More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4420 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4420  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
279 aa  553  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0689552  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4496  MscS mechanosensitive ion channel  85.61 
 
 
280 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.737667  normal  0.727724 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1353  MscS mechanosensitive ion channel  87.05 
 
 
282 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.512703  normal  0.132094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4371  MscS mechanosensitive ion channel  87.05 
 
 
280 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.053495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0960  MscS mechanosensitive ion channel  86.33 
 
 
280 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4392  mechanosensitive ion channel family protein  79.71 
 
 
276 aa  424  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4086  MscS mechanosensitive ion channel  78.99 
 
 
276 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  70.55 
 
 
278 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  69.45 
 
 
278 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  62.55 
 
 
275 aa  364  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  45.93 
 
 
279 aa  250  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  48.48 
 
 
277 aa  246  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  44.24 
 
 
270 aa  236  4e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  44.4 
 
 
280 aa  234  1.0000000000000001e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  43.68 
 
 
275 aa  233  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  43.82 
 
 
275 aa  233  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  48 
 
 
287 aa  231  1e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  45.11 
 
 
288 aa  230  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  46.4 
 
 
286 aa  228  9e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  46.15 
 
 
275 aa  227  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  44.19 
 
 
273 aa  227  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  45.11 
 
 
288 aa  225  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  45.05 
 
 
274 aa  224  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  46.27 
 
 
275 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  43.19 
 
 
277 aa  223  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  45.91 
 
 
275 aa  224  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  45.91 
 
 
275 aa  224  2e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  46.51 
 
 
275 aa  223  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  45.14 
 
 
275 aa  222  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  46.27 
 
 
275 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  46.27 
 
 
275 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  46.25 
 
 
278 aa  222  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  45.77 
 
 
277 aa  222  6e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02189  hypothetical protein  45.38 
 
 
249 aa  221  8e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  45.49 
 
 
275 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  45.53 
 
 
275 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  46.83 
 
 
274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  44.14 
 
 
280 aa  218  8.999999999999998e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  43.59 
 
 
274 aa  217  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  43.35 
 
 
271 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  42.97 
 
 
271 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  40.15 
 
 
270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  41.39 
 
 
276 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  42.53 
 
 
274 aa  211  9e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  44.4 
 
 
274 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  42.41 
 
 
269 aa  211  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  40.23 
 
 
273 aa  211  1e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  42.16 
 
 
275 aa  210  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  39.93 
 
 
276 aa  210  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  41.42 
 
 
270 aa  207  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  38.99 
 
 
275 aa  205  7e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  45.25 
 
 
279 aa  200  1.9999999999999998e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  40.38 
 
 
279 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  41.54 
 
 
279 aa  199  5e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  40.31 
 
 
277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  38.82 
 
 
274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1199  mechanosensitive ion channel component  38.8 
 
 
281 aa  196  3e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000786613  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  38.79 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  40.61 
 
 
276 aa  195  6e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  42.13 
 
 
288 aa  192  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  38.98 
 
 
283 aa  188  7e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  36.59 
 
 
286 aa  187  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  36.59 
 
 
286 aa  187  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  36.59 
 
 
286 aa  187  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  36.59 
 
 
286 aa  187  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  36.59 
 
 
286 aa  187  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  36.59 
 
 
286 aa  187  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  36.59 
 
 
286 aa  187  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  36.59 
 
 
291 aa  187  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  41.95 
 
 
266 aa  187  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  38.02 
 
 
292 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1245  ion channel protein  40.65 
 
 
261 aa  186  3e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.306888 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  43.57 
 
 
294 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  36.23 
 
 
286 aa  185  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  38.33 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.74 
 
 
289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.74 
 
 
289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  37.74 
 
 
289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  36.03 
 
 
301 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  40.17 
 
 
286 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  40.17 
 
 
286 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  38.98 
 
 
284 aa  180  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  36.03 
 
 
268 aa  180  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  40.17 
 
 
286 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  40.17 
 
 
286 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  39.74 
 
 
286 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  37.02 
 
 
283 aa  180  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  37.69 
 
 
288 aa  179  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  37.59 
 
 
283 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1034  MscS mechanosensitive ion channel  38.15 
 
 
288 aa  177  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1729  MscS Mechanosensitive ion channel  36.74 
 
 
272 aa  176  5e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.356127  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  37.88 
 
 
276 aa  176  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  36.61 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  34.19 
 
 
302 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1966  hypothetical protein  36.51 
 
 
268 aa  173  2.9999999999999996e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  39.27 
 
 
531 aa  172  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  34.46 
 
 
268 aa  172  5.999999999999999e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  36.61 
 
 
285 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  36.58 
 
 
322 aa  172  7.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  36.61 
 
 
285 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.312478 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>