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for query gene Pput_2184 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3588  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  97.57 
 
 		 395 aa  682    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.226455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2184  major facilitator transporter  100 
 
 		 398 aa  790    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5357  major facilitator transporter  50.82 
 
 		 405 aa  354  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0210588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1805  major facilitator transporter  57.77 
 
 		 391 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0668559  normal  0.16221 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.47 
 
 		 392 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2067  multidrug resistance protein D  28.61 
 
 		 409 aa  146  6e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0252383  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0115  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.85 
 
 		 391 aa  146  6e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395955  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5745  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.96 
 
 		 417 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.8 
 
 		 411 aa  139  7.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.241483 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2800  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.32 
 
 		 411 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3375  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.2 
 
 		 405 aa  135  9e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2159  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.27 
 
 		 410 aa  135  9e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3292  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.34 
 
 		 430 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.330767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.34 
 
 		 412 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.48 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.34 
 
 		 405 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  25.9 
 
 		 409 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.19 
 
 		 394 aa  127  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2160  hypothetical protein  26.18 
 
 		 407 aa  126  7e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01631  predicted transporter  28.03 
 
 		 403 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01620  hypothetical protein  28.03 
 
 		 403 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1969  inner membrane transport protein YdhC  28.03 
 
 		 403 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000225757 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1740  inner membrane transport protein YdhC  28.03 
 
 		 403 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.41176e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1874  inner membrane transport protein YdhC  28.03 
 
 		 403 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136238  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1980  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.03 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00451664  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2187  hypothetical protein  26.47 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2445  putative multidrug resistance protein  29.78 
 
 		 400 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1858  inner membrane transport protein YdhC  28.03 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141458  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  29.77 
 
 		 404 aa  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.52 
 
 		 405 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1537  inner membrane transport protein YdhC  27.75 
 
 		 403 aa  124  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0900835  normal  0.0201427 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2999  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.72 
 
 		 408 aa  124  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.827266  normal  0.0320436 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00358  permease  26.98 
 
 		 423 aa  123  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2373  inner membrane transport protein YdhC  27.75 
 
 		 403 aa  123  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00231291  normal  0.112493 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1878  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.3 
 
 		 397 aa  123  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.998766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29 
 
 		 424 aa  122  8e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002080  putative multidrug resistance protein  26.98 
 
 		 397 aa  122  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1982  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  25.34 
 
 		 416 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  28.3 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2001  inner membrane transport protein YdhC  27.22 
 
 		 423 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.330416  hitchhiker  0.000336538 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  31.4 
 
 		 414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1787  inner membrane transport protein YdhC  27.11 
 
 		 399 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0113984 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1377  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.43 
 
 		 406 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000229631 
 
 
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NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.78 
 
 		 403 aa  120  3e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.97 
 
 		 401 aa  121  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.44 
 
 		 409 aa  121  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  28.3 
 
 		 392 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.28 
 
 		 398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1975  inner membrane transport protein YdhC  26.93 
 
 		 423 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00432346  normal  0.238152 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2062  inner membrane transport protein YdhC  26.93 
 
 		 423 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0300208  hitchhiker  0.0000445081 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0145  multidrug resistance protein D  26.8 
 
 		 400 aa  119  7.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  30.75 
 
 		 402 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6000  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.01 
 
 		 399 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923433  normal  0.331381 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.37 
 
 		 400 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5334  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.63 
 
 		 410 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1746  inner membrane transport protein YdhC  28 
 
 		 401 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000953992  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A1524  inner membrane transport protein YdhC  28.49 
 
 		 401 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0109  conserved hypothetical protein, putative drug resistance transporter, Bcr/CflA family  25.57 
 
 		 413 aa  117  3e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000456469  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2692  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  26.8 
 
 		 411 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1538  inner membrane transport protein YdhC  28 
 
 		 401 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0173263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0437  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.51 
 
 		 398 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3344  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.8 
 
 		 411 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0616341 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3242  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.41 
 
 		 425 aa  117  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1915  inner membrane transport protein YdhC  28.49 
 
 		 401 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.04399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1561  inner membrane transport protein YdhC  28.49 
 
 		 401 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00165154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000830  multidrug resistance protein D  27.62 
 
 		 401 aa  117  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00131991  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.29 
 
 		 405 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0527  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  26.23 
 
 		 419 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7148  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.01 
 
 		 399 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0109  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  24.73 
 
 		 409 aa  116  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2360  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.83 
 
 		 404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.470045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  26.63 
 
 		 407 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1761  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  26.22 
 
 		 411 aa  115  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3271  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.16 
 
 		 411 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.638949 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5989  sugar (and other) transporter  30.25 
 
 		 411 aa  115  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.291494  normal  0.241739 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26 
 
 		 405 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A1329  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  23.85 
 
 		 398 aa  114  3e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00139075  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  25 
 
 		 398 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
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NC_009727  CBUD_1271  multidrug resistance transporter, Bcr family  23.85 
 
 		 398 aa  114  3e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0103038  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_1659  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.31 
 
 		 398 aa  114  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_2676  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.73 
 
 		 407 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.56 
 
 		 414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
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NC_010524  Lcho_4173  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.16 
 
 		 400 aa  114  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.63 
 
 		 434 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004347  SO_2373  inner membrane transport protein YdhC  25.73 
 
 		 423 aa  113  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3647  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.73 
 
 		 386 aa  113  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.289957 
 
 
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NC_013169  Ksed_20220  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.11 
 
 		 415 aa  113  6e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.179817 
 
 
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NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.98 
 
 		 409 aa  112  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
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NC_007908  Rfer_1220  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.9 
 
 		 412 aa  112  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.19 
 
 		 411 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_2287  multidrug resistance protein D  27.38 
 
 		 408 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.754315  hitchhiker  0.0000100188 
 
 
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NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  27.68 
 
 		 420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
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NC_011312  VSAL_I2992  MFS transporter  25.91 
 
 		 401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010524  Lcho_0511  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.7 
 
 		 409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0138311 
 
 
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NC_008254  Meso_3222  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.67 
 
 		 417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009802  CCC13826_0494  molybdopterin biosynthesis protein  25.61 
 
 		 386 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007948  Bpro_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.94 
 
 		 409 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.100227 
 
 
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NC_011365  Gdia_2049  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  25.82 
 
 		 435 aa  111  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_0827  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.15 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_3380  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.64 
 
 		 444 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.27624  decreased coverage  0.00175601 
 
 
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