183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0346 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0346  hypothetical protein  100 
 
 
169 aa  338  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55769  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  86.09 
 
 
151 aa  268  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0221  PTS system fructose subfamily IIA component  94.7 
 
 
151 aa  265  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000694463 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0202  PTS system fructose subfamily IIA component  94.04 
 
 
151 aa  263  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262504  normal  0.29106 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0244  PTS system fructose subfamily IIA component  82.78 
 
 
151 aa  260  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.533558  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0260  PTS system fructose subfamily IIA component  60 
 
 
165 aa  164  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4186  putative sugar transport PTS system IIA component  65.35 
 
 
186 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0441  PTS system fructose subfamily IIA component  64.84 
 
 
156 aa  159  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.624983  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2873  PTS system fructose subfamily IIA component  64.06 
 
 
156 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.534201  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2779  PTS system fructose subfamily IIA component  64.06 
 
 
156 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2248  PTS system fructose subfamily IIA component  64.06 
 
 
156 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2917  PTS system fructose subfamily IIA component  64.06 
 
 
156 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2862  PTS system fructose subfamily IIA component  64.06 
 
 
156 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.454457  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6191  PTS system fructose subfamily IIA component  63.28 
 
 
156 aa  158  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0529  PTS system fructose subfamily IIA component  63.78 
 
 
175 aa  158  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467487  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0411  PTS system, fructose-specific IIA component  64.06 
 
 
172 aa  157  9e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.666556  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3213  PTS system, fructose-specific IIA component  63.28 
 
 
157 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0187  PTS system, fructose-specific IIA component  63.28 
 
 
157 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1405  PTS system, fructose-specific IIA component  63.28 
 
 
157 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0472  PTS system mannose/fructose/sorbose (Man) family IIA subunit  63.28 
 
 
157 aa  155  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0491  PTS system mannose/fructose/sorbose (Man) family IIA subunit  63.28 
 
 
157 aa  155  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2832  PTS system, fructose-specific IIA component  63.28 
 
 
157 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508767  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0656  PTS system, fructose-specific IIA component  64.29 
 
 
219 aa  154  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.719861  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1280  PTS system fructose subfamily IIA component  53.69 
 
 
150 aa  145  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.696517  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0352  PTS system fructose subfamily IIA component  53.69 
 
 
150 aa  142  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0295  PTS system fructose subfamily IIA component  52.03 
 
 
149 aa  141  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000182968 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0237  PTS system fructose subfamily IIA component  52.32 
 
 
147 aa  140  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.697863  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0290  PTS system fructose subfamily IIA component  52.03 
 
 
149 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0297  PTS system fructose subfamily IIA component  50.99 
 
 
147 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0601  PTS system fructose subfamily IIA component  51.01 
 
 
148 aa  137  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1030  PTS system fructose subfamily IIA component  51.97 
 
 
151 aa  134  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4898  PTS system fructose subfamily IIA component  47.06 
 
 
151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0323  PTS system, unknown pentitol phosphotransferase enzyme II component, putative  49.07 
 
 
156 aa  125  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.119677  normal  0.019889 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0407  PTS system fructose subfamily IIA component  48.99 
 
 
179 aa  120  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0218  PTS system fructose subfamily IIA component  51.18 
 
 
130 aa  111  5e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1953  PTS system fructose subfamily IIA component  41.43 
 
 
140 aa  110  7.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.478218  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  43.7 
 
 
136 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.376334 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1658  PTS system fructose subfamily IIA component  42.18 
 
 
140 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.780383 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  43.08 
 
 
138 aa  103  8e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4082  PTS system fructose subfamily IIA component  44.44 
 
 
129 aa  103  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  43.44 
 
 
141 aa  101  5e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0469  PTS system fructose subfamily IIA component  38.1 
 
 
129 aa  95.5  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0745  PTS system fructose subfamily IIA component  38.1 
 
 
130 aa  94  8e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2798  PTS system fructose subfamily IIA component  37.9 
 
 
135 aa  90.9  8e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0721  PTS system fructose subfamily IIA component  37.6 
 
 
131 aa  86.3  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  35.16 
 
 
136 aa  84.3  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2131  PTS system fructose subfamily IIA component  35.94 
 
 
134 aa  80.1  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.129231  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0502  PTS system fructose subfamily IIA component  39.29 
 
 
138 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0873  PTS system fructose subfamily IIA component  42.42 
 
 
131 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  37.8 
 
 
145 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3386  PTS system fructose subfamily IIA component  35.94 
 
 
131 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2628  PTS system fructose subfamily IIA component  32.54 
 
 
138 aa  75.1  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.404863  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3020  PTS system, IIA component, putative  32.54 
 
 
138 aa  75.1  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02221  sugar transport protein  37.4 
 
 
130 aa  75.1  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.201475  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0076  PTS system fructose subfamily IIA component  38.46 
 
 
135 aa  73.2  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  34.13 
 
 
133 aa  72  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0949  PTS system fructose subfamily IIA component  38.89 
 
 
130 aa  71.6  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.509875 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0948  PTS system fructose subfamily IIA component  29.69 
 
 
137 aa  69.7  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  32.86 
 
 
147 aa  68.2  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3447  PTS system fructose subfamily IIA component  31.25 
 
 
134 aa  67.8  0.00000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2162  PTS system fructose subfamily IIA component  35.16 
 
 
130 aa  68.2  0.00000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0978  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
130 aa  67.8  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  37.37 
 
 
135 aa  67.8  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1486  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  34.96 
 
 
322 aa  67  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1302  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.96 
 
 
322 aa  67  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000497751  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  34.96 
 
 
322 aa  67  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1973  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.96 
 
 
322 aa  67  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00730165  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  34.96 
 
 
322 aa  67  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2967  PTS system fructose subfamily IIA component  30.19 
 
 
131 aa  67  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.434901  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3396  PTS system fructose subfamily IIA component  34.4 
 
 
145 aa  65.9  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  35.51 
 
 
133 aa  65.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1883  PTS system, IIA component, putative  35.35 
 
 
130 aa  65.1  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.821865  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  31.75 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2386  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIA subunit  34.15 
 
 
320 aa  64.7  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  35.35 
 
 
140 aa  64.7  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  34.26 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01787  fused mannose-specific PTS enzymes: IIA component/IIB component  34.15 
 
 
323 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0965607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1826  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  34.15 
 
 
323 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000156617  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01775  hypothetical protein  34.15 
 
 
323 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0856085  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1907  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.15 
 
 
323 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2045  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.15 
 
 
323 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000183907  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2083  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.15 
 
 
323 aa  64.3  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000444348  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2546  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.15 
 
 
323 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000579402  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1371  PTS system, mannose-specific IIAB component  34.15 
 
 
323 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000647863  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2813  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  33.33 
 
 
323 aa  63.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.047129 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3022  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  29.46 
 
 
134 aa  63.2  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  31.53 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1901  PTS system fructose subfamily IIA component  35.35 
 
 
165 aa  63.2  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.128091 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  31.53 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2965  PTS system, IIA component  36.45 
 
 
134 aa  62.8  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  32.71 
 
 
163 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  32.8 
 
 
172 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  33.33 
 
 
133 aa  62.4  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  34.23 
 
 
133 aa  62.4  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  32.71 
 
 
133 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0666  PTS system fructose subfamily IIA component  32.52 
 
 
130 aa  62  0.000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1983  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  34.15 
 
 
318 aa  62  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0752  sugar transport protein  32.52 
 
 
130 aa  62  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  32.11 
 
 
133 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  32.11 
 
 
133 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>