More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2003 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2003  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  100 
 
 
220 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.881736  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2490  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  69.09 
 
 
220 aa  309  2.9999999999999997e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000124934 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1472  butyryl-CoA:acetoacetate CoA-transferase alpha subunit  68.18 
 
 
220 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.146026  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0829  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  69 
 
 
200 aa  284  9e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.201615 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1383  acetate CoA-transferase  69.91 
 
 
217 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2277  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  64.79 
 
 
218 aa  281  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1855  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  63.26 
 
 
217 aa  275  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.945952 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0868  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  62.44 
 
 
215 aa  263  1e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1573  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  62.74 
 
 
215 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1136  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  59.24 
 
 
217 aa  258  3e-68  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0212  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  60.19 
 
 
217 aa  240  9e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3273  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  55.87 
 
 
225 aa  237  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02148  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase, alpha subunit  53.27 
 
 
220 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1437  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  53.27 
 
 
220 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.364395  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02107  hypothetical protein  53.27 
 
 
220 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.408134  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1429  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit alpha  53.27 
 
 
220 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00124064 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2362  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit alpha  53.27 
 
 
220 aa  230  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2370  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit alpha  53.27 
 
 
220 aa  230  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0895417  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1162  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit alpha  50.46 
 
 
218 aa  226  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.893752  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3169  acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transferase subunit alpha  50 
 
 
218 aa  225  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1075  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  52.78 
 
 
218 aa  218  5e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1910  butyryl-CoA:acetoacetate CoA-transferase alpha subunit  50.23 
 
 
218 aa  216  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1066  butyrate-acetoacetate CoA-transferase, subunit A  49.77 
 
 
214 aa  192  5e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.25272 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4457  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46.73 
 
 
233 aa  188  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.33812 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2608  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  47 
 
 
235 aa  186  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.357891 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4338  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  48.82 
 
 
225 aa  185  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.513534 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0054  3-oxoadipate CoA-transferase, A subunit  46.92 
 
 
282 aa  184  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.876381  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0056  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  46.92 
 
 
282 aa  184  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.16571  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1483  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  46.92 
 
 
282 aa  184  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1200  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  46.92 
 
 
282 aa  184  8e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.407177  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03175  succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A  48 
 
 
244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.840369  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0046  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  46.92 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1552  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  46.92 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1076  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  47 
 
 
221 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2658  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46 
 
 
272 aa  183  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1430  coenzyme A transferase  45.5 
 
 
237 aa  182  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.920311  normal  0.272732 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0067  3-oxoadipate CoA-transferase, A subunit  46.45 
 
 
282 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200296  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2248  butyryl-CoA:acetoacetate CoA-transferase alpha subunit  49.31 
 
 
218 aa  183  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4312  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  45.33 
 
 
235 aa  182  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.457397  normal  0.761681 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3037  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  43.12 
 
 
228 aa  182  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.625654  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6120  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  47.22 
 
 
235 aa  181  6e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.756785  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3129  3-oxoadipate CoA-transferase  45.79 
 
 
237 aa  181  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0959  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  45.96 
 
 
235 aa  181  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.248714  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0643  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A (pcaI)  43.93 
 
 
233 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.371061  normal  0.0641252 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2329  acetate CoA-transferase, subunit A  47.22 
 
 
232 aa  180  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001163  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2127  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  49.77 
 
 
221 aa  180  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1021  butyryl-CoA:acetate CoA transferase  44.65 
 
 
463 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5885  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46.54 
 
 
235 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0046  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  45.97 
 
 
237 aa  180  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0637  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  45.5 
 
 
216 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1505  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  50 
 
 
237 aa  179  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0571069  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1871  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  44.19 
 
 
231 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.17369 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1594  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  46.19 
 
 
237 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5092  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46.26 
 
 
235 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2597  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  44.19 
 
 
230 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.260319 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5436  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A  45.96 
 
 
235 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5288  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  45.5 
 
 
237 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.595074  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3720  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46.3 
 
 
235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2918  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  43.19 
 
 
233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000077275 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3951  3-oxoadipate CoA-transferase, subunit A  43.72 
 
 
231 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3158  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  45.97 
 
 
238 aa  178  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.913746  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3593  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  43.72 
 
 
231 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310124  normal  0.560913 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1262  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  43.66 
 
 
230 aa  179  4e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1683  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46.73 
 
 
232 aa  179  4e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5017  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  45.97 
 
 
238 aa  178  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5113  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  45.97 
 
 
238 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885555  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2113  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  47.2 
 
 
232 aa  178  4.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.203054  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4477  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  45.97 
 
 
238 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5746  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  45.97 
 
 
238 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2290  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46.01 
 
 
219 aa  178  4.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2403  acetate CoA-transferase, subunit A  46.76 
 
 
232 aa  177  7e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2575  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  44.76 
 
 
233 aa  178  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2140  acetate CoA-transferase subunit A  47.2 
 
 
232 aa  177  9e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2078  aetate CoA-transferase, alpha subunit  47.2 
 
 
232 aa  177  9e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2074  aetate CoA-transferase, alpha subunit  47.2 
 
 
232 aa  177  9e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2320  acetate CoA-transferase, subunit A  47.2 
 
 
232 aa  177  9e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2295  acetate CoA-transferase subunit A  47.2 
 
 
232 aa  177  9e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.603786  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2276  acetate CoA-transferase, subunit A  46.73 
 
 
232 aa  177  9e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3262  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  43.26 
 
 
267 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.569935  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3296  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  43.19 
 
 
229 aa  177  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2123  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  45.96 
 
 
236 aa  177  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.678104  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0600  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  45.83 
 
 
235 aa  177  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1570  fesuccinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A protein  44 
 
 
232 aa  176  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2254  3-oxoadipate CoA-transferase subunit A protein  44.91 
 
 
229 aa  176  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0955089  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0638  3-oxoadipate CoA-transferase, alpha subunit  45.83 
 
 
235 aa  176  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5289  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  43.72 
 
 
231 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.496045 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18930  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  47.55 
 
 
237 aa  177  2e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0745996  normal  0.773659 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1246  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  44.23 
 
 
235 aa  176  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.162076  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0808  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  44.23 
 
 
244 aa  177  2e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1477  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  42.52 
 
 
234 aa  176  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0128919  normal  0.171339 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6799  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  45.33 
 
 
235 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.704148  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4356  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  41.31 
 
 
229 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1120  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  46.63 
 
 
225 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1014  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  43.5 
 
 
233 aa  176  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2919  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  44.17 
 
 
245 aa  176  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3145  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  44.17 
 
 
245 aa  176  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  0.262067 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2060  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  44.12 
 
 
236 aa  176  4e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3043  3-oxoacid CoA-transferase, A subunit  44.17 
 
 
255 aa  175  4e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1163  3-oxoacid CoA-transferase, subunit A  43.69 
 
 
235 aa  175  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3047  acetate CoA-transferase, subunit A  45.79 
 
 
232 aa  175  5e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>