS system fructose subfamily IIA component  47.73 
 
 
156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2779  PTS system fructose subfamily IIA component  47.73 
 
 
156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4186  putative sugar transport PTS system IIA component  44.83 
 
 
186 aa  108  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2248  PTS system fructose subfamily IIA component  46.97 
 
 
156 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2862  PTS system fructose subfamily IIA component  46.97 
 
 
156 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.454457  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0529  PTS system fructose subfamily IIA component  44.83 
 
 
175 aa  108  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467487  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2873  PTS system fructose subfamily IIA component  46.97 
 
 
156 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.534201  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0411  PTS system, fructose-specific IIA component  46.97 
 
 
172 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.666556  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0441  PTS system fructose subfamily IIA component  46.97 
 
 
156 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.624983  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0260  PTS system fructose subfamily IIA component  47.14 
 
 
165 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1658  PTS system fructose subfamily IIA component  41.84 
 
 
140 aa  100  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.780383 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  42.62 
 
 
141 aa  99.4  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1953  PTS system fructose subfamily IIA component  39.01 
 
 
140 aa  92.4  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.478218  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0721  PTS system fructose subfamily IIA component  38.52 
 
 
131 aa  81.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  38.17 
 
 
138 aa  78.6  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0218  PTS system fructose subfamily IIA component  36.15 
 
 
130 aa  77.8  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0745  PTS system fructose subfamily IIA component  41.3 
 
 
130 aa  76.6  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4082  PTS system fructose subfamily IIA component  38.4 
 
 
129 aa  76.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2798  PTS system fructose subfamily IIA component  31.25 
 
 
135 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0469  PTS system fructose subfamily IIA component  37.1 
 
 
129 aa  70.5  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2131  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
134 aa  69.3  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.129231  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.376334 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  34.31 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0948  PTS system fructose subfamily IIA component  32.08 
 
 
137 aa  65.5  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  33.98 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  36.89 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  31.37 
 
 
163 aa  60.1  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  35.71 
 
 
133 aa  60.5  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0873  PTS system fructose subfamily IIA component  38.1 
 
 
131 aa  59.7  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2628  PTS system fructose subfamily IIA component  29.01 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.404863  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3020  PTS system, IIA component, putative  29.01 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  31.07 
 
 
133 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0076  PTS system fructose subfamily IIA component  37.39 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3086  PTS system fructose subfamily IIA component  31.07 
 
 
133 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0373385  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  33.98 
 
 
133 aa  58.9  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  33.65 
 
 
133 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  33.65 
 
 
133 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  29.41 
 
 
133 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  29.41 
 
 
133 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2903  PTS system fructose subfamily IIA component  35.29 
 
 
134 aa  57.4  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312046  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3386  PTS system fructose subfamily IIA component  33.08 
 
 
131 aa  57.4  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1176  PTS system fructose subfamily IIA component  30.1 
 
 
133 aa  57  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.718803 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2013  PTS system, IIA component  34.17 
 
 
133 aa  57  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0744543  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2094  PTS system, IIA component  34.17 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.98601  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02221  sugar transport protein  32.56 
 
 
130 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.201475  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0502  PTS system fructose subfamily IIA component  27.19 
 
 
138 aa  56.6  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  32.69 
 
 
133 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0148  phosphotransferase system, fructose subfamily IIA component  37.86 
 
 
138 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  28.87 
 
 
145 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3447  PTS system fructose subfamily IIA component  32.35 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0382  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  31.3 
 
 
139 aa  55.1  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4627  PTS system fructose subfamily IIA component  33.65 
 
 
135 aa  55.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156154  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0949  PTS system fructose subfamily IIA component  30.89 
 
 
130 aa  55.1  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.509875 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  34.31 
 
 
140 aa  54.7  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  33.01 
 
 
135 aa  54.7  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  31.65 
 
 
147 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0978  PTS system fructose subfamily IIA component  35.64 
 
 
130 aa  53.9  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0818  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  29.23 
 
 
326 aa  52.8  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0153  PTS system fructose subfamily IIA component  36 
 
 
139 aa  53.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.327367 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0804  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  30.1 
 
 
326 aa  52.8  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0155  PTS system fructose subfamily IIA component  35.92 
 
 
138 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1901  PTS system fructose subfamily IIA component  33.01 
 
 
165 aa  52.8  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.128091 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0166  PTS system fructose subfamily IIA component  35.92 
 
 
138 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0150  PTS system fructose subfamily IIA component  27.88 
 
 
141 aa  52.4  0.000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3022  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  28.24 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1973  PTS system, mannose-specific IIAB component  36 
 
 
322 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00730165  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1934  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  32.35 
 
 
133 aa  52  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.841781  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1486  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  36 
 
 
322 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1302  PTS system, mannose-specific IIAB component  36 
 
 
322 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000497751  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  36 
 
 
322 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  36 
 
 
322 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2051  PTS system fructose subfamily IIA component  34.86 
 
 
142 aa  52  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0825  PTS system fructose subfamily IIA component  31.86 
 
 
133 aa  52  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  39.68 
 
 
136 aa  52  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1883  PTS system, IIA component, putative  32.67 
 
 
130 aa  51.6  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.821865  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2021  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  33.08 
 
 
313 aa  50.8  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.511847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>