More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0704 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_2749  allophanate hydrolase  64.53 
 
 		 601 aa  709    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2164  allophanate hydrolase  66.5 
 
 		 600 aa  739    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.407047  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2503  allophanate hydrolase  65.03 
 
 		 600 aa  717    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0704  allophanate hydrolase  100 
 
 		 604 aa  1218    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1418  allophanate hydrolase  69.33 
 
 		 609 aa  782    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0035  allophanate hydrolase  53.96 
 
 		 600 aa  574  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3090  allophanate hydrolase  51.16 
 
 		 614 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1651  allophanate hydrolase  55.06 
 
 		 601 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.426553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4057  allophanate hydrolase  56.8 
 
 		 599 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3802  allophanate hydrolase  56.55 
 
 		 599 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1106  allophanate hydrolase  52.92 
 
 		 616 aa  550  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0773  urea amidolyase  53.88 
 
 		 621 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.827541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5649  allophanate hydrolase  48.83 
 
 		 597 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0611258  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0944  allophanate hydrolase  49.59 
 
 		 628 aa  520  1e-146  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0724  allophanate hydrolase  52.88 
 
 		 631 aa  521  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1128  amidase family protein  47.85 
 
 		 598 aa  518  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1134  allophanate hydrolase  51.33 
 
 		 597 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.918287 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6104  allophanate hydrolase  48.67 
 
 		 601 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0470749  normal  0.373295 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  49.83 
 
 		 1822 aa  510  1e-143  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6516  allophanate hydrolase  48.92 
 
 		 601 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3031  allophanate hydrolase  50.33 
 
 		 621 aa  506  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.153598 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3252  allophanate hydrolase  48.67 
 
 		 607 aa  507  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.274052 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2362  allophanate hydrolase  50.62 
 
 		 596 aa  502  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1170  allophanate hydrolase  51.15 
 
 		 606 aa  501  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2607  allophanate hydrolase  50.99 
 
 		 601 aa  500  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0968313 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1893  allophanate hydrolase  51.3 
 
 		 596 aa  498  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0919605  normal  0.389908 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0832  amidase  52.24 
 
 		 576 aa  498  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281479  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1361  amidase family protein  51.07 
 
 		 601 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.73258  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3721  allophanate hydrolase  49.34 
 
 		 611 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.640157  normal  0.348876 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5244  allophanate hydrolase  50.16 
 
 		 618 aa  491  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3899  allophanate hydrolase  52.13 
 
 		 603 aa  490  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3691  allophanate hydrolase  52.89 
 
 		 599 aa  491  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.669164  hitchhiker  0.00382205 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1587  allophanate hydrolase  49 
 
 		 607 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.556353  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4565  allophanate hydrolase  49.24 
 
 		 601 aa  487  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4882  allophanate hydrolase  51.74 
 
 		 609 aa  488  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00227153  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4015  allophanate hydrolase  48.84 
 
 		 611 aa  488  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2417  amidase  44.75 
 
 		 600 aa  485  1e-136  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000764006  decreased coverage  0.000000752111 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4705  allophanate hydrolase  50.84 
 
 		 596 aa  485  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291506  normal  0.405374 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1367  allophanate hydrolase  49.28 
 
 		 633 aa  481  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0539112  normal  0.0518765 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3978  allophanate hydrolase  47.12 
 
 		 604 aa  478  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0265  allophanate hydrolase  53.88 
 
 		 569 aa  478  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33811  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0075  allophanate hydrolase  49.67 
 
 		 600 aa  473  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4244  amidase family protein  46.12 
 
 		 604 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3980  allophanate hydrolase  46.77 
 
 		 609 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.143923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1264  allophanate hydrolase  48.74 
 
 		 625 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0676461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1337  allophanate hydrolase  46.58 
 
 		 590 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0605  allophanate hydrolase  50.89 
 
 		 589 aa  465  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4450  allophanate hydrolase  50.09 
 
 		 624 aa  461  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1793  amidase  45.16 
 
 		 598 aa  456  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6429  allophanate hydrolase  48.78 
 
 		 623 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5922  amidase  48.3 
 
 		 623 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0905  allophanate hydrolase  47.02 
 
 		 565 aa  421  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0617663  normal  0.0243366 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2726  amidase  49.83 
 
 		 588 aa  422  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2026  allophanate hydrolase  42.66 
 
 		 620 aa  384  1e-105  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00515842  hitchhiker  0.0041282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2562  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  48.03 
 
 		 471 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.380191 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5227  allophanate hydrolase  49.24 
 
 		 484 aa  352  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.235353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1385  putative urea amidolyase  47.83 
 
 		 502 aa  350  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209103  normal  0.0685044 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0767  allophanate hydrolase  40.37 
 
 		 569 aa  349  9e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3729  allophanate hydrolase  44.68 
 
 		 572 aa  336  7.999999999999999e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3887  allophanate hydrolase  44.83 
 
 		 553 aa  332  1e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012688  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4052  allophanate hydrolase  40.57 
 
 		 540 aa  331  3e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1822  allophanate hydrolase  43.59 
 
 		 578 aa  329  7e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1841  allophanate hydrolase  43.59 
 
 		 578 aa  329  7e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1888  allophanate hydrolase  43.59 
 
 		 578 aa  329  7e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0675  amidase  43.79 
 
 		 523 aa  326  6e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1595  allophanate hydrolase  43.8 
 
 		 554 aa  319  7.999999999999999e-86  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3670  amidase  43.48 
 
 		 627 aa  318  1e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0711  allophanate hydrolase  43.84 
 
 		 595 aa  306  1.0000000000000001e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000523817 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6163  amidase  42.86 
 
 		 456 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.649279 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1484  amidase  42.42 
 
 		 460 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0417  amidase  42.65 
 
 		 437 aa  292  1e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0350631 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3052  amidase  43.66 
 
 		 467 aa  286  7e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.242622  normal  0.179193 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16950  allophanate hydrolase  42.41 
 
 		 603 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.905265  normal  0.473581 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2764  amidase  43.8 
 
 		 467 aa  276  6e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2808  amidase  43.8 
 
 		 467 aa  276  6e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.294171 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1114  Urea carboxylase  50.88 
 
 		 248 aa  203  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1891  Urea carboxylase  50.88 
 
 		 248 aa  203  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1917  allophanate hydrolase  49.77 
 
 		 186 aa  199  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.691164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.65 
 
 		 483 aa  177  7e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.98 
 
 		 475 aa  171  3e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3369  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.86 
 
 		 495 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1170  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.25 
 
 		 479 aa  166  9e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.13 
 
 		 485 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.85 
 
 		 480 aa  166  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0760  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.98 
 
 		 483 aa  166  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0363405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1453  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.53 
 
 		 477 aa  161  3e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.67645  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0576  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.51 
 
 		 485 aa  159  1e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.558849  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.9 
 
 		 486 aa  159  1e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1749  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  35.85 
 
 		 485 aa  158  3e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.307691 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.9 
 
 		 485 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.69 
 
 		 486 aa  155  2e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.32 
 
 		 475 aa  152  2e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.85 
 
 		 486 aa  150  4e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  33.94 
 
 		 456 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3235  amidase  31.15 
 
 		 488 aa  150  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0114439  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2636  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.86 
 
 		 483 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  33.56 
 
 		 461 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  33.18 
 
 		 459 aa  149  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0434  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.53 
 
 		 475 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1701  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.83 
 
 		 483 aa  148  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>