81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0071 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0071  pyrimidine 5'-nucleotidase  100 
 
 		 237 aa  489  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0142063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0082  pyrimidine 5'-nucleotidase  74.36 
 
 		 235 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.723897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0065  pyrimidine 5'-nucleotidase  73.93 
 
 		 237 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.284923  decreased coverage  0.00705345 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0449  hydrolase  68.49 
 
 		 250 aa  333  1e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0967  HAD superfamily hydrolase  63.16 
 
 		 234 aa  300  1e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1026  HAD superfamily hydrolase  63.16 
 
 		 234 aa  300  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0382  pyrimidine 5'-nucleotidase  61.3 
 
 		 232 aa  295  5e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0582701  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1357  pyrimidine 5'-nucleotidase  63.88 
 
 		 234 aa  278  6e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.593204  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0678  pyrimidine 5-nucleotidase  52.89 
 
 		 236 aa  245  4e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7331  HAD-superfamily hydrolase  52.7 
 
 		 231 aa  242  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3070  pyrimidine 5-nucleotidase  48.92 
 
 		 238 aa  239  4e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3699  pyrimidine 5-nucleotidase  49.13 
 
 		 237 aa  238  5.999999999999999e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0074  pyrimidine 5-nucleotidase  51.53 
 
 		 233 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0135144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0631  pyrimidine 5'-nucleotidase  49.13 
 
 		 233 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2296  pyrimidine 5'-nucleotidase  51.09 
 
 		 243 aa  231  9e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.491142  normal  0.310547 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2620  pyrimidine 5'-nucleotidase  52.47 
 
 		 248 aa  228  6e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0626666 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2341  pyrimidine 5'-nucleotidase  52.47 
 
 		 248 aa  228  6e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0812  pyrimidine 5-nucleotidase  49.36 
 
 		 235 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935066  normal  0.61408 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0867  pyrimidine 5'-nucleotidase  50.65 
 
 		 243 aa  226  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0955  pyrimidine 5'-nucleotidase  50.22 
 
 		 249 aa  223  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.559689  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1385  pyrimidine 5'-nucleotidase  51.12 
 
 		 243 aa  222  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0603953  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0294  pyrimidine 5'-nucleotidase  49.55 
 
 		 248 aa  218  7e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1899  pyrimidine 5'-nucleotidase  48.89 
 
 		 249 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.226115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1204  pyrimidine 5'-nucleotidase  50.67 
 
 		 240 aa  209  4e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00476471 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3331  pyrimidine 5'-nucleotidase  47.03 
 
 		 268 aa  197  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.142582 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3343  pyrimidine 5-nucleotidase  47.44 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1243  pyrimidine 5-nucleotidase  44.8 
 
 		 213 aa  182  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.882257  normal  0.476279 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0455  pyrimidine 5'-nucleotidase  46.28 
 
 		 240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2390  putative pyrimidine 5'-nucleotidase  42.86 
 
 		 215 aa  179  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.664306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3943  pyrimidine 5'-nucleotidase  43.95 
 
 		 228 aa  175  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2297  pyrimidine 5-nucleotidase  43.89 
 
 		 214 aa  174  9e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1836  pyrimidine 5-nucleotidase  41.52 
 
 		 229 aa  168  7e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0657  pyrimidine 5'-nucleotidase  45.7 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.114356 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0520  pyrimidine 5'-nucleotidase  43.68 
 
 		 215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4559  pyrimidine 5'-nucleotidase  40.54 
 
 		 222 aa  162  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1870  hydrolase  43.68 
 
 		 215 aa  162  6e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.777911  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2827  pyrimidine 5-nucleotidase  44.2 
 
 		 237 aa  160  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112564  normal  0.0242793 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2912  pyrimidine 5'-nucleotidase  45 
 
 		 280 aa  158  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3072  HAD family hydrolase  41.57 
 
