More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3772 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3772  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 330 aa  668    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.316114  normal  0.0129317 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1249  porphobilinogen deaminase  87.65 
 
 		 326 aa  590  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000110847 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4018  porphobilinogen deaminase  86.81 
 
 		 326 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0276137  normal  0.309901 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1692  porphobilinogen deaminase  84.05 
 
 		 326 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2191  hydroxymethylbilane synthase  71.65 
 
 		 325 aa  447  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0710  porphobilinogen deaminase  38.77 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4579  porphobilinogen deaminase  37.04 
 
 		 312 aa  179  4e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  34.59 
 
 		 309 aa  175  9e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0495  porphobilinogen deaminase  36.48 
 
 		 314 aa  172  7.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  37.34 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  36.59 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0262  porphobilinogen deaminase  36.36 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.207863  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  35.53 
 
 		 351 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  35.65 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  34.38 
 
 		 318 aa  162  6e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1014  porphobilinogen deaminase  37.27 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0827893  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1124  porphobilinogen deaminase  33.44 
 
 		 311 aa  162  7e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.417261 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  36.71 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  34.48 
 
 		 314 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1258  porphobilinogen deaminase  34.8 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0491  porphobilinogen deaminase  33.33 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1225  porphobilinogen deaminase  34.8 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1259  porphobilinogen deaminase  36.28 
 
 		 308 aa  161  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.925729  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  34.38 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  34.48 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0357  porphobilinogen deaminase  35.37 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  34.48 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0549  Hydroxymethylbilane synthase  34.98 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.503516  normal  0.484278 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2170  porphobilinogen deaminase  31.69 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.160302  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  36.39 
 
 		 303 aa  160  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0011  porphobilinogen deaminase  31.69 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0237  hydroxymethylbilane synthase  36.73 
 
 		 331 aa  159  6e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8325  porphobilinogen deaminase  35.53 
 
 		 317 aa  159  8e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  34.07 
 
 		 316 aa  159  8e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1347  porphobilinogen deaminase  33.75 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  32.81 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05591  porphobilinogen deaminase  32.51 
 
 		 316 aa  158  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  34.06 
 
 		 311 aa  158  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  32.72 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4774  porphobilinogen deaminase  33.13 
 
 		 336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5131  porphobilinogen deaminase  33.75 
 
 		 322 aa  156  5.0000000000000005e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  33.33 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1838  porphobilinogen deaminase  36.22 
 
 		 305 aa  156  6e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3202  porphobilinogen deaminase  36.81 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0969809  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0427  porphobilinogen deaminase  34.88 
 
 		 322 aa  154  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.751162  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  33.96 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  33.54 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  32.5 
 
 		 310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0701  porphobilinogen deaminase  33.68 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.141584  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1022  porphobilinogen deaminase  32.78 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  33.65 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  34.71 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  33.23 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6729  porphobilinogen deaminase  37.07 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2032  porphobilinogen deaminase  33.96 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.759518 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1289  porphobilinogen deaminase  33.43 
 
 		 324 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0354  porphobilinogen deaminase  32.5 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  33.65 
 
 		 315 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  33.02 
 
 		 309 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0406  porphobilinogen deaminase  35.9 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.121842  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0845  porphobilinogen deaminase  35.2 
 
 		 312 aa  151  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.026448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1732  porphobilinogen deaminase  34.59 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0335479  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  32.51 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  33.33 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  32.7 
 
 		 310 aa  150  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2007  porphobilinogen deaminase  33.96 
 
 		 320 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0208  porphobilinogen deaminase  33.02 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.492293 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  31.33 
 
 		 318 aa  149  6e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  32.92 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  33.65 
 
 		 310 aa  149  8e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  32.29 
 
 		 310 aa  149  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  34.16 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2704  porphobilinogen deaminase  35.28 
 
 		 347 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4439  porphobilinogen deaminase  34.8 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  33.02 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  33.33 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  32.39 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1105  porphobilinogen deaminase  33.52 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.101851  normal  0.473763 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  32 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1427  porphobilinogen deaminase  31.58 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  34.77 
 
 		 314 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  31.33 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2966  porphobilinogen deaminase  35.44 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  31.55 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0963  porphobilinogen deaminase  31.9 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4621  porphobilinogen deaminase  31.37 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  33.33 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0496  porphobilinogen deaminase  31.06 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  33.33 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  33.33 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  31.15 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  33.33 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  32.81 
 
 		 313 aa  146  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  33.13 
 
 		 317 aa  146  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05221  porphobilinogen deaminase  31.06 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0950  porphobilinogen deaminase  31.69 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0471  porphobilinogen deaminase  34.14 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.834743 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0250  porphobilinogen deaminase  36.28 
 
 		 291 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1728  porphobilinogen deaminase  31.46 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.446766  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1796  porphobilinogen deaminase  32.2 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.160972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>