128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0407 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0407  PTS system fructose subfamily IIA component  100 
 
 
179 aa  359  1e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0290  PTS system fructose subfamily IIA component  64.05 
 
 
149 aa  186  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0295  PTS system fructose subfamily IIA component  64.05 
 
 
149 aa  185  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000182968 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0352  PTS system fructose subfamily IIA component  64.71 
 
 
150 aa  184  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1280  PTS system fructose subfamily IIA component  61.84 
 
 
150 aa  177  9e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.696517  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4898  PTS system fructose subfamily IIA component  55.03 
 
 
151 aa  154  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0297  PTS system fructose subfamily IIA component  55.03 
 
 
147 aa  152  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0237  PTS system fructose subfamily IIA component  57.72 
 
 
147 aa  150  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.697863  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0601  PTS system fructose subfamily IIA component  55.19 
 
 
148 aa  149  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0346  hypothetical protein  48.99 
 
 
169 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55769  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0244  PTS system fructose subfamily IIA component  47.65 
 
 
151 aa  118  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.533558  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  48.32 
 
 
151 aa  117  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1030  PTS system fructose subfamily IIA component  47.37 
 
 
151 aa  112  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0323  PTS system, unknown pentitol phosphotransferase enzyme II component, putative  42.68 
 
 
156 aa  108  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.119677  normal  0.019889 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0202  PTS system fructose subfamily IIA component  48.99 
 
 
151 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262504  normal  0.29106 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0221  PTS system fructose subfamily IIA component  48.32 
 
 
151 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000694463 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0260  PTS system fructose subfamily IIA component  40.54 
 
 
165 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0411  PTS system, fructose-specific IIA component  38.67 
 
 
172 aa  98.2  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.666556  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3213  PTS system, fructose-specific IIA component  39.86 
 
 
157 aa  97.8  7e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0187  PTS system, fructose-specific IIA component  39.86 
 
 
157 aa  97.8  7e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1405  PTS system, fructose-specific IIA component  39.86 
 
 
157 aa  97.8  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0472  PTS system mannose/fructose/sorbose (Man) family IIA subunit  39.86 
 
 
157 aa  97.8  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0491  PTS system mannose/fructose/sorbose (Man) family IIA subunit  39.86 
 
 
157 aa  97.8  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2832  PTS system, fructose-specific IIA component  39.86 
 
 
157 aa  97.8  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508767  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0656  PTS system, fructose-specific IIA component  38.67 
 
 
219 aa  97.4  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.719861  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4186  putative sugar transport PTS system IIA component  40.71 
 
 
186 aa  96.7  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6191  PTS system fructose subfamily IIA component  40 
 
 
156 aa  95.5  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2248  PTS system fructose subfamily IIA component  40.74 
 
 
156 aa  95.9  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2862  PTS system fructose subfamily IIA component  40.74 
 
 
156 aa  95.9  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.454457  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2873  PTS system fructose subfamily IIA component  40.74 
 
 
156 aa  95.9  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.534201  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2917  PTS system fructose subfamily IIA component  40.74 
 
 
156 aa  94.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2779  PTS system fructose subfamily IIA component  40.74 
 
 
156 aa  94.7  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0441  PTS system fructose subfamily IIA component  40 
 
 
156 aa  94.7  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.624983  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0529  PTS system fructose subfamily IIA component  40.71 
 
 
175 aa  94.7  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467487  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0218  PTS system fructose subfamily IIA component  42.19 
 
 
130 aa  90.1  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1953  PTS system fructose subfamily IIA component  36.81 
 
 
140 aa  89.4  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.478218  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1658  PTS system fructose subfamily IIA component  38.85 
 
 
140 aa  89.7  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.780383 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  38.46 
 
 
141 aa  83.2  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4082  PTS system fructose subfamily IIA component  41.54 
 
 
129 aa  77.4  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0469  PTS system fructose subfamily IIA component  39.69 
 
 
129 aa  73.6  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  36.92 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.376334 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0721  PTS system fructose subfamily IIA component  34.88 
 
 
131 aa  70.1  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3020  PTS system, IIA component, putative  37.5 
 
 
138 aa  68.6  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2628  PTS system fructose subfamily IIA component  37.5 
 
