More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5215 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_5215  TonB-system energizer ExbB type-1  100 
 
 		 324 aa  644    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.332421 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5306  ferric siderophore transport system protein ExbB  96.6 
 
 		 320 aa  560  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155125 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5354  tonB-system energizer ExbB  92.02 
 
 		 326 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325713  normal  0.587321 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0167  tonB-system energizer ExbB  87.35 
 
 		 323 aa  540  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.115924 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0069  TonB system transport protein ExbB  74.1 
 
 		 318 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0205  MotA/TolQ/ExbB proton channel  71.69 
 
 		 320 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5555  MotA/TolQ/ExbB proton channel  76.29 
 
 		 317 aa  435  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10630  tonB-system proton channel, ExbB  71.49 
 
 		 359 aa  335  9e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0184871  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0388  tonB-system energizer ExbB  54.04 
 
 		 332 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.69419  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0345  tonB-system energizer ExbB  57.29 
 
 		 336 aa  296  3e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02880  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  61.97 
 
 		 244 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0692  tonB-system energizer ExbB  61.97 
 
 		 244 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4317  biopolymer transport protein ExbB  61.97 
 
 		 244 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0689  biopolymer transport protein ExbB  61.97 
 
 		 244 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02830  hypothetical protein  61.97 
 
 		 244 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3291  biopolymer transport protein ExbB  61.97 
 
 		 244 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3475  biopolymer transport protein ExbB  61.97 
 
 		 244 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3434  biopolymer transport protein ExbB  61.97 
 
 		 244 aa  282  6.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3185  biopolymer transport protein ExbB  61.54 
 
 		 244 aa  280  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3342  biopolymer transport protein ExbB  61.57 
 
 		 244 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.677738 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3508  biopolymer transport protein ExbB  61.57 
 
 		 244 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3333  biopolymer transport protein ExbB  61.57 
 
 		 244 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3407  biopolymer transport protein ExbB  61.57 
 
 		 244 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.512684 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3413  biopolymer transport protein ExbB  61.57 
 
 		 244 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3417  biopolymer transport protein ExbB  61.74 
 
 		 238 aa  278  7e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0375  TonB-system energizer ExbB type-1  63.68 
 
 		 309 aa  276  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3761  tonB-system energizer ExbB  60.25 
 
 		 296 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0268  tonB-system energizer ExbB  56.69 
 
 		 330 aa  272  7e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.522492  normal  0.43145 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0672  tonB-system energizer ExbB  58.23 
 
 		 345 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3598  tonB-system energizer ExbB  59.83 
 
 		 304 aa  269  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4211  TonB-system energizer ExbB type-1  64.9 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0591  tonB-system energizer ExbB  65.38 
 
 		 237 aa  266  2.9999999999999995e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1254  TonB-system energizer ExbB type-1  60.5 
 
 		 338 aa  266  5e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1666  biopolymer transport protein ExbB  60.96 
 
 		 292 aa  262  6e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3639  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.18 
 
 		 366 aa  262  6e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0703  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.83 
 
 		 400 aa  261  8e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.515787 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2040  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.83 
 
 		 421 aa  259  3e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.853694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4273  TonB-system energizer ExbB type-1  55.86 
 
 		 327 aa  258  9e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0103913 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1980  MotA/TolQ/ExbB proton channel  58.22 
 
 		 288 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.05327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0727  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.9 
 
 		 431 aa  253  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242585  normal  0.505103 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0747  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.14 
 
 		 337 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4540  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.34 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1655  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.6 
 
 		 286 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1146  TonB-system energizer ExbB type-1  52.77 
 
 		 325 aa  249  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.200277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5985  tonB-system energizer ExbB  51.89 
 
 		 341 aa  249  6e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.70641  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4004  MotA/TolQ/ExbB proton channel  61.21 
 
 		 267 aa  248  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.894756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1515  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.16 
 
 		 337 aa  246  3e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.608707  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1432  tonB-system energizer ExbB  59.46 
 
 		 257 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3967  tonB-system energizer ExbB  58.48 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1241  MotA/TolQ/ExbB proton channel  59.35 
 
 		 266 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.175098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1612  ExbB  51.19 
 
 		 310 aa  242  5e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0235  tonB-system energizer ExbB  54.44 
 
 		 355 aa  239  2.9999999999999997e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.700066 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3333  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.16 
 
 		 294 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  0.666344 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2090  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.14 
 
 		 313 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0670804 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0826  tonB-system energizer ExbB  57.41 
 
 		 348 aa  239  4e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0936  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.56 
 
 		 283 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1131  tonB-system energizer ExbB  57.27 
 
 		 348 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3543  biopolymer transport protein ExbB  50 
 
 		 313 aa  232  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1267  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.85 
 
 		 318 aa  232  7.000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137669  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3310  tonB-system energizer ExbB  57.87 
 
 		 242 aa  232  8.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3697  tonB-system energizer ExbB  47.44 
 
 		 316 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2305  MotA/TolQ/ExbB proton channel  58.99 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.605743  normal  0.719184 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2996  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.88 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.501984  normal  0.346367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2357  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.57 
 
 		 265 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1309  putative biopolymer transport protein  51.77 
 
 		 274 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4649  tonB-system energizer ExbB  54.34 
 
 		 335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.454939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2228  biopolymer transport  53.42 
 
 		 258 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253673  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2418  tonB-system energizer ExbB  51.05 
 
 		 265 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0920  biopolymer transport protein, ExbB  52.65 
 
 		 349 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2579  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.74 
 
 		 363 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1050  biopolymer transport ExbB protein  39.91 
 
 		 251 aa  163  3e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3581  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.67 
 
 		 299 aa  162  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0172  TonB system transport protein ExbB  40.57 
 
 		 253 aa  156  4e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2119  Tol-Pal system TolQ  42.53 
 
 		 241 aa  155  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.145493  normal  0.278172 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0173  putative tonB-system energizer ExbB  57.81 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3165  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.33 
 
 		 229 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0390  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.12 
 
 		 227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2136  Tol-Pal system, TolQ  41.74 
 
 		 232 aa  146  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1014  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.73 
 
 		 233 aa  144  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.362797  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0147  protein TolQ  40.45 
 
 		 235 aa  142  6e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1091  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.33 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3618  protein TolQ  38.7 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3204  protein TolQ  40.17 
 
 		 239 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129492  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3499  protein TolQ  40.17 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.130049 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2630  Tol-Pal system TolQ  37.39 
 
 		 239 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2155  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.4 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9552  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1900  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.1 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0528  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.87 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1618  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.1 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00749474 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3137  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.61 
 
 		 247 aa  136  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1618  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.1 
 
 		 233 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0105349  normal  0.111367 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0331  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.9 
 
 		 232 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0399463  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1700  tolQ protein  38.77 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1215  Tol-Pal system TolQ  37.61 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.21017  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1642  protein TolQ  38.77 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0747  protein TolQ  35.2 
 
 		 238 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0585  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.37 
 
 		 263 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127539  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0923  protein TolQ  36.58 
 
 		 248 aa  130  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130209 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0559  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.6 
 
 		 232 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.794955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1588  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.58 
 
 		 243 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.16518  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>