More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2459 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2745  cysteine desulfurase, SufS subfamily  91.33 
 
 		 415 aa  796    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  78.1 
 
 		 420 aa  671    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1661  cysteine desulphurases, SufS  87.17 
 
 		 414 aa  757    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.278494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2990  SufS subfamily cysteine desulfurase  97.33 
 
 		 428 aa  829    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.104458 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2837  SufS subfamily cysteine desulfurase  88.43 
 
 		 415 aa  770    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00234776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2459  SufS subfamily cysteine desulfurase  100 
 
 		 415 aa  857    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.117109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2325  SufS subfamily cysteine desulfurase  88.14 
 
 		 414 aa  764    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.553712  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5928  cysteine desulfurase  75.24 
 
 		 413 aa  669    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3969  cysteine desulfurase  89.4 
 
 		 415 aa  786    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0413583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2103  cysteine desulfurase, SufS subfamily  69.8 
 
 		 413 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.105912 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5845  cysteine desulfurase, SufS subfamily  69.14 
 
 		 413 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187018  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0101  SufS subfamily cysteine desulfurase  68.92 
 
 		 414 aa  601  1.0000000000000001e-171  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.724967 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  69.55 
 
 		 413 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00682669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5106  SufS subfamily cysteine desulfurase  69.63 
 
 		 413 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0201229 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4466  SufS subfamily cysteine desulfurase  68.6 
 
 		 419 aa  599  1e-170  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.523936 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1778  SufS subfamily cysteine desulfurase  68.38 
 
 		 413 aa  598  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0698  SufS subfamily cysteine desulfurase  69.38 
 
 		 414 aa  599  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13787  normal  0.199911 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4348  cysteine desulfurase, SufS subfamily  67.4 
 
 		 418 aa  588  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3980  SufS subfamily cysteine desulfurase  67.16 
 
 		 418 aa  588  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.970806 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1465  SufS subfamily cysteine desulfurase  66.17 
 
 		 413 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.204095  normal  0.0534707 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2440  aminotransferase  64.82 
 
 		 416 aa  575  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4460  cysteine desulfurase, SufS subfamily  66.75 
 
 		 426 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.572328  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_004310  BR0934  aminotransferase, class V  66.58 
 
 		 414 aa  573  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.603819  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2252  SufS subfamily cysteine desulfurase  66.25 
 
 		 414 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.766677  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0928  aminotransferase, class V  66.09 
 
 		 414 aa  570  1e-161  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.870705  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3259  SufS subfamily cysteine desulfurase  62.93 
 
 		 414 aa  561  1e-158  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.797453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0813  cysteine desulfurase SufS  59.41 
 
 		 414 aa  526  1e-148  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0265605  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1249  cysteine desulfurase  58.02 
 
 		 406 aa  498  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.491768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0431  putative selenocysteine lyase  58.42 
 
 		 406 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2593  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.49 
 
 		 408 aa  486  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.266337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2088  SufS subfamily cysteine desulfurase  58.42 
 
 		 406 aa  488  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.519115 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0989  selenocysteine lyase  55.31 
 
 		 414 aa  481  1e-135  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2356  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.43 
 
 		 406 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2355  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.39 
 
 		 407 aa  477  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.331891  normal  0.378457 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3970  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.8 
 
 		 403 aa  476  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.615432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5780  cysteine desulfurase, SufS subfamily  53.23 
 
 		 408 aa  465  9.999999999999999e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.649929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  56.36 
 
 		 451 aa  467  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2487  cysteine desulphurases, SufS  52.7 
 
 		 420 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1623  cysteine desulfurase  54.95 
 
 		 406 aa  459  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0344832 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  53.02 
 
 		 418 aa  455  1e-127  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2570  cysteine desulfurase  52.43 
 
 		 422 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0166  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.49 
 
 		 412 aa  449  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000385676  unclonable  0.00000000000000152095 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0975  aminotransferase class 5 protein; selenocysteine lyase  51.21 
 
