More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1134 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1651  allophanate hydrolase  71.79 
 
 		 601 aa  820    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4057  allophanate hydrolase  71.38 
 
 		 599 aa  816    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1134  allophanate hydrolase  100 
 
 		 597 aa  1180    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.918287 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3802  allophanate hydrolase  69.7 
 
 		 599 aa  805    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0724  allophanate hydrolase  71.21 
 
 		 631 aa  802    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5649  allophanate hydrolase  54.9 
 
 		 597 aa  629  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0611258  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4705  allophanate hydrolase  58.22 
 
 		 596 aa  608  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291506  normal  0.405374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4565  allophanate hydrolase  56.75 
 
 		 601 aa  593  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1587  allophanate hydrolase  55.31 
 
 		 607 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.556353  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1264  allophanate hydrolase  56.59 
 
 		 625 aa  586  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0676461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3721  allophanate hydrolase  55.61 
 
 		 611 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.640157  normal  0.348876 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3899  allophanate hydrolase  55.29 
 
 		 603 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4015  allophanate hydrolase  55.44 
 
 		 611 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3090  allophanate hydrolase  51.18 
 
 		 614 aa  548  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3691  allophanate hydrolase  55.32 
 
 		 599 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.669164  hitchhiker  0.00382205 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0035  allophanate hydrolase  50.84 
 
 		 600 aa  529  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3252  allophanate hydrolase  48.99 
 
 		 607 aa  530  1e-149  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.274052 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0704  allophanate hydrolase  51 
 
 		 604 aa  525  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6104  allophanate hydrolase  48.67 
 
 		 601 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0470749  normal  0.373295 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1418  allophanate hydrolase  53.05 
 
 		 609 aa  509  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6516  allophanate hydrolase  48.17 
 
 		 601 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2362  allophanate hydrolase  50.45 
 
 		 596 aa  502  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2607  allophanate hydrolase  50 
 
 		 601 aa  501  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0968313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1337  allophanate hydrolase  50.68 
 
 		 590 aa  500  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0944  allophanate hydrolase  47.33 
 
 		 628 aa  501  1e-140  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1893  allophanate hydrolase  51.05 
 
 		 596 aa  499  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0919605  normal  0.389908 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4244  amidase family protein  49.24 
 
 		 604 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3978  allophanate hydrolase  48.98 
 
 		 604 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3980  allophanate hydrolase  49.49 
 
 		 609 aa  491  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.143923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0075  allophanate hydrolase  50.67 
 
 		 600 aa  485  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0832  amidase  52.04 
 
 		 576 aa  479  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281479  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3031  allophanate hydrolase  52.72 
 
 		 621 aa  481  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.153598 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4450  allophanate hydrolase  49.83 
 
 		 624 aa  481  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2417  amidase  44.52 
 
 		 600 aa  479  1e-134  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000764006  decreased coverage  0.000000752111 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2749  allophanate hydrolase  46.91 
 
 		 601 aa  474  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1128  amidase family protein  44.37 
 
 		 598 aa  475  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5244  allophanate hydrolase  47.11 
 
 		 618 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4882  allophanate hydrolase  51.26 
 
 		 609 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00227153  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1106  allophanate hydrolase  49.08 
 
 		 616 aa  470  1.0000000000000001e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0605  allophanate hydrolase  50.89 
 
 		 589 aa  466  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1367  allophanate hydrolase  47.12 
 
 		 633 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0539112  normal  0.0518765 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0265  allophanate hydrolase  54.1 
 
 		 569 aa  468  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33811  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1793  amidase  44.26 
 
 		 598 aa  464  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0773  urea amidolyase  52.79 
 
 		 621 aa  463  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.827541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2164  allophanate hydrolase  49.34 
 
 		 600 aa  462  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.407047  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2503  allophanate hydrolase  49.53 
 
 		 600 aa  456  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1170  allophanate hydrolase  49.82 
 
 		 606 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6429  allophanate hydrolase  48.11 
 
 		 623 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2726  amidase  51.61 
 
 		 588 aa  445  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5922  amidase  47.78 
 
 		 623 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1361  amidase family protein  47.78 
 
 		 601 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.73258  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  46.21 
 
 		 1822 aa  438  1e-121  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2562  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  48.99 
 
 		 471 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.380191 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0905  allophanate hydrolase  47.92 
 
 		 565 aa  392  1e-107  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0617663  normal  0.0243366 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1385  putative urea amidolyase  50.32 
 
 		 502 aa  388  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209103  normal  0.0685044 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0675  amidase  47.73 
 
 		 523 aa  382  1e-104  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2026  allophanate hydrolase  41.75 
 
 		 620 aa  382  1e-104  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00515842  hitchhiker  0.0041282 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5227  allophanate hydrolase  51.66 
 
 		 484 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.235353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1841  allophanate hydrolase  43.88 
 
 		 578 aa  375  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1822  allophanate hydrolase  43.88 
 
 		 578 aa  375  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1888  allophanate hydrolase  43.88 
 
 		 578 aa  375  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0767  allophanate hydrolase  40.78 
 
 		 569 aa  355  1e-96  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16950  allophanate hydrolase  46.07 
 
 		 603 aa  349  7e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.905265  normal  0.473581 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3887  allophanate hydrolase  44.22 
 
 		 553 aa  348  2e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012688  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3670  amidase  41.94 
 
 		 627 aa  334  3e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1595  allophanate hydrolase  43.9 
 
 		 554 aa  333  5e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3052  amidase  43.04 
 
 		 467 aa  331  2e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.242622  normal  0.179193 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4052  allophanate hydrolase  41.35 
 
 		 540 aa  327  3e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1484  amidase  43.09 
 
 		 460 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3729  allophanate hydrolase  44.33 
 
 		 572 aa  322  9.999999999999999e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2764  amidase  44.16 
 
 		 467 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2808  amidase  44.16 
 
 		 467 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.294171 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0711  allophanate hydrolase  42.96 
 
 		 595 aa  318  2e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000523817 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6163  amidase  43.12 
 
 		 456 aa  311  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.649279 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0417  amidase  43.01 
 
 		 437 aa  299  9e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0350631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1114  Urea carboxylase  57.46 
 
 		 248 aa  236  6e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1891  Urea carboxylase  57.46 
 
 		 248 aa  236  6e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.04 
 
 		 483 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  35.76 
 
 		 459 aa  177  6e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6070  Amidase  35.56 
 
 		 458 aa  177  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1170  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.95 
 
 		 479 aa  176  9.999999999999999e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1453  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.13 
 
 		 477 aa  169  1e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.67645  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.01 
 
 		 482 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.39 
 
 		 480 aa  169  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2168  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.91 
 
 		 485 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2615  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.01 
 
 		 482 aa  168  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1701  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.91 
 
 		 483 aa  167  4e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.79 
 
 		 485 aa  167  4e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3369  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.38 
 
 		 495 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  34.73 
 
 		 456 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  33.63 
 
 		 463 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.39 
 
 		 485 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  34.19 
 
 		 491 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0760  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.05 
 
 		 483 aa  164  5.0000000000000005e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0363405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1500  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  33.97 
 
 		 476 aa  164  6e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0473179 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.68 
 
 		 475 aa  163  7e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.82 
 
 		 475 aa  162  1e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.01 
 
 		 482 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0721  glutamyl-tRNA, putative  31.49 
 
 		 534 aa  161  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1700  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.48 
 
 		 483 aa  161  4e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>