More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3978 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4244  amidase family protein  87.89 
 
 		 604 aa  1060    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3978  allophanate hydrolase  100 
 
 		 604 aa  1216    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1337  allophanate hydrolase  80.98 
 
 		 590 aa  950    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3980  allophanate hydrolase  72.44 
 
 		 609 aa  832    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.143923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3090  allophanate hydrolase  53.52 
 
 		 614 aa  595  1e-169  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1128  amidase family protein  51.23 
 
 		 598 aa  594  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2362  allophanate hydrolase  55.18 
 
 		 596 aa  572  1.0000000000000001e-162  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0035  allophanate hydrolase  51.26 
 
 		 600 aa  561  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0944  allophanate hydrolase  50.5 
 
 		 628 aa  548  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0075  allophanate hydrolase  52.73 
 
 		 600 aa  545  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1793  amidase  46.6 
 
 		 598 aa  524  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1651  allophanate hydrolase  45.81 
 
 		 601 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426553  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0724  allophanate hydrolase  47.98 
 
 		 631 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3721  allophanate hydrolase  46.85 
 
 		 611 aa  480  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.640157  normal  0.348876 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1893  allophanate hydrolase  50.18 
 
 		 596 aa  481  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0919605  normal  0.389908 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1134  allophanate hydrolase  48.98 
 
 		 597 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.918287 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6429  allophanate hydrolase  48.78 
 
 		 623 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3802  allophanate hydrolase  46.52 
 
 		 599 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1587  allophanate hydrolase  46.4 
 
 		 607 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.556353  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4015  allophanate hydrolase  46.69 
 
 		 611 aa  478  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5922  amidase  48.69 
 
 		 623 aa  475  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4882  allophanate hydrolase  48.7 
 
 		 609 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00227153  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4565  allophanate hydrolase  46.3 
 
 		 601 aa  473  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4057  allophanate hydrolase  45.78 
 
 		 599 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0704  allophanate hydrolase  47.12 
 
 		 604 aa  474  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3899  allophanate hydrolase  46.07 
 
 		 603 aa  462  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2607  allophanate hydrolase  47.33 
 
 		 601 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0968313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1264  allophanate hydrolase  45.63 
 
 		 625 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0676461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3252  allophanate hydrolase  43.14 
 
 		 607 aa  456  1e-127  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.274052 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5649  allophanate hydrolase  42.74 
 
 		 597 aa  457  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0611258  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1106  allophanate hydrolase  46.5 
 
 		 616 aa  452  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3691  allophanate hydrolase  46.96 
 
 		 599 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.669164  hitchhiker  0.00382205 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6104  allophanate hydrolase  44.48 
 
 		 601 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0470749  normal  0.373295 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6516  allophanate hydrolase  44.32 
 
 		 601 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0832  amidase  47.73 
 
 		 576 aa  437  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281479  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1418  allophanate hydrolase  45.71 
 
 		 609 aa  432  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1170  allophanate hydrolase  47.81 
 
 		 606 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2164  allophanate hydrolase  44.41 
 
 		 600 aa  429  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.407047  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3031  allophanate hydrolase  45.68 
 
 		 621 aa  426  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.153598 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0605  allophanate hydrolase  47.14 
 
 		 589 aa  427  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4450  allophanate hydrolase  45.52 
 
 		 624 aa  421  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2417  amidase  38.99 
 
 		 600 aa  417  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000764006  decreased coverage  0.000000752111 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2503  allophanate hydrolase  43.87 
 
 		 600 aa  414  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2749  allophanate hydrolase  42.14 
 
 		 601 aa  415  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4705  allophanate hydrolase  44.76 
 
 		 596 aa  409  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291506  normal  0.405374 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5244  allophanate hydrolase  46.88 
 
 		 618 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1361  amidase family protein  47.28 
 
 		 601 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.73258  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0773  urea amidolyase  44.61 
 
 		 621 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.827541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  42.32 
 
 		 1822 aa  405  1e-111  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0265  allophanate hydrolase  47.27 
 
 		 569 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33811  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1367  allophanate hydrolase  42.9 
 
 		 633 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0539112  normal  0.0518765 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2726  amidase  45.56 
 
 		 588 aa  386  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5227  allophanate hydrolase  49.89 
 
 		 484 aa  382  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.235353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2026  allophanate hydrolase  42.17 
 
 		 620 aa  373  1e-102  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00515842  hitchhiker  0.0041282 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1385  putative urea amidolyase  49.13 
 
 		 502 aa  372  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209103  normal  0.0685044 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0675  amidase  44.13 
 
 		 523 aa  344  2.9999999999999997e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0767  allophanate hydrolase  39.46 
 
 		 569 aa  344  2.9999999999999997e-93  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2562  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  42.35 
 
 		 471 aa  332  9e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.380191 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0711  allophanate hydrolase  44.22 
 
 		 595 aa  323  7e-87  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000523817 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0905  allophanate hydrolase  42.35 
 
 		 565 aa  322  8e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0617663  normal  0.0243366 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1822  allophanate hydrolase  41.21 
 
 		 578 aa  319  1e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1841  allophanate hydrolase  41.21 
 
 		 578 aa  319  1e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1888  allophanate hydrolase  41.21 
 
 		 578 aa  319  1e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4052  allophanate hydrolase  40.04 
 
 		 540 aa  311  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3887  allophanate hydrolase  42.4 
 
 		 553 aa  306  6e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012688  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16950  allophanate hydrolase  42.5 
 
 		 603 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.905265  normal  0.473581 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3729  allophanate hydrolase  42.86 
 
 		 572 aa  300  4e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2764  amidase  47.14 
 
 		 467 aa  297  3e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2808  amidase  47.14 
 
 		 467 aa  297  3e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.294171 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1595  allophanate hydrolase  41.18 
 
 		 554 aa  292  9e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3052  amidase  43.64 
 
 		 467 aa  283  6.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.242622  normal  0.179193 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6163  amidase  41.18 
 
 		 456 aa  268  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.649279 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1484  amidase  40.31 
 
 		 460 aa  265  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3670  amidase  37.11 
 
 		 627 aa  258  2e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0417  amidase  37.38 
 
 		 437 aa  242  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0350631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1114  Urea carboxylase  48.05 
 
 		 248 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1891  Urea carboxylase  48.05 
 
 		 248 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1917  allophanate hydrolase  38.32 
 
 		 186 aa  141  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.691164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.56 
 
 		 486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1170  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  28.81 
 
 		 479 aa  134  6e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.37 
 
 		 483 aa  130  6e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.57 
 
 		 475 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1453  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  27.11 
 
 		 477 aa  128  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.67645  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1387  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  30.73 
 
 		 467 aa  128  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.593725  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  29.24 
 
 		 470 aa  127  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0229  amidase  26.86 
 
 		 455 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  26.47 
 
 		 486 aa  127  5e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  30.5 
 
 		 461 aa  125  2e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.47 
 
 		 486 aa  125  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0670  Amidase  28.96 
 
 		 509 aa  124  5e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0474634  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0576  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.18 
 
 		 485 aa  124  6e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.558849  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  33.79 
 
 		 461 aa  124  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.43 
 
 		 475 aa  123  9e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  28.03 
 
 		 470 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.52 
 
 		 494 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.01 
 
 		 485 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0721  glutamyl-tRNA, putative  27.77 
 
 		 534 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0901  amidase  30.46 
 
 		 463 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.0184899 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0688  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.47 
 
 		 484 aa  121  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1993  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.07 
 
 		 426 aa  120  6e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.348546 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>