 
138 aa  68.6  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.404863  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  36.09 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0745  PTS system fructose subfamily IIA component  34.35 
 
 
130 aa  61.6  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2798  PTS system fructose subfamily IIA component  29.92 
 
 
135 aa  61.2  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  32.17 
 
 
147 aa  60.1  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2131  PTS system fructose subfamily IIA component  41.57 
 
 
134 aa  58.2  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.129231  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0948  PTS system fructose subfamily IIA component  32.81 
 
 
137 aa  58.2  0.00000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02221  sugar transport protein  34.62 
 
 
130 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.201475  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  33.85 
 
 
145 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  29.46 
 
 
172 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1068  PTS system fructose subfamily IIA component  32.03 
 
 
146 aa  49.7  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  31.58 
 
 
133 aa  48.5  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0949  PTS system fructose subfamily IIA component  33.85 
 
 
130 aa  48.5  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.509875 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0752  sugar transport protein  30.77 
 
 
130 aa  48.1  0.00006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0666  PTS system fructose subfamily IIA component  30.77 
 
 
130 aa  48.1  0.00006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  30.37 
 
 
322 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  30.37 
 
 
322 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1973  PTS system, mannose-specific IIAB component  30.37 
 
 
322 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00730165  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1302  PTS system, mannose-specific IIAB component  30.37 
 
 
322 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000497751  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1486  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  30.37 
 
 
322 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  34.19 
 
 
133 aa  48.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0502  PTS system fructose subfamily IIA component  27.36 
 
 
138 aa  48.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01787  fused mannose-specific PTS enzymes: IIA component/IIB component  30.37 
 
 
323 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0965607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1826  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  30.37 
 
 
323 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000156617  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01775  hypothetical protein  30.37 
 
 
323 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0856085  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1907  PTS system, mannose-specific IIAB component  30.37 
 
 
323 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2045  PTS system, mannose-specific IIAB component  30.37 
 
 
323 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000183907  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1371  PTS system, mannose-specific IIAB component  30.37 
 
 
323 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000647863  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2083  PTS system, mannose-specific IIAB component  30.37 
 
 
323 aa  47.8  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000444348  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2546  PTS system, mannose-specific IIAB component  30.37 
 
 
323 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000579402  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1926  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  31.85 
 
 
322 aa  47.8  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.684419  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  30.43 
 
 
133 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  30.43 
 
 
133 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2386  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIA subunit  31.11 
 
 
320 aa  46.6  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  38.89 
 
 
135 aa  46.6  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0345  PTS system, IIA component  24.41 
 
 
143 aa  45.8  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0464  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  25.4 
 
 
331 aa  46.2  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000451703  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2813  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  27.15 
 
 
323 aa  45.8  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.047129 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2219  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  31.11 
 
 
322 aa  45.8  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.854974  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0370  PTS system fructose subfamily IIA component  31.62 
 
 
152 aa  45.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0200  protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  27.41 
 
 
329 aa  45.4  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000259121  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  31.31 
 
 
140 aa  45.4  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  38.24 
 
 
136 aa  45.8  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0440  PTS system fructose subfamily IIA component  32.43 
 
 
133 aa  45.1  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0818  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  26.98 
 
 
326 aa  45.1  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0609  protein-N(pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (phosphotransferase system mannose/fructose-specific IIA component)  27.27 
 
 
323 aa  45.4  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000226836  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2368  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  28 
 
 
324 aa  45.1  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.15235  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1983  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  29.66 
 
 
318 aa  45.1  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1775  PTS system, IIA component  31.01 
 
 
152 aa  45.1  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.714918  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0466  PTS system fructose subfamily IIA component  32.43 
 
 
133 aa  45.1  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0594  PTS system fructose subfamily IIA component  32.43 
 
 
133 aa  45.1  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0232573  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0345  PTS system fructose subfamily IIA component  32.43 
 
 
133 aa  44.7  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251749 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2390  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
144 aa  44.7  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  33.02 
 
 
133 aa  44.7  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0804  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  26.98 
 
 
326 aa  44.7  0.0008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3022  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  34.85 
 
 
134 aa  44.3  0.0008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0358  PTS system fructose subfamily IIA component  32.43 
 
 
133 aa  44.3  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>