 		 419 aa  451  1e-125  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.18075  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3281  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.84 
 
 		 429 aa  446  1.0000000000000001e-124  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.30955  normal  0.0478783 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0699  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.85 
 
 		 419 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1319  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.93 
 
 		 413 aa  446  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0340803  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1505  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  50.61 
 
 		 425 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0740826  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1863  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.09 
 
 		 416 aa  442  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2493  SufS subfamily cysteine desulfurase  54.64 
 
 		 605 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.76 
 
 		 404 aa  439  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.47 
 
 		 429 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1445  cysteine desulfurase  52.01 
 
 		 405 aa  441  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0728  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.23 
 
 		 421 aa  439  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.88575  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1512  cysteine desulfurase SufS  52.01 
 
 		 405 aa  440  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0536  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.48 
 
 		 416 aa  438  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.25 
 
 		 429 aa  435  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3637  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.35 
 
 		 678 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51832  normal  0.140258 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3312  cysteine desulfurase, SufS subfamily  53.12 
 
 		 415 aa  435  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0757647 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2269  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.98 
 
 		 414 aa  437  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.216373  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1684  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.63 
 
 		 444 aa  434  1e-120  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1608  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.77 
 
 		 657 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0124  cysteine desulphurases, SufS  51.01 
 
 		 688 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.25 
 
 		 429 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3517  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.04 
 
 		 650 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4001  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.12 
 
 		 666 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.077192 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2661  cysteine desulfurase  51.26 
 
 		 626 aa  429  1e-119  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0591977  normal  0.463261 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5792  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.93 
 
 		 641 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0152868 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1552  cysteine desulphurases, SufS  51.53 
 
 		 682 aa  431  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.88 
 
 		 404 aa  431  1e-119  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.99383  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0429  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.88 
 
 		 419 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2622  cysteine desulphurases, SufS  51.28 
 
 		 666 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.795615 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51 
 
 		 406 aa  425  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0418  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.37 
 
 		 419 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0117  cysteine desulfurase SufS  48.39 
 
 		 406 aa  422  1e-117  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0735  aminotransferase, class V  48.88 
 
 		 404 aa  422  1e-117  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.41 
 
 		 427 aa  424  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3037  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.65 
 
 		 404 aa  422  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0138624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1894  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.3 
 
 		 630 aa  423  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16690  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  51.75 
 
 		 604 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0488  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.99 
 
 		 774 aa  423  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1232  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.12 
 
 		 629 aa  422  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.153291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5123  cysteine desulfurase SufS  48.39 
 
 		 406 aa  422  1e-117  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0754  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.38 
 
 		 608 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.633954 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21000  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  51.75 
 
 		 604 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382512  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0543  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.61 
 
 		 679 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.266344 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0023  putative cysteine desulfurase  51.76 
 
 		 661 aa  424  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.493291 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1818  SufS family cysteine desulfurase  53.06 
 
 		 660 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.295345  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0306  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.72 
 
 		 414 aa  418  1e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0801844 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4849  aminotransferase, class V  48.39 
 
 		 406 aa  419  1e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0362  selenocysteine lyase  53.06 
 
 		 685 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.556152  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1407  putative cysteine desulfurase  53.32 
 
 		 660 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1904  cysteine desulphurases, SufS  53.32 
 
 		 660 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.256271  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0617  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.5 
 
 		 621 aa  421  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000358817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3227  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.38 
 
 		 662 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.545837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5121  cysteine desulfurase SufS  48.14 
 
 		 406 aa  419  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.835968  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4655  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.75 
 
 		 644 aa  419  1e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00370812  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0448  putative cysteine desulfurase  53.32 
 
 		 660 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0906  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.74 
 
 		 425 aa  420  1e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.601083 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3577  SufS subfamily cysteine desulfurase  48.39 
 
 		 406 aa  419  1e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0199  putative cysteine desulfurase  53.32 
 
 		 660 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75031  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>