More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5985 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5985  tonB-system energizer ExbB  100 
 
 		 341 aa  667    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.70641  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3697  tonB-system energizer ExbB  54.06 
 
 		 316 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1254  TonB-system energizer ExbB type-1  66.67 
 
 		 338 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1146  TonB-system energizer ExbB type-1  58.97 
 
 		 325 aa  306  3e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.200277  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1666  biopolymer transport protein ExbB  66.37 
 
 		 292 aa  298  7e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1612  ExbB  64.26 
 
 		 310 aa  296  5e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0727  MotA/TolQ/ExbB proton channel  60.81 
 
 		 431 aa  295  7e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242585  normal  0.505103 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3639  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.82 
 
 		 366 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4540  MotA/TolQ/ExbB proton channel  62.9 
 
 		 301 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2996  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.26 
 
 		 355 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.501984  normal  0.346367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4273  TonB-system energizer ExbB type-1  57.83 
 
 		 327 aa  258  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0103913 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1655  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.85 
 
 		 286 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5555  MotA/TolQ/ExbB proton channel  59.01 
 
 		 317 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0920  biopolymer transport protein, ExbB  59.19 
 
 		 349 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0235  tonB-system energizer ExbB  60.43 
 
 		 355 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.700066 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10630  tonB-system proton channel, ExbB  59.4 
 
 		 359 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0184871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0205  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.14 
 
 		 320 aa  250  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2579  MotA/TolQ/ExbB proton channel  58.74 
 
 		 363 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0167  tonB-system energizer ExbB  58.48 
 
 		 323 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.115924 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4649  tonB-system energizer ExbB  51.03 
 
 		 335 aa  249  7e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.454939 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1980  MotA/TolQ/ExbB proton channel  59.82 
 
 		 288 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.05327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5215  TonB-system energizer ExbB type-1  58.56 
 
 		 324 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.332421 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5306  ferric siderophore transport system protein ExbB  58.56 
 
 		 320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155125 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0703  MotA/TolQ/ExbB proton channel  54.37 
 
 		 400 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.515787 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5354  tonB-system energizer ExbB  58.56 
 
 		 326 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325713  normal  0.587321 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0375  TonB-system energizer ExbB type-1  50.19 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0388  tonB-system energizer ExbB  52.63 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.69419  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0826  tonB-system energizer ExbB  59.01 
 
 		 348 aa  242  7e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2040  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.77 
 
 		 421 aa  240  2e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.853694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1309  putative biopolymer transport protein  55.16 
 
 		 274 aa  239  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2228  biopolymer transport  57.38 
 
 		 258 aa  238  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253673  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0069  TonB system transport protein ExbB  48.52 
 
 		 318 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1267  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.69 
 
 		 318 aa  236  6e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137669  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0345  tonB-system energizer ExbB  58.18 
 
 		 336 aa  232  8.000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0747  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.59 
 
 		 337 aa  231  1e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1515  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.19 
 
 		 337 aa  230  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.608707  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02880  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  59.01 
 
 		 244 aa  230  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0692  tonB-system energizer ExbB  59.01 
 
 		 244 aa  230  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3475  biopolymer transport protein ExbB  59.01 
 
 		 244 aa  230  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3291  biopolymer transport protein ExbB  59.01 
 
 		 244 aa  230  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4317  biopolymer transport protein ExbB  59.01 
 
 		 244 aa  230  3e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0689  biopolymer transport protein ExbB  59.01 
 
 		 244 aa  230  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02830  hypothetical protein  59.01 
 
 		 244 aa  230  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3434  biopolymer transport protein ExbB  59.09 
 
 		 244 aa  229  5e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2090  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.96 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0670804 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3185  biopolymer transport protein ExbB  58.56 
 
 		 244 aa  228  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3967  tonB-system energizer ExbB  55.5 
 
 		 303 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2305  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.18 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.605743  normal  0.719184 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3310  tonB-system energizer ExbB  55.56 
 
 		 242 aa  224  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3333  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.96 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  0.666344 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3761  tonB-system energizer ExbB  59.09 
 
 		 296 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1241  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.75 
 
 		 266 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.175098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3598  tonB-system energizer ExbB  54.47 
 
 		 304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3417  biopolymer transport protein ExbB  57.47 
 
 		 238 aa  220  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3333  biopolymer transport protein ExbB  56.76 
 
 		 244 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3342  biopolymer transport protein ExbB  56.76 
 
 		 244 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.677738 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3413  biopolymer transport protein ExbB  56.76 
 
 		 244 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3407  biopolymer transport protein ExbB  56.76 
 
 		 244 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.512684 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3508  biopolymer transport protein ExbB  56.76 
 
 		 244 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4004  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.16 
 
 		 267 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.894756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1432  tonB-system energizer ExbB  54.79 
 
 		 257 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3543  biopolymer transport protein ExbB  50.58 
 
 		 313 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2357  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.86 
 
 		 265 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0936  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.96 
 
 		 283 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2418  tonB-system energizer ExbB  54.78 
 
 		 265 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1131  tonB-system energizer ExbB  56.16 
 
 		 348 aa  209  7e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4211  TonB-system energizer ExbB type-1  47.16 
 
 		 323 aa  206  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0672  tonB-system energizer ExbB  51.9 
 
 		 345 aa  206  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0268  tonB-system energizer ExbB  48.86 
 
 		 330 aa  205  9e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.522492  normal  0.43145 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0591  tonB-system energizer ExbB  55.24 
 
 		 237 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0173  putative tonB-system energizer ExbB  65.6 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2119  Tol-Pal system TolQ  43.3 
 
 		 241 aa  155  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.145493  normal  0.278172 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0528  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.37 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0147  protein TolQ  39.57 
 
 		 235 aa  149  5e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2419  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.54 
 
 		 222 aa  149  7e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3581  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.4 
 
 		 299 aa  149  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4754  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.19 
 
 		 237 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3618  protein TolQ  41.85 
 
 		 239 aa  148  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3165  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.94 
 
 		 229 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1014  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.35 
 
 		 233 aa  147  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.362797  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1308  protein TolQ  41.96 
 
 		 236 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1215  Tol-Pal system TolQ  40.32 
 
 		 236 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.21017  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.52 
 
 		 237 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  0.488626 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0390  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.52 
 
 		 227 aa  143  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1700  tolQ protein  39.92 
 
 		 236 aa  143  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1642  protein TolQ  39.59 
 
 		 236 aa  142  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3059  Tol-Pal system TolQ  40 
 
 		 274 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421006  normal  0.170634 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6884  TolQ protein  41.96 
 
 		 237 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0859687  normal  0.084864 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0172  TonB system transport protein ExbB  37.29 
 
 		 253 aa  142  7e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0747  protein TolQ  39.66 
 
 		 238 aa  142  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2720  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.52 
 
 		 237 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3137  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.25 
 
 		 247 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4763  protein TolQ  39.66 
 
 		 238 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.07 
 
 		 227 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00529693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5305  protein TolQ  39.66 
 
 		 238 aa  140  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.442812  normal  0.461474 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5230  protein TolQ  39.66 
 
 		 238 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.811663  normal  0.0703567 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2136  Tol-Pal system, TolQ  40.53 
 
 		 232 aa  139  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3204  protein TolQ  43.23 
 
 		 239 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3515  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.18 
 
 		 237 aa  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0208141  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3174  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.82 
 
 		 243 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>