More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4057 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4057  allophanate hydrolase  100 
 
 
599 aa  1180    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1134  allophanate hydrolase  71.38 
 
 
597 aa  807    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.918287 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3802  allophanate hydrolase  85.31 
 
 
599 aa  996    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0724  allophanate hydrolase  74.62 
 
 
631 aa  837    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198387  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1651  allophanate hydrolase  81.91 
 
 
601 aa  962    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426553  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4705  allophanate hydrolase  61.99 
 
 
596 aa  633  1e-180  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291506  normal  0.405374 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5649  allophanate hydrolase  54.56 
 
 
597 aa  631  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0611258  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1587  allophanate hydrolase  56.78 
 
 
607 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.556353  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4565  allophanate hydrolase  58.18 
 
 
601 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3899  allophanate hydrolase  58.22 
 
 
603 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1264  allophanate hydrolase  57.43 
 
 
625 aa  590  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0676461  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3721  allophanate hydrolase  56.45 
 
 
611 aa  587  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.640157  normal  0.348876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4015  allophanate hydrolase  56.73 
 
 
611 aa  581  1e-164  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3090  allophanate hydrolase  52.12 
 
 
614 aa  565  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3252  allophanate hydrolase  51.51 
 
 
607 aa  558  1e-158  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.274052 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0704  allophanate hydrolase  54.24 
 
 
604 aa  553  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0035  allophanate hydrolase  52.27 
 
 
600 aa  552  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3691  allophanate hydrolase  54.01 
 
 
599 aa  536  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.669164  hitchhiker  0.00382205 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1893  allophanate hydrolase  53.48 
 
 
596 aa  528  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0919605  normal  0.389908 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1418  allophanate hydrolase  53.76 
 
 
609 aa  526  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6104  allophanate hydrolase  49.33 
 
 
601 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0470749  normal  0.373295 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0944  allophanate hydrolase  48.61 
 
 
628 aa  511  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6516  allophanate hydrolase  49.66 
 
 
601 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0075  allophanate hydrolase  51.01 
 
 
600 aa  503  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2607  allophanate hydrolase  50.84 
 
 
601 aa  503  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0968313 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2362  allophanate hydrolase  48.99 
 
 
596 aa  503  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1106  allophanate hydrolase  52.63 
 
 
616 aa  503  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2749  allophanate hydrolase  49.07 
 
 
601 aa  500  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2164  allophanate hydrolase  52.53 
 
 
600 aa  494  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.407047  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4450  allophanate hydrolase  51.36 
 
 
624 aa  494  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4244  amidase family protein  47.98 
 
 
604 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2417  amidase  45.55 
 
 
600 aa  490  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000764006  decreased coverage  0.000000752111 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1793  amidase  44.63 
 
 
598 aa  485  1e-136  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0265  allophanate hydrolase  55.39 
 
 
569 aa  485  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33811  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2503  allophanate hydrolase  52.44 
 
 
600 aa  488  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4882  allophanate hydrolase  54.64 
 
 
609 aa  482  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00227153  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5244  allophanate hydrolase  49.43 
 
 
618 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0832  amidase  52.09 
 
 
576 aa  483  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281479  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3031  allophanate hydrolase  52.14 
 
 
621 aa  482  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.153598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1128  amidase family protein  44.07 
 
 
598 aa  479  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2726  amidase  53.99 
 
 
588 aa  481  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3980  allophanate hydrolase  48.14 
 
 
609 aa  478  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.143923  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1337  allophanate hydrolase  47.2 
 
 
590 aa  476  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0605  allophanate hydrolase  50.25 
 
 
589 aa  477  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3978  allophanate hydrolase  45.78 
 
 
604 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1367  allophanate hydrolase  49.27 
 
 
633 aa  473  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0539112  normal  0.0518765 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1170  allophanate hydrolase  51.64 
 
 
606 aa  464  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6429  allophanate hydrolase  49.92 
 
 
623 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0773  urea amidolyase  50.32 
 
 
621 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.827541  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5922  amidase  51.84 
 
 
623 aa  458  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  45.32 
 
 
1822 aa  447  1.0000000000000001e-124  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1361  amidase family protein  49 
 
 
601 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.73258  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0905  allophanate hydrolase  50.35 
 
 
565 aa  425  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0617663  normal  0.0243366 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2562  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  48.87 
 
 
471 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.380191 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2026  allophanate hydrolase  43.74 
 
 
620 aa  394  1e-108  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00515842  hitchhiker  0.0041282 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0675  amidase  48.45 
 
 
523 aa  384  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1385  putative urea amidolyase  49.79 
 
 
502 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209103  normal  0.0685044 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5227  allophanate hydrolase  50.78 
 
 
484 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.235353  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3887  allophanate hydrolase  46.25 
 
 
553 aa  370  1e-101  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012688  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0767  allophanate hydrolase  41.85 
 
 
569 aa  369  1e-100  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1841  allophanate hydrolase  43.41 
 
 
578 aa  365  1e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1888  allophanate hydrolase  43.41 
 
 
578 aa  365  1e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1822  allophanate hydrolase  43.41 
 
 
578 aa  365  1e-99  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7816  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16950  allophanate hydrolase  46.03 
 
 
603 aa  350  3e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.905265  normal  0.473581 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0711  allophanate hydrolase  45.16 
 
 
595 aa  350  6e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000523817 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3729  allophanate hydrolase  44.86 
 
 
572 aa  348  1e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3052  amidase  45.61 
 
 
467 aa  347  3e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.242622  normal  0.179193 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1595  allophanate hydrolase  46.01 
 
 
554 aa  346  6e-94  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4052  allophanate hydrolase  40.93 
 
 
540 aa  334  3e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3670  amidase  43.22 
 
 
627 aa  332  1e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1484  amidase  45.79 
 
 
460 aa  330  6e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2764  amidase  46.76 
 
 
467 aa  329  8e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2808  amidase  46.76 
 
 
467 aa  329  8e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.294171 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6163  amidase  44.74 
 
 
456 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.649279 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0417  amidase  43.19 
 
 
437 aa  295  1e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0350631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1891  Urea carboxylase  58.77 
 
 
248 aa  244  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1114  Urea carboxylase  58.77 
 
 
248 aa  244  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636598  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.15 
 
 
483 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.85 
 
 
475 aa  171  3e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34 
 
 
480 aa  168  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1170  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.41 
 
 
479 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  34.47 
 
 
449 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0760  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.8 
 
 
483 aa  165  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0363405  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  34.38 
 
 
463 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1917  allophanate hydrolase  42.06 
 
 
186 aa  162  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.691164  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  32.82 
 
 
456 aa  162  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1701  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.65 
 
 
483 aa  160  4e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6070  Amidase  33.04 
 
 
458 aa  160  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0688  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  34.02 
 
 
484 aa  159  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.5 
 
 
475 aa  159  1e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.02 
 
 
485 aa  159  1e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1700  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.72 
 
 
483 aa  159  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2838  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.81 
 
 
501 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3369  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.14 
 
 
495 aa  158  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2696  amidase  35.77 
 
 
457 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0910993  normal  0.599715 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.71 
 
 
491 aa  156  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5792  hypothetical protein  34.63 
 
 
456 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0135813 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  32.16 
 
 
459 aa  155  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1453  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.19 
 
 
477 aa  155  2.9999999999999998e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.67645  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3235  amidase  33.84 
 
 
488 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0114439  normal  0.388231 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>