More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1642 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4214  aminotransferase, class V  76.46 
 
 		 428 aa  678    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1642  aminotransferase, class V  100 
 
 		 429 aa  880    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3786  aminotransferase, class V  79.35 
 
 		 430 aa  692    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2155  aminotransferase, class V  59.62 
 
 		 427 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0697123  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3538  aminotransferase class V  62.53 
 
 		 423 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2865  aminotransferase  62.24 
 
 		 427 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33720  PvdN  62 
 
 		 427 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000909297  hitchhiker  0.00809469 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1965  twin-arginine translocation pathway signal  58.45 
 
 		 426 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0412227  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1852  twin-arginine translocation pathway signal  57.54 
 
 		 431 aa  512  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776832 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1687  twin-arginine translocation pathway signal  42.14 
 
 		 440 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3921  aminotransferase class V  38.5 
 
 		 445 aa  323  3e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3802  putative aminotransferase  28.18 
 
 		 437 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3047  aminotransferase class V  23.39 
 
 		 428 aa  122  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.500863  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4973  putative aminotransferase  26.56 
 
 		 437 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6132  aminotransferase class V  23.83 
 
 		 422 aa  119  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04996  cysteine desulfurase  26.1 
 
 		 476 aa  117  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001209  aminotransferase ScrA  25.33 
 
 		 469 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1756  aminotransferase class V  23.53 
 
 		 438 aa  106  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.60376  normal  0.594036 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2611  aminotransferase, class V  26.18 
 
 		 441 aa  104  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.189769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1413  aminotransferase, class V  26.73 
 
 		 381 aa  100  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354567  normal  0.630226 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3297  aminotransferase, class V  22.64 
 
 		 393 aa  99.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4359  aminotransferase, class V  25.28 
 
 		 393 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5012  aminotransferase class V  24.88 
 
 		 407 aa  94.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1656  aminotransferase, class V  25.8 
 
 		 377 aa  94.4  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000223228  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0788  aminotransferase class V  29.24 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1295  aminotransferase class V  26.21 
 
 		 430 aa  91.3  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.35338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1763  class V aminotransferase  20.27 
 
 		 381 aa  90.5  6e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3648  aminotransferase class V  24.26 
 
 		 461 aa  89  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3348  aminotransferase class V  27.59 
 
 		 415 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.779513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1377  aminotransferase, class V  21.99 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3800  aminotransferase class V  26.69 
 
 		 433 aa  87  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2195  aminotransferase class V  22.57 
 
 		 390 aa  86.3  9e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.120355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1280  hypothetical protein  26.73 
 
 		 411 aa  85.9  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.586224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0721  aminotransferase class V  25.1 
 
 		 389 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2502  aminotransferase class V  21.69 
 
 		 399 aa  85.9  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.207929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4279  aminotransferase class V  23.23 
 
 		 462 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4955  aminotransferase class V  24.69 
 
 		 387 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1533  aminotransferase class V  23.44 
 
 		 377 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.172669  normal  0.519626 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0729  NifS protein  26.01 
 
 		 393 aa  84.7  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1213  aminotransferase class V  23.86 
 
 		 393 aa  84.7  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.145189  normal  0.43356 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1071  aminotransferase, class V  27.43 
 
 		 382 aa  84.3  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5559  aminotransferase class V  23.54 
 
 		 388 aa  82.8  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  0.949284 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2309  aminotransferase, class V  27.04 
 
 		 287 aa  82.4  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.422271  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17050  selenocysteine lyase  23.83 
 
 		 403 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01753  putative isopenicillin N epimerase protein  26.92 
 
 		 419 aa  82  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.73332  normal  0.379334 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1215  selenocysteine lyase  22.44 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00299865  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0431  putative selenocysteine lyase  26.15 
 
 		 406 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0655  cysteine desulfurase family protein  22.34 
 
 		 381 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.696219  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1623  cysteine desulfurase  26.42 
 
 		 406 aa  82  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0344832 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5541  aminotransferase, class V  22.92 
 
 		 394 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5121  cysteine desulfurase SufS  25.76 
 
 		 406 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.835968  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12890  cysteine desulfurase  24.85 
 
 		 422 aa  81.6  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2088  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.15 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.519115 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1811  aminotransferase class V  23.74 
 
 		 395 aa  81.3  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0747034  hitchhiker  0.00000000219699 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1746  aminotransferase class V  25.08 
 
 		 407 aa  80.9  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.676598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4803  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.45 
 
 		 406 aa  80.5  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25790  hypothetical protein  24.69 
 
 		 377 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.226944 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5215  aminotransferase, class V  24.55 
 
 		 406 aa  80.1  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1866  aminotransferase class V  26.69 
 
 		 387 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.733686  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1637  aminotransferase, class V  24.62 
 
 		 377 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.681858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2373  aminotransferase, class V  25.29 
 
 		 378 aa  79.7  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3584  aminotransferase class V  22.19 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5118  aminotransferase, class V  25.45 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4849  aminotransferase, class V  25.45 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4690  aminotransferase, class V; cysteine desulfhydrase  25.76 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5123  cysteine desulfurase SufS  25.76 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4705  aminotransferase, class V, cysteine desulfhydrase  25.45 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5086  cysteine desulfurase SufS  25.76 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0008  aminotransferase, class V  23.33 
 
 		 376 aa  79.3  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0672811  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0117  cysteine desulfurase SufS  25.76 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2313  cysteine desulfurase family protein  24.23 
 
 		 380 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  24.13 
 
 		 420 aa  78.6  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1257  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  27.89 
 
 		 403 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2068  aminotransferase, class V  23.14 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1607  aminotransferase class V  26.27 
 
 		 399 aa  79  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0665  aminotransferase class V  23.91 
 
 		 393 aa  77.8  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0692  putative isopenicillin N epimerase  22.19 
 
 		 385 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.258994  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1140  isopenicillin N epimerase  22.19 
 
 		 385 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6148  aminotransferase class V  26.43 
 
 		 416 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1739  putative isopenicillin N epimerase  22.19 
 
 		 385 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0775  putative isopenicillin N epimerase  21.95 
 
 		 464 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4543  aminotransferase class V  25.7 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.119486 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2356  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.29 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0737  aminotransferase, class V  21.53 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0185  aminotransferase, class V  24.4 
 
 		 392 aa  76.6  0.0000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.119153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2990  SufS subfamily cysteine desulfurase  22.12 
 
 		 428 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.104458 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0799  cysteine desulfurase  22.88 
 
 		 423 aa  75.1  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.635677  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2039  aminotransferase class V  21.61 
 
 		 460 aa  75.5  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000739402 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3537  putative acetyltransferase  23.36 
 
 		 413 aa  75.5  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2417  putative aminotransferase class-V  21.95 
 
 		 385 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.526111  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2316  cysteine desulfurase family protein  24.56 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.996652  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1300  cysteine desulphurase-like protein  23.55 
 
 		 381 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0145428  hitchhiker  0.00325394 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1912  selenocysteine lyase  22.34 
 
 		 382 aa  74.7  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  23.72 
 
 		 406 aa  74.7  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2203  hypothetical protein  24.07 
 
 		 377 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8515  aminotransferase class V  22.94 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.372361  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2318  aminotransferase, class V  22.67 
 
 		 394 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.698487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2304  aminotransferase class V  27.08 
 
 		 379 aa  73.6  0.000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  hitchhiker  0.00866664  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3637  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.07 
 
 		 678 aa  73.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51832  normal  0.140258 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3577  SufS subfamily cysteine desulfurase  23.49 
 
 		 406 aa  73.6  0.000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>