203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1235 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  100 
 
 
133 aa  266  5e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  100 
 
 
133 aa  266  5e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1176  PTS system fructose subfamily IIA component  99.25 
 
 
133 aa  265  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.718803 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  93.23 
 
 
163 aa  250  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3086  PTS system fructose subfamily IIA component  92.48 
 
 
133 aa  247  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0373385  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  91.73 
 
 
133 aa  247  4e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  78.2 
 
 
133 aa  207  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  77.44 
 
 
133 aa  206  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0440  PTS system fructose subfamily IIA component  74.44 
 
 
133 aa  204  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0370  PTS system fructose subfamily IIA component  72.18 
 
 
152 aa  200  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0345  PTS system fructose subfamily IIA component  72.18 
 
 
133 aa  200  7e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0466  PTS system fructose subfamily IIA component  72.18 
 
 
133 aa  199  8e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0594  PTS system fructose subfamily IIA component  72.18 
 
 
133 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0232573  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0358  PTS system fructose subfamily IIA component  71.43 
 
 
133 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  70.45 
 
 
135 aa  197  3.9999999999999996e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  69.92 
 
 
133 aa  193  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2848  PTS system fructose subfamily IIA component  73.68 
 
 
133 aa  191  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707563  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  69.17 
 
 
133 aa  189  8e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  67.67 
 
 
133 aa  185  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  67.67 
 
 
133 aa  185  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2094  PTS system, IIA component  66.92 
 
 
133 aa  183  7e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.98601  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2013  PTS system, IIA component  66.92 
 
 
133 aa  183  8e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0744543  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0825  PTS system fructose subfamily IIA component  66.92 
 
 
133 aa  179  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4627  PTS system fructose subfamily IIA component  67.16 
 
 
135 aa  179  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156154  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3447  PTS system fructose subfamily IIA component  63.08 
 
 
134 aa  176  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  63.16 
 
 
133 aa  176  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2051  PTS system fructose subfamily IIA component  59.23 
 
 
142 aa  159  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2903  PTS system fructose subfamily IIA component  58.46 
 
 
134 aa  159  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312046  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  63.85 
 
 
135 aa  158  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0076  PTS system fructose subfamily IIA component  56.82 
 
 
135 aa  154  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  56.15 
 
 
140 aa  149  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1901  PTS system fructose subfamily IIA component  54.26 
 
 
165 aa  139  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.128091 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7371  PTS system permease (IIAMan), nitrogen regulatory IIA protein  72.5 
 
 
82 aa  124  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2437  PTS system fructose subfamily IIA component  54.03 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060686  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2561  PTS system fructose subfamily IIA component  50 
 
 
132 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0208  PTS system IIA component  50.81 
 
 
129 aa  114  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.787809 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1685  PTS system, IIA component  49.19 
 
 
132 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0318  PTS system fructose subfamily IIA component  49.19 
 
 
132 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.818339 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0153  PTS system fructose subfamily IIA component  48.89 
 
 
139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.327367 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0540  PTS system fructose subfamily IIA component  51.61 
 
 
130 aa  108  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1883  PTS system, IIA component, putative  45.38 
 
 
130 aa  103  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.821865  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2065  PTS system fructose subfamily IIA component  41.98 
 
 
147 aa  102  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2967  PTS system fructose subfamily IIA component  43.85 
 
 
131 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.434901  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1287  PTS system fructose subfamily IIA component  44.62 
 
 
130 aa  101  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.178169  hitchhiker  0.00000226517 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0148  phosphotransferase system, fructose subfamily IIA component  45.8 
 
 
138 aa  101  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0166  PTS system fructose subfamily IIA component  45.8 
 
 
138 aa  100  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0155  PTS system fructose subfamily IIA component  45.8 
 
 
138 aa  100  9e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2849  PTS system fructose subfamily IIA component  48.39 
 
 
141 aa  97.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0502  PTS system fructose subfamily IIA component  37.59 
 
 
138 aa  97.1  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0978  PTS system fructose subfamily IIA component  38.46 
 
 
130 aa  95.5  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  37.59 
 
 
136 aa  92.8  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  42.54 
 
 
147 aa  93.2  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0873  PTS system fructose subfamily IIA component  40 
 
 
131 aa  91.3  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3386  PTS system fructose subfamily IIA component  39.23 
 
 
131 aa  90.5  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1597  PTS system fructose subfamily IIA component  43.61 
 
 
136 aa  90.1  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  39.39 
 
 
145 aa  89  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  39.69 
 
 
172 aa  87.4  6e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2162  PTS system fructose subfamily IIA component  39.23 
 
 
130 aa  86.3  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1934  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  38.06 
 
 
133 aa  86.7  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.841781  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1775  PTS system, IIA component  41.61 
 
 
152 aa  84.3  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.714918  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  34.09 
 
 
138 aa  76.6  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  35.58 
 
 
141 aa  70.5  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4082  PTS system fructose subfamily IIA component  33.59 
 
 
129 aa  68.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0989  PTS system fructose subfamily IIA component  37.17 
 
 
146 aa  68.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3371  PTS system N-acetylgalactosamine-specific transporter subunit IIA component  37.17 
 
 
146 aa  68.6  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.530615 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0937  PTS system, N-acetylgalactosamine-specific IIA component  37.17 
 
 
146 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0464  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  30.15 
 
 
331 aa  67.4  0.00000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000451703  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  31.15 
 
 
136 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.376334 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2965  PTS system, IIA component  34.26 
 
 
134 aa  67.4  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1953  PTS system fructose subfamily IIA component  37.5 
 
 
140 aa  67.4  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.478218  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  33.65 
 
 
151 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0218  PTS system fructose subfamily IIA component  34.43 
 
 
130 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3020  PTS system, IIA component, putative  32.31 
 
 
138 aa  64.7  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2798  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3396  PTS system fructose subfamily IIA component  29.03 
 
 
145 aa  64.7  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2628  PTS system fructose subfamily IIA component  32.31 
 
 
138 aa  64.7  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.404863  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0244  PTS system fructose subfamily IIA component  33.65 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.533558  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0132  PTS system fructose subfamily IIA component  32.32 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0469  PTS system fructose subfamily IIA component  33.94 
 
 
129 aa  63.9  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0221  PTS system fructose subfamily IIA component  30.77 
 
 
151 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000694463 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4186  putative sugar transport PTS system IIA component  30.53 
 
 
186 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0120  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  32.8 
 
 
132 aa  62.4  0.000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000167564  hitchhiker  1.7476000000000002e-20 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1658  PTS system fructose subfamily IIA component  36.04 
 
 
140 aa  62.8  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.780383 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0529  PTS system fructose subfamily IIA component  33 
 
 
175 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467487  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6191  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
156 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2248  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
156 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2862  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
156 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.454457  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2873  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
156 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.534201  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2021  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  33.33 
 
 
313 aa  61.2  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.511847  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0441  PTS system fructose subfamily IIA component  32.38 
 
 
156 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.624983  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0200  protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  30.28 
 
 
329 aa  60.8  0.000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000259121  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0451  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  29.27 
 
 
322 aa  60.8  0.000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.178007  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2917  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
156 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2779  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
156 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0346  hypothetical protein  32.11 
 
 
169 aa  60.5  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55769  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2096  PTS system fructose subfamily IIA component  28.3 
 
 
142 aa  60.5  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0721  PTS system fructose subfamily IIA component  31.68 
 
 
131 aa  60.1  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  30.33 
 
 
322 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3213  PTS system, fructose-specific IIA component  32.38 
 
 
157 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  30.33 
 
 
322 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>