 		 220 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791447  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1534  pyrimidine 5'-nucleotidase  37.22 
 
 		 216 aa  125  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.78669  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0032  hypothetical protein  37.91 
 
 		 287 aa  124  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3395  pyrimidine 5'-nucleotidase  37.91 
 
 		 281 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0010  pyrimidine 5'-nucleotidase  35.78 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.32249  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3718  pyrimidine 5'-nucleotidase  38.46 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0628  HAD family pyrimidine 5-nucleotidase  36.52 
 
 		 212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.821924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2256  pyrimidine 5-nucleotidase  33.71 
 
 		 241 aa  115  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  hitchhiker  0.0000228381 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2923  pyrimidine 5'-nucleotidase  32.87 
 
 		 220 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0724502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0181  HAD family pyrimidine 5-nucleotidase  34.76 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2059  pyrimidine 5'-nucleotidase  28.11 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.288048  normal  0.220082 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0500  hypothetical protein  32.61 
 
 		 243 aa  99.8  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.354982 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2986  pyrimidine 5'-nucleotidase  33.33 
 
 		 217 aa  99.8  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0234941  hitchhiker  0.000703738 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0159  HAD-superfamily hydrolase  34.59 
 
 		 267 aa  98.6  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3093  pyrimidine 5'-nucleotidase  33.51 
 
 		 263 aa  96.3  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.274131 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2483  pyrimidine 5-nucleotidase  34.05 
 
 		 263 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0380059  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3097  pyrimidine 5'-nucleotidase  34.05 
 
 		 263 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.143226  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0141  pyrimidine 5-nucleotidase  35.29 
 
 		 334 aa  95.1  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3113  pyrimidine 5'-nucleotidase  40.31 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.735685 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6448  HAD family hydrolase  32.97 
 
 		 263 aa  94.4  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.895915  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3248  HAD-superfamily hydrolase  34.59 
 
 		 267 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.800899  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3439  HAD-superfamily hydrolase  34.59 
 
 		 267 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2909  HAD-superfamily hydrolase  34.59 
 
 		 267 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.378471  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2180  HAD-superfamily hydrolase  34.59 
 
 		 267 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0184  HAD-superfamily hydrolase  34.59 
 
 		 267 aa  93.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610769  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0194  HAD-superfamily hydrolase  34.59 
 
 		 267 aa  93.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0337  pyrimidine 5'-nucleotidase  31.89 
 
 		 267 aa  92.8  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3144  pyrimidine 5'-nucleotidase  39.53 
 
 		 263 aa  92.4  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3006  pyrimidine 5'-nucleotidase  39.53 
 
 		 263 aa  92  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0063  pyrimidine 5'-nucleotidase  29.09 
 
 		 252 aa  92  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.264362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0541  pyrimidine 5'-nucleotidase  31.02 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4386  HAD family hydrolase  30.27 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_7521  predicted protein  28.11 
 
 		 212 aa  67  0.0000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0283312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_18726  predicted protein  27.4 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.245332 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15835  predicted protein  29.75 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0367369  normal  0.333156 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9879  predicted protein  27.72 
 
 		 188 aa  52.8  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.753142  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06325  pyrimidine 5'-nucleotidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13470)  28.48 
 
 		 223 aa  52  0.000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.882261  normal  0.0669048 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3200  hydrolase  26.09 
 
 		 233 aa  45.8  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0777437 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_84214  suppressor of deletion of TFIIS  22.62 
 
 		 287 aa  45.8  0.0006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.538947  normal  0.0127046 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4659  HAD-superfamily hydrolase  31.9 
 
 		 184 aa  43.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2236  haloacid dehalogenase, type II  30.61 
 
 		 222 aa  42.7  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.765842  normal  0.282262 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2332  HAD superfamily hydrolase  28.57 
 
 		 215 aa  42.4  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000241683  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2976  hydrolase  25.22 
 
 		 233 aa  41.6  0.01  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.225792 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>