154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4898 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4898  PTS system fructose subfamily IIA component  100 
 
 
151 aa  304  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0352  PTS system fructose subfamily IIA component  71.81 
 
 
150 aa  204  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0295  PTS system fructose subfamily IIA component  67.76 
 
 
149 aa  201  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000182968 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0290  PTS system fructose subfamily IIA component  67.76 
 
 
149 aa  199  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0297  PTS system fructose subfamily IIA component  66.23 
 
 
147 aa  199  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0601  PTS system fructose subfamily IIA component  69.33 
 
 
148 aa  196  9e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1280  PTS system fructose subfamily IIA component  65.33 
 
 
150 aa  194  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.696517  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0237  PTS system fructose subfamily IIA component  62.25 
 
 
147 aa  180  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.697863  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0323  PTS system, unknown pentitol phosphotransferase enzyme II component, putative  52.56 
 
 
156 aa  156  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.119677  normal  0.019889 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0407  PTS system fructose subfamily IIA component  55.03 
 
 
179 aa  154  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1030  PTS system fructose subfamily IIA component  50.33 
 
 
151 aa  135  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0346  hypothetical protein  47.06 
 
 
169 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55769  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  49.36 
 
 
151 aa  130  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0244  PTS system fructose subfamily IIA component  45.45 
 
 
151 aa  121  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.533558  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0202  PTS system fructose subfamily IIA component  48.37 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262504  normal  0.29106 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0221  PTS system fructose subfamily IIA component  48.37 
 
 
151 aa  118  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000694463 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4186  putative sugar transport PTS system IIA component  44.37 
 
 
186 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0529  PTS system fructose subfamily IIA component  43.66 
 
 
175 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467487  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0411  PTS system, fructose-specific IIA component  45.93 
 
 
172 aa  108  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.666556  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0260  PTS system fructose subfamily IIA component  41.96 
 
 
165 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2917  PTS system fructose subfamily IIA component  44.36 
 
 
156 aa  106  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2779  PTS system fructose subfamily IIA component  44.36 
 
 
156 aa  106  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3213  PTS system, fructose-specific IIA component  45.19 
 
 
157 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0187  PTS system, fructose-specific IIA component  45.19 
 
 
157 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1405  PTS system, fructose-specific IIA component  45.19 
 
 
157 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0472  PTS system mannose/fructose/sorbose (Man) family IIA subunit  45.19 
 
 
157 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0491  PTS system mannose/fructose/sorbose (Man) family IIA subunit  45.19 
 
 
157 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2832  PTS system, fructose-specific IIA component  45.19 
 
 
157 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508767  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0656  PTS system, fructose-specific IIA component  45.19 
 
 
219 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.719861  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6191  PTS system fructose subfamily IIA component  42.86 
 
 
156 aa  103  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2248  PTS system fructose subfamily IIA component  42.86 
 
 
156 aa  103  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2862  PTS system fructose subfamily IIA component  42.86 
 
 
156 aa  103  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.454457  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2873  PTS system fructose subfamily IIA component  42.86 
 
 
156 aa  103  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.534201  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0441  PTS system fructose subfamily IIA component  42.86 
 
 
156 aa  103  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.624983  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  37.1 
 
 
141 aa  91.7  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0218  PTS system fructose subfamily IIA component  41.09 
 
 
130 aa  89.4  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4082  PTS system fructose subfamily IIA component  42.19 
 
 
129 aa  87.8  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0469  PTS system fructose subfamily IIA component  38.28 
 
 
129 aa  86.7  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1953  PTS system fructose subfamily IIA component  34.97 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.478218  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  38.69 
 
 
136 aa  85.1  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.376334 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1658  PTS system fructose subfamily IIA component  35.37 
 
 
140 aa  84  7e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.780383 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  36.15 
 
 
138 aa  76.6  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0721  PTS system fructose subfamily IIA component  35.48 
 
 
131 aa  72  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2131  PTS system fructose subfamily IIA component  38.06 
 
