83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0074 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0074  pyrimidine 5-nucleotidase  100 
 
 		 233 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0135144 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0678  pyrimidine 5-nucleotidase  92.61 
 
 		 236 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0631  pyrimidine 5'-nucleotidase  87.07 
 
 		 233 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0812  pyrimidine 5-nucleotidase  83.04 
 
 		 235 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935066  normal  0.61408 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3699  pyrimidine 5-nucleotidase  80.36 
 
 		 237 aa  377  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3070  pyrimidine 5-nucleotidase  78.22 
 
 		 238 aa  370  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7331  HAD-superfamily hydrolase  78.48 
 
 		 231 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1899  pyrimidine 5'-nucleotidase  60.81 
 
 		 249 aa  282  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.226115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0082  pyrimidine 5'-nucleotidase  52 
 
 		 235 aa  240  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.723897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0449  hydrolase  54.26 
 
 		 250 aa  240  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2296  pyrimidine 5'-nucleotidase  53.98 
 
 		 243 aa  239  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.491142  normal  0.310547 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1204  pyrimidine 5'-nucleotidase  53.15 
 
 		 240 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00476471 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0071  pyrimidine 5'-nucleotidase  51.53 
 
 		 237 aa  238  6.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0142063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0867  pyrimidine 5'-nucleotidase  53.74 
 
 		 243 aa  237  9e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0065  pyrimidine 5'-nucleotidase  51.11 
 
 		 237 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.284923  decreased coverage  0.00705345 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1026  HAD superfamily hydrolase  51.08 
 
 		 234 aa  236  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3331  pyrimidine 5'-nucleotidase  52.63 
 
 		 268 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.142582 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0382  pyrimidine 5'-nucleotidase  51.58 
 
 		 232 aa  235  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0582701  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0294  pyrimidine 5'-nucleotidase  50.67 
 
 		 248 aa  234  7e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2341  pyrimidine 5'-nucleotidase  53.98 
 
 		 248 aa  234  8e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2620  pyrimidine 5'-nucleotidase  53.98 
 
 		 248 aa  234  8e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0626666 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0967  HAD superfamily hydrolase  50.65 
 
 		 234 aa  232  3e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1385  pyrimidine 5'-nucleotidase  52.86 
 
 		 243 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0603953  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0955  pyrimidine 5'-nucleotidase  51.53 
 
 		 249 aa  228  8e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.559689  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1357  pyrimidine 5'-nucleotidase  51.54 
 
 		 234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.593204  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3343  pyrimidine 5-nucleotidase  46.51 
 
 		 238 aa  193  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2390  putative pyrimidine 5'-nucleotidase  44.04 
 
 		 215 aa  179  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.664306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2912  pyrimidine 5'-nucleotidase  47.8 
 
 		 280 aa  175  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0657  pyrimidine 5'-nucleotidase  43.5 
 
 		 215 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.114356 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3943  pyrimidine 5'-nucleotidase  43.75 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1243  pyrimidine 5-nucleotidase  45.21 
 
 		 213 aa  168  6e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.882257  normal  0.476279 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0520  pyrimidine 5'-nucleotidase  41.89 
 
 		 215 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1870  hydrolase  41.89 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.777911  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2297  pyrimidine 5-nucleotidase  38.94 
 
 		 214 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4559  pyrimidine 5'-nucleotidase  42.86 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2827  pyrimidine 5-nucleotidase  41.28 
 
 		 237 aa  161  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112564  normal  0.0242793 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0455  pyrimidine 5'-nucleotidase  37.12 
 
 		 240 aa  161  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1836  pyrimidine 5-nucleotidase  39.17 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00207221  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3072  HAD family hydrolase  40.66 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791447  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0010  pyrimidine 5'-nucleotidase  40 
 
 		 221 aa  134  9e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.32249  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2923  pyrimidine 5'-nucleotidase  34.97 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0724502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1534  pyrimidine 5'-nucleotidase  33.15 
 
 		 216 aa  106  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.78669  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2986  pyrimidine 5'-nucleotidase  34.69 
 
 		 217 aa  106  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0234941  hitchhiker  0.000703738 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0541  pyrimidine 5'-nucleotidase  32.79 
 
 		 233 aa  102  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0032  hypothetical protein  32.97 
 
 		 287 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0181  HAD family pyrimidine 5-nucleotidase  34.05 
 
 		 322 aa  98.6  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3395  pyrimidine 5'-nucleotidase  32.43 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0500  hypothetical protein  31.55 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.354982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0628  HAD family pyrimidine 5-nucleotidase  29.83 
 
 		 212 aa  97.4  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.821924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3718  pyrimidine 5'-nucleotidase  33.16 
 
 		 285 aa  96.3  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2059  pyrimidine 5'-nucleotidase  26.52 
 
 		 214 aa  96.3  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.288048  normal  0.220082 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2256  pyrimidine 5-nucleotidase  28.02 
 
 		 241 aa  92.4  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  hitchhiker  0.0000228381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0141  pyrimidine 5-nucleotidase  34.94 
 
 		 334 aa  92  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0063  pyrimidine 5'-nucleotidase  31.72 
 
 		 252 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.264362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3097  pyrimidine 5'-nucleotidase  32.97 
 
 		 263 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.143226  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2483  pyrimidine 5-nucleotidase  32.97 
 
 		 263 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0380059  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3113  pyrimidine 5'-nucleotidase  32.43 
 
 		 263 aa  85.1  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.735685 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6448  HAD family hydrolase  30.81 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.895915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3144  pyrimidine 5'-nucleotidase  34.88 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3006  pyrimidine 5'-nucleotidase  34.88 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0337  pyrimidine 5'-nucleotidase  34.88 
 
 		 267 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4386  HAD family hydrolase  33.56 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3093  pyrimidine 5'-nucleotidase  34.11 
 
 		 263 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.274131 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_7521  predicted protein  28.42 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0283312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0159  HAD-superfamily hydrolase  29.73 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2909  HAD-superfamily hydrolase  34.11 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.378471  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2180  HAD-superfamily hydrolase  34.11 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0184  HAD-superfamily hydrolase  34.11 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610769  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0194  HAD-superfamily hydrolase  34.11 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3439  HAD-superfamily hydrolase  34.11 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3248  HAD-superfamily hydrolase  34.11 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.800899  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_18726  predicted protein  30.89 
 
 		 273 aa  71.6  0.000000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.245332 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_84214  suppressor of deletion of TFIIS  27.01 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.538947  normal  0.0127046 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15835  predicted protein  28.57 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0367369  normal  0.333156 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9879  predicted protein  25.97 
 
 		 188 aa  57.8  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.753142  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0477  HAD superfamily hydrolase  25.91 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.992519  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2065  beta-phosphoglucomutase family hydrolase  34.57 
 
 		 201 aa  44.3  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000166842  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20560  haloacid dehalogenase superfamily protein, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED/beta-phosphoglucomutase family hydrolase  29.51 
 
 		 246 aa  43.5  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.497192 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4215  HAD family hydrolase  37.66 
 
 		 226 aa  42.7  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.842339 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0493  HAD family hydrolase  30.17 
 
 		 230 aa  42.7  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0405108  hitchhiker  0.00191213 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6064  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  27.66 
 
 		 215 aa  41.6  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.219512  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06325  pyrimidine 5'-nucleotidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13470)  23.38 
 
 		 223 aa  41.6  0.01  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.882261  normal  0.0669048 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3898  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  27.19 
 
 		 233 aa  41.6  0.01  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>