More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1484 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1484  amidase  100 
 
 		 460 aa  921    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6163  amidase  62.64 
 
 		 456 aa  548  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.649279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1587  allophanate hydrolase  45.54 
 
 		 607 aa  328  8e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.556353  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5649  allophanate hydrolase  41.57 
 
 		 597 aa  328  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0611258  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3802  allophanate hydrolase  45.37 
 
 		 599 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1651  allophanate hydrolase  44.64 
 
 		 601 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426553  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0035  allophanate hydrolase  42.48 
 
 		 600 aa  324  2e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4057  allophanate hydrolase  45.41 
 
 		 599 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3721  allophanate hydrolase  43.64 
 
 		 611 aa  316  6e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.640157  normal  0.348876 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3899  allophanate hydrolase  43.64 
 
 		 603 aa  316  6e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2417  amidase  39.02 
 
 		 600 aa  315  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000764006  decreased coverage  0.000000752111 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4015  allophanate hydrolase  43.18 
 
 		 611 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4565  allophanate hydrolase  44.02 
 
 		 601 aa  312  9e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3090  allophanate hydrolase  40.73 
 
 		 614 aa  307  3e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3252  allophanate hydrolase  40 
 
 		 607 aa  306  5.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.274052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0724  allophanate hydrolase  45.82 
 
 		 631 aa  300  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1134  allophanate hydrolase  43.12 
 
 		 597 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.918287 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1893  allophanate hydrolase  43.11 
 
 		 596 aa  294  3e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0919605  normal  0.389908 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4705  allophanate hydrolase  45.7 
 
 		 596 aa  293  6e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291506  normal  0.405374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2562  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  41.26 
 
 		 471 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.380191 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1264  allophanate hydrolase  41.29 
 
 		 625 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0676461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1367  allophanate hydrolase  45.41 
 
 		 633 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0539112  normal  0.0518765 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3691  allophanate hydrolase  44.32 
 
 		 599 aa  281  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.669164  hitchhiker  0.00382205 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0944  allophanate hydrolase  44.47 
 
 		 628 aa  279  6e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1170  allophanate hydrolase  45.03 
 
 		 606 aa  279  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0605  allophanate hydrolase  44.75 
 
 		 589 aa  278  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1106  allophanate hydrolase  43.59 
 
 		 616 aa  276  7e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6429  allophanate hydrolase  43.26 
 
 		 623 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0704  allophanate hydrolase  40.34 
 
 		 604 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1128  amidase family protein  37.06 
 
 		 598 aa  271  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5244  allophanate hydrolase  43.38 
 
 		 618 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1385  putative urea amidolyase  43.35 
 
 		 502 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209103  normal  0.0685044 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2607  allophanate hydrolase  43.82 
 
 		 601 aa  270  4e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0968313 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1418  allophanate hydrolase  44.47 
 
 		 609 aa  269  7e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0675  amidase  41.67 
 
 		 523 aa  269  8e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5227  allophanate hydrolase  44.39 
 
 		 484 aa  268  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.235353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5922  amidase  43.27 
 
 		 623 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2362  allophanate hydrolase  42.67 
 
 		 596 aa  266  5.999999999999999e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3052  amidase  41.44 
 
 		 467 aa  265  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.242622  normal  0.179193 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1361  amidase family protein  46.07 
 
 		 601 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.73258  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6104  allophanate hydrolase  39.3 
 
 		 601 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0470749  normal  0.373295 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2503  allophanate hydrolase  43.98 
 
 		 600 aa  263  6e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4244  amidase family protein  38.58 
 
 		 604 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2164  allophanate hydrolase  43.97 
 
 		 600 aa  262  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.407047  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1793  amidase  41.38 
 
 		 598 aa  260  3e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2026  allophanate hydrolase  40.67 
 
 		 620 aa  260  4e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00515842  hitchhiker  0.0041282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2749  allophanate hydrolase  42.86 
 
 		 601 aa  260  5.0000000000000005e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4450  allophanate hydrolase  42.52 
 
 		 624 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6516  allophanate hydrolase  41.25 
 
 		 601 aa  252  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3978  allophanate hydrolase  37.69 
 
 		 604 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2764  amidase  41.5 
 
 		 467 aa  249  5e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2808  amidase  41.5 
 
 		 467 aa  249  5e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.294171 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0075  allophanate hydrolase  43.11 
 
 		 600 aa  249  8e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0832  amidase  41.67 
 
 		 576 aa  248  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281479  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2726  amidase  46.93 
 
 		 588 aa  246  6e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1337  allophanate hydrolase  36.32 
 
 		 590 aa  246  8e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3031  allophanate hydrolase  41.15 
 
 		 621 aa  245  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.153598 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3980  allophanate hydrolase  37.89 
 
 		 609 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.143923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0265  allophanate hydrolase  42.04 
 
 		 569 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33811  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4882  allophanate hydrolase  43.78 
 
 		 609 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00227153  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  40.16 
 
 		 1822 aa  233  4.0000000000000004e-60  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0773  urea amidolyase  43.84 
 
 		 621 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.827541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0417  amidase  33.82 
 
 		 437 aa  225  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0350631 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1822  allophanate hydrolase  39.9 
 
 		 578 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1841  allophanate hydrolase  39.9 
 
 		 578 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1888  allophanate hydrolase  39.9 
 
 		 578 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16950  allophanate hydrolase  40.97 
 
 		 603 aa  199  7.999999999999999e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.905265  normal  0.473581 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3887  allophanate hydrolase  38.69 
 
 		 553 aa  195  1e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012688  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0905  allophanate hydrolase  38.86 
 
 		 565 aa  189  1e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0617663  normal  0.0243366 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0767  allophanate hydrolase  34.38 
 
 		 569 aa  187  3e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3670  amidase  38.66 
 
 		 627 aa  185  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4052  allophanate hydrolase  36.71 
 
 		 540 aa  184  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1595  allophanate hydrolase  39.75 
 
 		 554 aa  179  8e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3729  allophanate hydrolase  41.93 
 
 		 572 aa  166  5.9999999999999996e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0711  allophanate hydrolase  38.01 
 
 		 595 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000523817 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.62 
 
 		 491 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1453  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.13 
 
 		 477 aa  138  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.67645  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.72 
 
 		 486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0576  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.21 
 
 		 485 aa  132  1.0000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.558849  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.13 
 
 		 480 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0760  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.08 
 
 		 483 aa  132  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0363405  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.77 
 
 		 486 aa  130  3e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.31 
 
 		 486 aa  131  3e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1154  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.98 
 
 		 485 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.34 
 
 		 488 aa  128  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1580  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.83 
 
 		 488 aa  126  7e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1333  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.59 
 
 		 479 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1170  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  28.74 
 
 		 479 aa  125  2e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  40.91 
 
 		 486 aa  125  2e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.53 
 
 		 494 aa  124  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0350  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.28 
 
 		 485 aa  123  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0394  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.28 
 
 		 485 aa  123  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0292  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.28 
 
 		 485 aa  123  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0306  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.58 
 
 		 485 aa  123  8e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0321  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.58 
 
 		 485 aa  123  8e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0353  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.28 
 
 		 485 aa  123  8e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0301  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.28 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0289  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.28 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0367  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.28 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4953  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.28 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>