129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3684 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3684  hypothetical protein  100 
 
 		 488 aa  989    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0446196  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1467  protein of unknown function DUF1254  62.92 
 
 		 471 aa  615  1e-175  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00137026  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3747  hypothetical protein  52.92 
 
 		 479 aa  489  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6960  protein of unknown function DUF1254  51.01 
 
 		 480 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4882  hypothetical protein  51.46 
 
 		 481 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.196066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1631  hypothetical protein  47.92 
 
 		 798 aa  434  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.619053  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6909  protein of unknown function DUF1254  52.55 
 
 		 470 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.566125 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3476  hypothetical protein  48.88 
 
 		 479 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.558971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5158  hypothetical protein  48.86 
 
 		 480 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5226  hypothetical protein  45.88 
 
 		 480 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.254071 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3051  hypothetical protein  46.4 
 
 		 480 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.738736  normal  0.746733 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3151  hypothetical protein  47.1 
 
 		 479 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00208087  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3213  hypothetical protein  47.1 
 
 		 479 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.211255  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3163  hypothetical protein  47.1 
 
 		 479 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4218  hypothetical protein  38.29 
 
 		 467 aa  301  2e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.314234  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4623  protein of unknown function DUF1254  36.69 
 
 		 482 aa  257  3e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8195  protein of unknown function DUF1254  35.23 
 
 		 482 aa  252  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0382  hypothetical protein  36.09 
 
 		 476 aa  250  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6753  hypothetical protein  35.06 
 
 		 482 aa  250  4e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00687417 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4566  hypothetical protein  34.91 
 
 		 470 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348758  normal  0.0184707 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1253  hypothetical protein  34.57 
 
 		 476 aa  239  1e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.881685  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0466  protein of unknown function DUF1254  35.19 
 
 		 478 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1832  hypothetical protein  34.11 
 
 		 488 aa  231  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0322254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2480  protein of unknown function DUF1254  35.57 
 
 		 445 aa  231  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0779635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2634  hypothetical protein  34.72 
 
 		 459 aa  229  8e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.805074 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3829  protein of unknown function DUF1254  31.66 
 
 		 445 aa  228  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7485  protein of unknown function DUF1254  32.45 
 
 		 490 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3989  hypothetical protein  32.71 
 
 		 473 aa  223  6e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0423  hypothetical protein  34.3 
 
 		 477 aa  216  7e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531053  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1716  hypothetical protein  33.18 
 
 		 462 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0458772  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0232  protein of unknown function DUF1254  33.77 
 
 		 436 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4247  hypothetical protein  33.41 
 
 		 472 aa  212  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.53241  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5642  hypothetical protein  31.97 
 
 		 435 aa  196  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0350  hypothetical protein  32.14 
 
 		 465 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0215119  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3986  phosphatidylserine decarboxylase  30.31 
 
 		 461 aa  182  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0741  protein of unknown function DUF1214  30.02 
 
 		 490 aa  170  7e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3454  hypothetical protein  31.46 
 
 		 473 aa  169  8e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3390  protein of unknown function DUF1254  31.45 
 
 		 447 aa  169  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3898  hypothetical protein  33.41 
 
 		 442 aa  167  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143262  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2471  hypothetical protein  29.73 
 
 		 488 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3029  hypothetical protein  28.85 
 
 		 488 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633531 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5150  protein of unknown function DUF1214  32.92 
 
 		 464 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  0.802645 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6666  protein of unknown function DUF1214  32.28 
 
 		 492 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.371166  normal  0.505876 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3704  hypothetical protein  29.79 
 
 		 436 aa  160  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5000  hypothetical protein  29.53 
 
 		 512 aa  160  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1063  hypothetical protein  28.76 
 
 		 493 aa  159  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.294245  normal  0.0969669 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4637  hypothetical protein  32.67 
 
 		 421 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0102  protein of unknown function DUF1254  26.42 
 
 		 487 aa  154  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.972928 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3077  hypothetical protein  29.43 
 