 
134 aa  70.9  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.129231  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2628  PTS system fructose subfamily IIA component  33.59 
 
 
138 aa  70.1  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.404863  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3020  PTS system, IIA component, putative  33.59 
 
 
138 aa  70.1  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  33.09 
 
 
147 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0745  PTS system fructose subfamily IIA component  32.8 
 
 
130 aa  65.1  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2798  PTS system fructose subfamily IIA component  32 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0948  PTS system fructose subfamily IIA component  31.53 
 
 
137 aa  60.5  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0200  protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  28.7 
 
 
329 aa  57.8  0.00000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000259121  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  30.56 
 
 
145 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3022  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  29.63 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  29.92 
 
 
172 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0818  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  29.63 
 
 
326 aa  56.2  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0804  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  29.63 
 
 
326 aa  55.1  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0464  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  30.91 
 
 
331 aa  53.9  0.0000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000451703  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0076  PTS system fructose subfamily IIA component  30.6 
 
 
135 aa  53.5  0.0000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  29.63 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0464  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  31.25 
 
 
332 aa  52.4  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000027828  normal  0.826743 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0361  PTS system, mannose-specific IIAB components  29.91 
 
 
336 aa  52  0.000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00370358  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  28.36 
 
 
133 aa  52  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2386  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIA subunit  30.95 
 
 
320 aa  51.6  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  28.97 
 
 
140 aa  51.2  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0502  PTS system fructose subfamily IIA component  27.34 
 
 
138 aa  51.2  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0540  PTS system fructose subfamily IIA component  28.1 
 
 
130 aa  50.8  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0873  PTS system fructose subfamily IIA component  29.7 
 
 
131 aa  50.4  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  29.73 
 
 
133 aa  50.8  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1902  PTS system, IIA component  24.48 
 
 
144 aa  50.4  0.000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00331996  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  30 
 
 
163 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0372  mannose PTS system component IIAB  28.97 
 
 
330 aa  50.1  0.000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000136714  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2021  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  29.29 
 
 
313 aa  50.1  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.511847  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2848  PTS system fructose subfamily IIA component  29.6 
 
 
133 aa  50.4  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707563  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1775  PTS system, IIA component  30.3 
 
 
152 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.714918  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2051  PTS system fructose subfamily IIA component  31.19 
 
 
142 aa  50.1  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0150  PTS system fructose subfamily IIA component  24.66 
 
 
141 aa  50.1  0.00001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  29.55 
 
 
322 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1973  PTS system, mannose-specific IIAB component  29.55 
 
 
322 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00730165  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  29.55 
 
 
322 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  28.81 
 
 
136 aa  49.7  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1302  PTS system, mannose-specific IIAB component  29.55 
 
 
322 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000497751  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1486  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  29.55 
 
 
322 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3386  PTS system fructose subfamily IIA component  28.71 
 
 
131 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  35.94 
 
 
135 aa  48.9  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  24.79 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  24.79 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0609  protein-N(pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (phosphotransferase system mannose/fructose-specific IIA component)  28.57 
 
 
323 aa  48.1  0.00004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000226836  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  28.18 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  27.52 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  26.61 
 
 
135 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  27.52 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3086  PTS system fructose subfamily IIA component  46.67 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0373385  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3205  PTS system fructose subfamily IIA component  27.27 
 
 
143 aa  47.8  0.00005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0382  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  30.21 
 
 
139 aa  47.4  0.00006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0153  PTS system fructose subfamily IIA component  32.73 
 
 
139 aa  47.8  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.327367 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4627  PTS system fructose subfamily IIA component  26.45 
 
 
135 aa  47.4  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156154  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1176  PTS system fructose subfamily IIA component  27.52 
 
 
133 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.718803 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0345  PTS system, IIA component  27.56 
 
 
143 aa  47  0.00009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1826  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  28.79 
 
 
323 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000156617  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  44.44 
 
 
133 aa  46.6  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>