212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3447 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3447  PTS system fructose subfamily IIA component  100 
 
 
134 aa  273  8e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  68.46 
 
 
135 aa  194  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2848  PTS system fructose subfamily IIA component  67.18 
 
 
133 aa  184  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707563  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4627  PTS system fructose subfamily IIA component  68.7 
 
 
135 aa  184  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156154  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2094  PTS system, IIA component  66.41 
 
 
133 aa  183  7e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.98601  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2013  PTS system, IIA component  65.65 
 
 
133 aa  182  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0744543  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  67.18 
 
 
133 aa  181  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0825  PTS system fructose subfamily IIA component  64.89 
 
 
133 aa  181  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  62.6 
 
 
133 aa  180  6e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  65.38 
 
 
163 aa  180  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3086  PTS system fructose subfamily IIA component  65.38 
 
 
133 aa  177  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0373385  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  64.62 
 
 
133 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  64.89 
 
 
133 aa  177  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  64.89 
 
 
133 aa  177  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  65.65 
 
 
133 aa  177  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  61.83 
 
 
133 aa  176  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  63.08 
 
 
133 aa  176  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  63.08 
 
 
133 aa  176  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1176  PTS system fructose subfamily IIA component  63.08 
 
 
133 aa  175  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.718803 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2903  PTS system fructose subfamily IIA component  59.4 
 
 
134 aa  173  6e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312046  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0466  PTS system fructose subfamily IIA component  61.83 
 
 
133 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0370  PTS system fructose subfamily IIA component  61.83 
 
 
152 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0440  PTS system fructose subfamily IIA component  61.83 
 
 
133 aa  169  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0594  PTS system fructose subfamily IIA component  61.83 
 
 
133 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0232573  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2051  PTS system fructose subfamily IIA component  59.7 
 
 
142 aa  168  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  61.83 
 
 
133 aa  167  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0345  PTS system fructose subfamily IIA component  60.77 
 
 
133 aa  167  5e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0358  PTS system fructose subfamily IIA component  61.07 
 
 
133 aa  167  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  62.12 
 
 
135 aa  167  6e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0076  PTS system fructose subfamily IIA component  57.69 
 
 
135 aa  159  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  56.92 
 
 
140 aa  151  2.9999999999999998e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1901  PTS system fructose subfamily IIA component  54.55 
 
 
165 aa  138  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.128091 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0208  PTS system IIA component  47.58 
 
 
129 aa  117  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.787809 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7371  PTS system permease (IIAMan), nitrogen regulatory IIA protein  65.82 
 
 
82 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0155  PTS system fructose subfamily IIA component  46.56 
 
 
138 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0166  PTS system fructose subfamily IIA component  46.56 
 
 
138 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0153  PTS system fructose subfamily IIA component  45.04 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.327367 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2065  PTS system fructose subfamily IIA component  39.85 
 
 
147 aa  111  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0148  phosphotransferase system, fructose subfamily IIA component  45.8 
 
 
138 aa  111  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1685  PTS system, IIA component  45.97 
 
 
132 aa  110  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0318  PTS system fructose subfamily IIA component  45.97 
 
 
132 aa  110  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.818339 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0540  PTS system fructose subfamily IIA component  48.39 
 
 
130 aa  109  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  39.85 
 
 
136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2437  PTS system fructose subfamily IIA component  48.39 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060686  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2561  PTS system fructose subfamily IIA component  45.97 
 
 
132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2967  PTS system fructose subfamily IIA component  43.94 
 
 
131 aa  108  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.434901  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1287  PTS system fructose subfamily IIA component  43.85 
 
 
130 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.178169  hitchhiker  0.00000226517 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0502  PTS system fructose subfamily IIA component  40.3 
 
 
138 aa  105  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1934  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  40.6 
 
 
133 aa  103  8e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.841781  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1883  PTS system, IIA component, putative  43.08 
 
 
130 aa  103  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.821865  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2849  PTS system fructose subfamily IIA component  46.77 
 
 
141 aa  97.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  37.98 
 
 
145 aa  97.4  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3386  PTS system fructose subfamily IIA component  40.91 
 
 
131 aa  97.1  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1597  PTS system fructose subfamily IIA component  42.31 
 
 
136 aa  95.5  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0873  PTS system fructose subfamily IIA component  39.39 
 
 
131 aa  94  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  37.21 
 
 
172 aa  94  7e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  35.66 
 
 
147 aa  93.6  8e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2162  PTS system fructose subfamily IIA component  38.46 
 
 
130 aa  91.7  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0978  PTS system fructose subfamily IIA component  34.62 
 
 
130 aa  88.6  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  38.4 
 
 
138 aa  88.2  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1775  PTS system, IIA component  39.23 
 
 
152 aa  87.8  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.714918  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0218  PTS system fructose subfamily IIA component  38.52 
 
 
130 aa  84.3  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4082  PTS system fructose subfamily IIA component  34.68 
 
 
129 aa  81.3  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3396  PTS system fructose subfamily IIA component  36.07 
 
 
145 aa  80.9  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  33.61 
 
 
136 aa  79  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.376334 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0818  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  32.33 
 
 
326 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0469  PTS system fructose subfamily IIA component  40.95 
 
 
129 aa  79  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0132  PTS system fructose subfamily IIA component  31.75 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  36.07 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1302  PTS system, mannose-specific IIAB component  36.07 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000497751  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  36.07 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1486  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  36.07 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1973  PTS system, mannose-specific IIAB component  36.07 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00730165  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3022  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  31.45 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0804  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  30.83 
 
 
326 aa  75.9  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2386  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIA subunit  35.25 
 
 
320 aa  75.1  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01787  fused mannose-specific PTS enzymes: IIA component/IIB component  36.07 
 
 
323 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0965607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1826  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  36.07 
 
 
323 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000156617  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01775  hypothetical protein  36.07 
 
 
323 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0856085  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0451  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  36.59 
 
 
322 aa  74.7  0.0000000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.178007  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2083  PTS system, mannose-specific IIAB component  36.07 
 
 
323 aa  74.7  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000444348  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0464  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  31.58 
 
 
331 aa  74.7  0.0000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000451703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2546  PTS system, mannose-specific IIAB component  36.07 
 
 
323 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000579402  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1907  PTS system, mannose-specific IIAB component  36.07 
 
 
323 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2045  PTS system, mannose-specific IIAB component  36.07 
 
 
323 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000183907  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1371  PTS system, mannose-specific IIAB component  36.07 
 
 
323 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000647863  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  37.86 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2965  PTS system, IIA component  35.19 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1795  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  30.08 
 
 
332 aa  72  0.000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.172068  hitchhiker  1.3720900000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0721  PTS system fructose subfamily IIA component  36.27 
 
 
131 aa  72.4  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1953  PTS system fructose subfamily IIA component  34.85 
 
 
140 aa  71.2  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.478218  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2813  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  33.61 
 
 
323 aa  70.9  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.047129 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1926  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  36.36 
 
 
322 aa  70.9  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.684419  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2219  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  35.54 
 
 
322 aa  70.5  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.854974  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1983  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  36.36 
 
 
318 aa  70.5  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2021  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  34.19 
 
 
313 aa  70.5  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.511847  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2798  PTS system fructose subfamily IIA component  32.26 
 
 
135 aa  70.5  0.000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2096  PTS system fructose subfamily IIA component  30.58 
 
 
142 aa  70.5  0.000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0200  protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  32.71 
 
 
329 aa  70.1  0.000000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000259121  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  36.11 
 
 
151 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>