More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4496 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4496  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 280 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.737667  normal  0.727724 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0960  MscS mechanosensitive ion channel  97.86 
 
 		 280 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1353  MscS mechanosensitive ion channel  97.14 
 
 		 282 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.512703  normal  0.132094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4371  MscS mechanosensitive ion channel  97.14 
 
 		 280 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.053495 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4420  MscS mechanosensitive ion channel  85.61 
 
 		 279 aa  463  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0689552  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4392  mechanosensitive ion channel family protein  76.45 
 
 		 276 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4086  MscS mechanosensitive ion channel  75.36 
 
 		 276 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  69.53 
 
 		 278 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  68.46 
 
 		 278 aa  377  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  58.91 
 
 		 275 aa  351  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  47.31 
 
 		 279 aa  250  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  48.16 
 
 		 277 aa  248  6e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  46.69 
 
 		 280 aa  236  5.0000000000000005e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  46.8 
 
 		 286 aa  235  5.0000000000000005e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  44.61 
 
 		 270 aa  235  6e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  46.56 
 
 		 287 aa  235  6e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  43.59 
 
 		 288 aa  233  3e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  45.98 
 
 		 288 aa  233  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  43.32 
 
 		 275 aa  231  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  44.44 
 
 		 277 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  44.19 
 
 		 275 aa  229  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  43.41 
 
 		 273 aa  225  5.0000000000000005e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  44.27 
 
 		 275 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02189  hypothetical protein  45.19 
 
 		 249 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  44.71 
 
 		 275 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  44.71 
 
 		 275 aa  215  5e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  44.71 
 
 		 275 aa  215  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  43.97 
 
 		 275 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  43.97 
 
 		 275 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  43.19 
 
 		 275 aa  215  8e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  43.58 
 
 		 275 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  43.68 
 
 		 274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  43.92 
 
 		 275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  41.61 
 
 		 274 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  44.49 
 
 		 274 aa  212  7e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  42.59 
 
 		 277 aa  211  7e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  42.34 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  42.91 
 
 		 270 aa  211  1e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  40.23 
 
 		 270 aa  210  2e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  42.21 
 
 		 271 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  41.83 
 
 		 271 aa  210  3e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  40.38 
 
 		 273 aa  209  3e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  39.37 
 
 		 276 aa  209  5e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  42.41 
 
 		 275 aa  208  8e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  40.29 
 
 		 276 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  38.85 
 
 		 275 aa  207  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1199  mechanosensitive ion channel component  41.2 
 
 		 281 aa  206  4e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000786613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  42.08 
 
 		 274 aa  203  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  41.76 
 
 		 274 aa  203  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  39.78 
 
 		 279 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  39.65 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  39.22 
 
 		 274 aa  199  3e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  39.06 
 
 		 280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  39.7 
 
 		 277 aa  199  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  40.08 
 
 		 269 aa  198  7.999999999999999e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  44.34 
 
 		 279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  40.39 
 
 		 275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  40.48 
 
 		 283 aa  190  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.09 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  37.09 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.09 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  39.62 
 
 		 279 aa  189  5e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  37.97 
 
 		 268 aa  188  7e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  41.28 
 
 		 288 aa  188  7e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  41.1 
 
 		 266 aa  188  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  38.52 
 
 		 276 aa  184  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  36.94 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  36.94 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  36.94 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  36.94 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  36.94 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  36.94 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  37.4 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  36.94 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  38.03 
 
 		 283 aa  182  6e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  38.85 
 
 		 283 aa  182  8.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  37.06 
 
 		 293 aa  181  8.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1245  ion channel protein  38.21 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.306888 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  36.57 
 
 		 286 aa  180  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  34.63 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  37.29 
 
 		 284 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  39.34 
 
 		 291 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  38.27 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  38.27 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  38.27 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  38.27 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  38.17 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  35.54 
 
 		 288 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  37.86 
 
 		 286 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1034  MscS mechanosensitive ion channel  37.75 
 
 		 288 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1966  hypothetical protein  35.27 
 
 		 268 aa  174  1.9999999999999998e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  42.29 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  36.05 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  36.74 
 
 		 276 aa  172  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  37.39 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  34.46 
 
 		 268 aa  170  3e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  37.13 
 
 		 283 aa  169  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  36.61 
 
 		 285 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  36.61 
 
 		 285 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>