 		 474 aa  153  8e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.923842  normal  0.428423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3919  hypothetical protein  32.27 
 
 		 438 aa  153  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.820039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0095  protein of unknown function DUF1254  25.96 
 
 		 491 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.870201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1374  hypothetical protein  30.99 
 
 		 445 aa  151  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3918  hypothetical protein  28.01 
 
 		 437 aa  150  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1456  hypothetical protein  30.27 
 
 		 482 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2472  hypothetical protein  28.25 
 
 		 469 aa  144  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3520  hypothetical protein  29.64 
 
 		 427 aa  143  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1208  hypothetical protein  26.77 
 
 		 484 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.614813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4317  hypothetical protein  31.49 
 
 		 470 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.872596 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1375  hypothetical protein  27.61 
 
 		 465 aa  142  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2979  hypothetical protein  25.7 
 
 		 462 aa  141  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.293037  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2936  putative lipoprotein  29.27 
 
 		 465 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0744  hypothetical protein  30.6 
 
 		 485 aa  138  2e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.278709 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3038  hypothetical protein  26.86 
 
 		 431 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4778  hypothetical protein  29.19 
 
 		 478 aa  136  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.535493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2989  hypothetical protein  27.54 
 
 		 431 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6891  protein of unknown function DUF1214  27.87 
 
 		 472 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0179873  normal  0.195601 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5372  hypothetical protein  29.5 
 
 		 479 aa  134  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.920481 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5367  hypothetical protein  28.76 
 
 		 478 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5493  hypothetical protein  28.76 
 
 		 478 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0168482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0165  hypothetical protein  28.1 
 
 		 478 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477037  normal  0.139033 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000893  hypothetical protein  25.76 
 
 		 435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0254  hypothetical protein  26.32 
 
 		 542 aa  131  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4826  hypothetical protein  29.28 
 
 		 479 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.853525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3300  hypothetical protein  28.13 
 
 		 475 aa  128  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.064553 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1847  putative lipoprotein  26.42 
 
 		 473 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.418718  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0851  putative lipoprotein  26.42 
 
 		 473 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.437824  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1141  putative lipoprotein  26.42 
 
 		 473 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2115  putative lipoprotein  26.42 
 
 		 473 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0409  putative lipoprotein  26.2 
 
 		 473 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390709  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1757  hypothetical protein  26.44 
 
 		 432 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5162  hypothetical protein  28.6 
 
 		 432 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0319  putative lipoprotein  26.2 
 
 		 473 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6080  hypothetical protein  28.2 
 
 		 423 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.985101  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5465  hypothetical protein  27.85 
 
 		 451 aa  121  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640967  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2166  putative lipoprotein  25.37 
 
 		 484 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.459318  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1147  hypothetical protein  27.16 
 
 		 479 aa  112  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.294682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1293  hypothetical protein  24.5 
 
 		 482 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0149064 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3490  protein of unknown function DUF1254  28.02 
 
 		 452 aa  111  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1113  protein of unknown function DUF1214  40.22 
 
 		 200 aa  106  1e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.540526  normal  0.810485 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3496  hypothetical protein  25.79 
 
 		 449 aa  95.5  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5319  hypothetical protein  24.06 
 
 		 467 aa  93.6  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.138792 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4999  hypothetical protein  27.1 
 
 		 506 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0433305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1209  hypothetical protein  25.99 
 
 		 445 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.376745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7169  protein of unknown function DUF1214  27.64 
 
 		 456 aa  88.2  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6394  hypothetical protein  25.8 
 
 		 491 aa  84.7  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1115  protein of unknown function DUF1214  33.17 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.829732 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2624  protein of unknown function DUF1214  24.65 
 
 		 459 aa  77.8  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000350326  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6665  protein of unknown function DUF1214  25.62 
 
 		 512 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110382  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2605  protein of unknown function DUF1214  34.34 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461285  hitchhiker  0.000899244 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3918  protein of unknown function DUF1214  25.55 
 
 		 512 aa  72.8  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>