108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3030 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3030  hypothetical protein  100 
 
 		 495 aa  1012    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756301 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3839  protein of unknown function DUF1254  73 
 
 		 476 aa  723    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.190359  normal  0.11168 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4999  hypothetical protein  44.68 
 
 		 506 aa  395  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0433305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0592  hypothetical protein  40.21 
 
 		 511 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.930976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6665  protein of unknown function DUF1214  37.37 
 
 		 512 aa  289  9e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110382  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0604  hypothetical protein  36.92 
 
 		 457 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.620958  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3918  protein of unknown function DUF1214  34.82 
 
 		 512 aa  273  6e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02425  hypothetical protein  35.79 
 
 		 518 aa  271  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2579  hypothetical protein  34.73 
 
 		 512 aa  268  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04201  hypothetical protein  31.58 
 
 		 507 aa  242  1e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0264  hypothetical protein  30.82 
 
 		 538 aa  219  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.11203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0910  hypothetical protein  31.57 
 
 		 517 aa  204  3e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.190364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2980  hypothetical protein  30.28 
 
 		 466 aa  192  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.125715  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4286  hypothetical protein  30.46 
 
 		 480 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4372  hypothetical protein  30.46 
 
 		 480 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0578425  normal  0.546982 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04191  hypothetical protein  30.2 
 
 		 515 aa  182  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.41005 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3284  hypothetical protein  30.95 
 
 		 493 aa  181  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.133196  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5971  hypothetical protein  30.45 
 
 		 491 aa  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.346043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3037  hypothetical protein  30 
 
 		 496 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.533722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0593  hypothetical protein  27.42 
 
 		 499 aa  164  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.319559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5641  hypothetical protein  29.25 
 
 		 465 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.617076 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3377  putative lipoprotein  26.18 
 
 		 499 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.220862  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6753  hypothetical protein  25.58 
 
 		 482 aa  92  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00687417 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0350  hypothetical protein  25 
 
 		 465 aa  88.6  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0215119  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3986  phosphatidylserine decarboxylase  23.96 
 
 		 461 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3989  hypothetical protein  25.43 
 
 		 473 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1467  protein of unknown function DUF1254  26.67 
 
 		 471 aa  76.6  0.0000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00137026  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2471  hypothetical protein  26.6 
 
 		 488 aa  76.3  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4218  hypothetical protein  25.37 
 
 		 467 aa  76.3  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.314234  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3060  hypothetical protein  80.95 
 
 		 70 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4566  hypothetical protein  23.74 
 
 		 470 aa  75.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348758  normal  0.0184707 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3029  hypothetical protein  23.03 
 
 		 488 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633531 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8195  protein of unknown function DUF1254  24.32 
 
 		 482 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3829  protein of unknown function DUF1254  23.11 
 
 		 445 aa  73.6  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4247  hypothetical protein  26.08 
 
 		 472 aa  72.8  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.53241  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0423  hypothetical protein  25.42 
 
 		 477 aa  71.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531053  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1253  hypothetical protein  24.82 
 
 		 476 aa  70.1  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.881685  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6960  protein of unknown function DUF1254  25.32 
 
 		 480 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5000  hypothetical protein  25.12 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1063  hypothetical protein  24.57 
 
 		 493 aa  68.2  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.294245  normal  0.0969669 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0741  protein of unknown function DUF1214  21.8 
 
 		 490 aa  68.2  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5150  protein of unknown function DUF1214  24.49 
 
 		 464 aa  67  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  0.802645 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5642  hypothetical protein  25.27 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4623  protein of unknown function DUF1254  25 
 
 		 482 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1757  hypothetical protein  24.46 
 
 		 432 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0409  putative lipoprotein  24.64 
 
 		 473 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390709  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0319  putative lipoprotein  24.46 
 
 		 473 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3490  protein of unknown function DUF1254  29.85 
 
 		 452 aa  64.3  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1847  putative lipoprotein  24.88 
 
 		 473 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.418718  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0851  putative lipoprotein  24.88 
 
 		 473 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.437824  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1141  putative lipoprotein  24.88 
 
 		 473 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2115  putative lipoprotein  24.88 
 
