52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3939 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3939  MobA/MobL protein  100 
 
 		 414 aa  859    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1164  hypothetical protein  34.92 
 
 		 452 aa  83.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.512447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  32.53 
 
 		 1100 aa  70.1  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  33.85 
 
 		 726 aa  70.1  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011093  SeSA_C0004  43 kDa relaxation protein  29.87 
 
 		 511 aa  70.1  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010659  SbBS512_D0003  mobilization protein A  29.87 
 
 		 516 aa  69.7  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.488217  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  31.06 
 
 		 1123 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  30.67 
 
 		 1100 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  29.61 
 
 		 730 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  29.74 
 
 		 974 aa  67.4  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  30.23 
 
 		 952 aa  67  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  29.84 
 
 		 1102 aa  67  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  29.84 
 
 		 1102 aa  66.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  30.32 
 
 		 1107 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  29.3 
 
 		 952 aa  62.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  28.95 
 
 		 998 aa  60.1  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  32.19 
 
 		 1000 aa  58.9  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  31.03 
 
 		 814 aa  58.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  32.19 
 
 		 1000 aa  58.9  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3827  MobA/MobL protein  27.57 
 
 		 234 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  29.89 
 
 		 1034 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.25 
 
 		 1102 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  24.9 
 
 		 719 aa  57.8  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  29.41 
 
 		 1034 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  30.41 
 
 		 1107 aa  57  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  28.76 
 
 		 447 aa  56.2  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.16 
 
 		 1356 aa  55.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  27.15 
 
 		 998 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30 
 
 		 1098 aa  54.3  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30 
 
 		 1098 aa  54.3  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.63 
 
 		 1095 aa  53.9  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  30.72 
 
 		 976 aa  53.5  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  30.72 
 
 		 976 aa  53.5  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  30.47 
 
 		 465 aa  53.5  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  30.23 
 
 		 506 aa  53.1  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  29.68 
 
 		 968 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  30 
 
 		 1006 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  30.23 
 
 		 501 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.07 
 
 		 1538 aa  51.2  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  28.3 
 
 		 1025 aa  50.4  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004253  pDOJH10S_p2  Mob  27.6 
 
 		 492 aa  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  28.39 
 
 		 982 aa  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.48 
 
 		 1536 aa  49.7  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.87 
 
 		 1245 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  25.95 
 
 		 544 aa  49.7  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  28 
 
 		 1039 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  28 
 
 		 985 aa  47.8  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  31.58 
 
 		 361 aa  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1193  MobA/MobL protein  21.21 
 
 		 507 aa  47.4  0.0004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  29.76 
 
 		 498 aa  47  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.26 
 
 		 1105 aa  46.2  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  25.57 
 
 		 673 aa  45.1  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>