More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4004 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4004  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 		 267 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.894756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1241  MotA/TolQ/ExbB proton channel  87.59 
 
 		 266 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.175098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1432  tonB-system energizer ExbB  83.07 
 
 		 257 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0936  MotA/TolQ/ExbB proton channel  77.09 
 
 		 283 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2357  MotA/TolQ/ExbB proton channel  70.35 
 
 		 265 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2418  tonB-system energizer ExbB  70.21 
 
 		 265 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0703  MotA/TolQ/ExbB proton channel  59.82 
 
 		 400 aa  251  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.515787 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0375  TonB-system energizer ExbB type-1  60.26 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5354  tonB-system energizer ExbB  60.65 
 
 		 326 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325713  normal  0.587321 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5215  TonB-system energizer ExbB type-1  61.21 
 
 		 324 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.332421 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1254  TonB-system energizer ExbB type-1  61.88 
 
 		 338 aa  248  7e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2040  MotA/TolQ/ExbB proton channel  59.82 
 
 		 421 aa  248  7e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.853694  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5306  ferric siderophore transport system protein ExbB  61.21 
 
 		 320 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155125 
 
 
-
 
NC_004310  BR1666  biopolymer transport protein ExbB  62.1 
 
 		 292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0167  tonB-system energizer ExbB  58.8 
 
 		 323 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.115924 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0069  TonB system transport protein ExbB  58.74 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5555  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.6 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1612  ExbB  61.64 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0205  MotA/TolQ/ExbB proton channel  58.04 
 
 		 320 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0747  MotA/TolQ/ExbB proton channel  58.48 
 
 		 337 aa  240  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1655  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.05 
 
 		 286 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1980  MotA/TolQ/ExbB proton channel  58.04 
 
 		 288 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.05327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4540  MotA/TolQ/ExbB proton channel  58.87 
 
 		 301 aa  238  8e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3333  biopolymer transport protein ExbB  55.56 
 
 		 244 aa  235  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3407  biopolymer transport protein ExbB  55.56 
 
 		 244 aa  235  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.512684 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3342  biopolymer transport protein ExbB  55.56 
 
 		 244 aa  235  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.677738 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3508  biopolymer transport protein ExbB  55.56 
 
 		 244 aa  235  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3413  biopolymer transport protein ExbB  55.56 
 
 		 244 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10630  tonB-system proton channel, ExbB  55.26 
 
 		 359 aa  233  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0184871  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3417  biopolymer transport protein ExbB  54.59 
 
 		 238 aa  233  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02880  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  54.22 
 
 		 244 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0692  tonB-system energizer ExbB  54.22 
 
 		 244 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3475  biopolymer transport protein ExbB  54.22 
 
 		 244 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3291  biopolymer transport protein ExbB  54.22 
 
 		 244 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02830  hypothetical protein  54.22 
 
 		 244 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4317  biopolymer transport protein ExbB  54.22 
 
 		 244 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0689  biopolymer transport protein ExbB  54.22 
 
 		 244 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3434  biopolymer transport protein ExbB  54.22 
 
 		 244 aa  231  1e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3185  biopolymer transport protein ExbB  53.78 
 
 		 244 aa  229  3e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0388  tonB-system energizer ExbB  56.11 
 
 		 332 aa  228  5e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.69419  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3639  MotA/TolQ/ExbB proton channel  54.01 
 
 		 366 aa  228  7e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0235  tonB-system energizer ExbB  55.56 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.700066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2228  biopolymer transport  58.72 
 
 		 258 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253673  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4273  TonB-system energizer ExbB type-1  56.9 
 
 		 327 aa  227  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0103913 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0345  tonB-system energizer ExbB  55.66 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0826  tonB-system energizer ExbB  54.51 
 
 		 348 aa  226  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.038397 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0727  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.89 
 
 		 431 aa  226  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242585  normal  0.505103 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1146  TonB-system energizer ExbB type-1  50 
 
 		 325 aa  226  4e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.200277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5985  tonB-system energizer ExbB  56.16 
 
 		 341 aa  220  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.70641  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3761  tonB-system energizer ExbB  53.3 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3598  tonB-system energizer ExbB  51.85 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3967  tonB-system energizer ExbB  53.07 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0672  tonB-system energizer ExbB  57.21 
 
 		 345 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4211  TonB-system energizer ExbB type-1  56.28 
 
 		 323 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1515  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.42 
 
 		 337 aa  215  5e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.608707  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0268  tonB-system energizer ExbB  56.73 
 
 		 330 aa  215  5.9999999999999996e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.522492  normal  0.43145 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0591  tonB-system energizer ExbB  57.21 
 
 		 237 aa  215  8e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1267  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.02 
 
 		 318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137669  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2305  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.02 
 
 		 320 aa  212  4.9999999999999996e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.605743  normal  0.719184 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3697  tonB-system energizer ExbB  54.09 
 
 		 316 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2090  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.05 
 
 		 313 aa  208  6e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0670804 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3333  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.28 
 
 		 294 aa  208  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  0.666344 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2579  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.88 
 
 		 363 aa  201  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0920  biopolymer transport protein, ExbB  52.38 
 
 		 349 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4649  tonB-system energizer ExbB  54.02 
 
 		 335 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.454939 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3310  tonB-system energizer ExbB  54.17 
 
 		 242 aa  199  5e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2996  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.42 
 
 		 355 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.501984  normal  0.346367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3543  biopolymer transport protein ExbB  53.2 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1309  putative biopolymer transport protein  49.32 
 
 		 274 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1131  tonB-system energizer ExbB  51.07 
 
 		 348 aa  190  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0172  TonB system transport protein ExbB  41.2 
 
 		 253 aa  145  6e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3581  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.33 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1050  biopolymer transport ExbB protein  36.62 
 
 		 251 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0173  putative tonB-system energizer ExbB  57.36 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1091  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2119  Tol-Pal system TolQ  44.12 
 
 		 241 aa  138  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.145493  normal  0.278172 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0528  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.59 
 
 		 246 aa  135  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3165  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.35 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1642  protein TolQ  44.22 
 
 		 236 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1214  protein TolQ  41.03 
 
 		 238 aa  132  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1700  tolQ protein  44.22 
 
 		 236 aa  132  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3499  protein TolQ  45.69 
 
 		 239 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.130049 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0147  protein TolQ  38.01 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1215  Tol-Pal system TolQ  44.22 
 
 		 236 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.21017  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1618  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.42 
 
 		 233 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0105349  normal  0.111367 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4062  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.49 
 
 		 236 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.508438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3204  protein TolQ  44.67 
 
 		 239 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1618  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.2 
 
 		 233 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00749474 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1900  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.2 
 
 		 233 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3137  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.63 
 
 		 247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2419  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.74 
 
 		 222 aa  129  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3174  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.43 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3618  protein TolQ  42.93 
 
 		 239 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0390  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.86 
 
 		 227 aa  127  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0331  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.3 
 
 		 232 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0399463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2630  Tol-Pal system TolQ  42.13 
 
 		 239 aa  125  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3240  tolQ protein  36.32 
 
 		 236 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126744  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04980  TolQ-like protein  37.25 
 
 		 234 aa  125  8.000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0561039  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2136  Tol-Pal system, TolQ  38.36 
 
 		 232 aa  125  9e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.98 
 
 		 237 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  0.488626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>