 		 473 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2634  hypothetical protein  23.68 
 
 		 459 aa  62.8  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.805074 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3919  hypothetical protein  24.63 
 
 		 438 aa  61.2  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.820039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2166  putative lipoprotein  23.52 
 
 		 484 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.459318  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2979  hypothetical protein  23.82 
 
 		 462 aa  60.8  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.293037  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1208  hypothetical protein  23.7 
 
 		 484 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.614813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4882  hypothetical protein  24.52 
 
 		 481 aa  60.5  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.196066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0744  hypothetical protein  24.33 
 
 		 485 aa  60.1  0.00000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.278709 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1631  hypothetical protein  23.08 
 
 		 798 aa  59.3  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.619053  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1456  hypothetical protein  24.43 
 
 		 482 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3684  hypothetical protein  26.89 
 
 		 488 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0446196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4317  hypothetical protein  23.66 
 
 		 470 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.872596 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7485  protein of unknown function DUF1254  23.46 
 
 		 490 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0102  protein of unknown function DUF1254  25.06 
 
 		 487 aa  57.8  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.972928 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2936  putative lipoprotein  23.26 
 
 		 465 aa  57  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5226  hypothetical protein  20.6 
 
 		 480 aa  57  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.254071 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0382  hypothetical protein  24.4 
 
 		 476 aa  56.6  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2472  hypothetical protein  22.81 
 
 		 469 aa  56.6  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0466  protein of unknown function DUF1254  23.1 
 
 		 478 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1832  hypothetical protein  22.62 
 
 		 488 aa  55.5  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0322254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6891  protein of unknown function DUF1214  22.71 
 
 		 472 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0179873  normal  0.195601 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6909  protein of unknown function DUF1254  24.04 
 
 		 470 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.566125 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3747  hypothetical protein  23.71 
 
 		 479 aa  53.9  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0095  protein of unknown function DUF1254  24.47 
 
 		 491 aa  53.5  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.870201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5158  hypothetical protein  21.08 
 
 		 480 aa  53.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2605  protein of unknown function DUF1214  30.77 
 
 		 291 aa  52.8  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461285  hitchhiker  0.000899244 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4778  hypothetical protein  23.17 
 
 		 478 aa  53.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.535493 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0165  hypothetical protein  32.76 
 
 		 478 aa  52.4  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477037  normal  0.139033 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1293  hypothetical protein  23.37 
 
 		 482 aa  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0149064 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2624  protein of unknown function DUF1214  24.1 
 
 		 459 aa  52.8  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000350326  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2480  protein of unknown function DUF1254  22.84 
 
 		 445 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0779635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5367  hypothetical protein  22.93 
 
 		 478 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4826  hypothetical protein  31.9 
 
 		 479 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.853525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5493  hypothetical protein  22.93 
 
 		 478 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0168482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5372  hypothetical protein  31.9 
 
 		 479 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.920481 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3454  hypothetical protein  25.15 
 
 		 473 aa  51.6  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3496  hypothetical protein  29.41 
 
 		 449 aa  50.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3051  hypothetical protein  25.44 
 
 		 480 aa  51.2  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.738736  normal  0.746733 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3300  hypothetical protein  22.74 
 
 		 475 aa  49.7  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.064553 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7169  protein of unknown function DUF1214  30.89 
 
 		 456 aa  49.3  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000893  hypothetical protein  22.06 
 
 		 435 aa  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3918  hypothetical protein  32.48 
 
 		 437 aa  48.5  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0232  protein of unknown function DUF1254  23.1 
 
 		 436 aa  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3077  hypothetical protein  22.2 
 
 		 474 aa  48.1  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.923842  normal  0.428423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1716  hypothetical protein  21.39 
 
 		 462 aa  46.6  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0458772  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0254  hypothetical protein  24.24 
 
 		 542 aa  45.8  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6080  hypothetical protein  23.37 
 
 		 423 aa  45.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.985101  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3898  hypothetical protein  30.91 
 
 		 442 aa  45.8  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143262  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3476  hypothetical protein  21.77 
 
 		 479 aa  45.8  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.558971  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>