More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3786 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4214  aminotransferase, class V  78.09 
 
 		 428 aa  697    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3786  aminotransferase, class V  100 
 
 		 430 aa  880    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1642  aminotransferase, class V  79.53 
 
 		 429 aa  711    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2155  aminotransferase, class V  63.23 
 
 		 427 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0697123  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3538  aminotransferase class V  61.59 
 
 		 423 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33720  PvdN  63.08 
 
 		 427 aa  553  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000909297  hitchhiker  0.00809469 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2865  aminotransferase  62.35 
 
 		 427 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1965  twin-arginine translocation pathway signal  62.62 
 
 		 426 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0412227  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1852  twin-arginine translocation pathway signal  57.87 
 
 		 431 aa  520  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776832 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1687  twin-arginine translocation pathway signal  42.86 
 
 		 440 aa  326  5e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3921  aminotransferase class V  38.87 
 
 		 445 aa  315  8e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3802  putative aminotransferase  29.46 
 
 		 437 aa  143  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3047  aminotransferase class V  22.85 
 
 		 428 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.500863  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1756  aminotransferase class V  23.01 
 
 		 438 aa  120  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.60376  normal  0.594036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4973  putative aminotransferase  25.55 
 
 		 437 aa  116  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6132  aminotransferase class V  24.77 
 
 		 422 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3297  aminotransferase, class V  22.44 
 
 		 393 aa  110  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04996  cysteine desulfurase  24.41 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2611  aminotransferase, class V  25.32 
 
 		 441 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.189769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1763  class V aminotransferase  23.3 
 
 		 381 aa  99  1e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0788  aminotransferase class V  27.86 
 
 		 367 aa  98.2  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0721  aminotransferase class V  26.36 
 
 		 389 aa  94  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001209  aminotransferase ScrA  24.71 
 
 		 469 aa  92.8  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0729  NifS protein  26 
 
 		 393 aa  92.8  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2502  aminotransferase class V  21.43 
 
 		 399 aa  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.207929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1413  aminotransferase, class V  26.56 
 
 		 381 aa  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354567  normal  0.630226 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1912  selenocysteine lyase  23.72 
 
 		 382 aa  91.3  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8515  aminotransferase class V  25.96 
 
 		 401 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.372361  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0431  putative selenocysteine lyase  25.8 
 
 		 406 aa  90.5  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3800  aminotransferase class V  27.74 
 
 		 433 aa  90.5  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2088  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.8 
 
 		 406 aa  90.1  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.519115 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12890  cysteine desulfurase  24.77 
 
 		 422 aa  89.7  9e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1623  cysteine desulfurase  26.18 
 
 		 406 aa  89.4  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0344832 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4279  aminotransferase class V  24.56 
 
 		 462 aa  89.4  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5012  aminotransferase class V  23.51 
 
 		 407 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3648  aminotransferase class V  23.01 
 
 		 461 aa  89.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4359  aminotransferase, class V  25.83 
 
 		 393 aa  89  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2309  aminotransferase, class V  27.69 
 
 		 287 aa  89  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.422271  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2195  aminotransferase class V  23.61 
 
 		 390 aa  89  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.120355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1377  aminotransferase, class V  21.61 
 
 		 390 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4955  aminotransferase class V  24.5 
 
 		 387 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1533  aminotransferase class V  22.81 
 
 		 377 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.172669  normal  0.519626 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2440  aminotransferase  25.24 
 
 		 416 aa  85.9  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1746  aminotransferase class V  24.11 
 
 		 407 aa  85.9  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.676598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  25 
 
 		 420 aa  85.9  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2356  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.27 
 
 		 406 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2039  aminotransferase class V  22.49 
 
 		 460 aa  85.5  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000739402 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2373  aminotransferase, class V  24.27 
 
 		 378 aa  85.5  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01753  putative isopenicillin N epimerase protein  27.45 
 
 		 419 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.73332  normal  0.379334 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1637  aminotransferase, class V  23.5 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.681858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1295  aminotransferase class V  23.15 
 
 		 430 aa  84.7  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.35338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1257  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  26.06 
 
 		 403 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5559  aminotransferase class V  25.28 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  0.949284 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0737  aminotransferase, class V  23.55 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1811  aminotransferase class V  23.74 
 
 		 395 aa  83.2  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0747034  hitchhiker  0.00000000219699 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3584  aminotransferase class V  22.28 
 
 		 388 aa  82.4  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0655  cysteine desulfurase family protein  22.86 
 
 		 381 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.696219  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3072  cysteine desulfurase, SufS subfamily  24.04 
 
 		 406 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1300  cysteine desulphurase-like protein  25.84 
 
 		 381 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0145428  hitchhiker  0.00325394 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3637  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.99 
 
 		 678 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51832  normal  0.140258 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0665  aminotransferase class V  24.04 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1280  hypothetical protein  22.98 
 
 		 411 aa  81.6  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.586224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  24 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1656  aminotransferase, class V  24.48 
 
 		 377 aa  82.4  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000223228  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2990  SufS subfamily cysteine desulfurase  24.55 
 
 		 428 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.104458 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5121  cysteine desulfurase SufS  23.41 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.835968  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0644  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  25.66 
 
 		 420 aa  82  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0997  cysteine desulfurase, SufS subfamily  25.91 
 
 		 418 aa  82.4  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537591  normal  0.129667 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26810  cysteine desulfurase  23.19 
 
 		 409 aa  81.3  0.00000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5215  aminotransferase, class V  23.41 
 
 		 406 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1213  aminotransferase class V  23.47 
 
 		 393 aa  81.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.145189  normal  0.43356 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5118  aminotransferase, class V  23.41 
 
 		 406 aa  80.9  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4849  aminotransferase, class V  23.41 
 
 		 406 aa  80.9  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4705  aminotransferase, class V, cysteine desulfhydrase  23.41 
 
 		 406 aa  80.9  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3577  SufS subfamily cysteine desulfurase  23.02 
 
 		 406 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1122  hypothetical protein  22.93 
 
 		 879 aa  80.1  0.00000000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1465  SufS subfamily cysteine desulfurase  24.93 
 
 		 413 aa  80.1  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.204095  normal  0.0534707 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5123  cysteine desulfurase SufS  23.41 
 
 		 406 aa  80.1  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0117  cysteine desulfurase SufS  23.41 
 
 		 406 aa  80.1  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0008  aminotransferase, class V  24.29 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0672811  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4690  aminotransferase, class V; cysteine desulfhydrase  23.41 
 
 		 406 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0767  aminotransferase class V  25.19 
 
 		 404 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.815381 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2068  aminotransferase, class V  24.86 
 
 		 392 aa  79.3  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1215  selenocysteine lyase  22.19 
 
 		 385 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00299865  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0220  aminotransferase (class V), putative  22.14 
 
 		 410 aa  79.3  0.0000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5086  cysteine desulfurase SufS  23.41 
 
 		 406 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4803  SufS subfamily cysteine desulfurase  23.16 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2091  cysteine desulfurase, SufS subfamily  24.62 
 
 		 419 aa  78.6  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000201738 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1071  aminotransferase, class V  25.33 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1607  aminotransferase class V  27.06 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1092  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  27.54 
 
 		 430 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0101  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.15 
 
 		 414 aa  77.4  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.724967 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6148  aminotransferase class V  24.88 
 
 		 416 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2459  SufS subfamily cysteine desulfurase  23.65 
 
 		 415 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.117109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0185  aminotransferase, class V  25.3 
 
 		 392 aa  77  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.119153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2318  aminotransferase, class V  21.43 
 
 		 394 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.698487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5845  cysteine desulfurase, SufS subfamily  24.28 
 
 		 413 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187018  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3537  putative acetyltransferase  23.77 
 
 		 413 aa  75.9  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1876  cysteine desulfurase family protein  21.76 
 
 		 381 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0775  putative isopenicillin N epimerase  21.95 
 
 		 464 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>