139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3029 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5000  hypothetical protein  70.42 
 
 		 512 aa  694    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3029  hypothetical protein  100 
 
 		 488 aa  1010    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633531 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6666  protein of unknown function DUF1214  52.46 
 
 		 492 aa  537  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.371166  normal  0.505876 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3077  hypothetical protein  51.31 
 
 		 474 aa  496  1e-139  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.923842  normal  0.428423 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1208  hypothetical protein  50.44 
 
 		 484 aa  478  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.614813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0741  protein of unknown function DUF1214  51.13 
 
 		 490 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2979  hypothetical protein  47.45 
 
 		 462 aa  437  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.293037  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0423  hypothetical protein  33.41 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531053  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6753  hypothetical protein  31.66 
 
 		 482 aa  212  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00687417 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3829  protein of unknown function DUF1254  31.02 
 
 		 445 aa  201  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4566  hypothetical protein  29.82 
 
 		 470 aa  198  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348758  normal  0.0184707 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8195  protein of unknown function DUF1254  30.23 
 
 		 482 aa  196  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6960  protein of unknown function DUF1254  31.43 
 
 		 480 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4623  protein of unknown function DUF1254  31.01 
 
 		 482 aa  190  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4247  hypothetical protein  30.25 
 
 		 472 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.53241  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4882  hypothetical protein  30.77 
 
 		 481 aa  184  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.196066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1631  hypothetical protein  31.36 
 
 		 798 aa  179  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.619053  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1467  protein of unknown function DUF1254  29.53 
 
 		 471 aa  174  3.9999999999999995e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00137026  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1253  hypothetical protein  30.91 
 
 		 476 aa  173  5.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.881685  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7485  protein of unknown function DUF1254  30.44 
 
 		 490 aa  171  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1716  hypothetical protein  30 
 
 		 462 aa  167  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0458772  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3747  hypothetical protein  31.75 
 
 		 479 aa  167  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4218  hypothetical protein  28.34 
 
 		 467 aa  163  8.000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.314234  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5226  hypothetical protein  29.84 
 
 		 480 aa  162  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.254071 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1832  hypothetical protein  29.28 
 
 		 488 aa  161  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0322254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3163  hypothetical protein  29.59 
 
 		 479 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5158  hypothetical protein  28.71 
 
 		 480 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6909  protein of unknown function DUF1254  30.04 
 
 		 470 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.566125 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3684  hypothetical protein  28.1 
 
 		 488 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0446196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2480  protein of unknown function DUF1254  26.99 
 
 		 445 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0779635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2634  hypothetical protein  27.43 
 
 		 459 aa  153  8e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.805074 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3051  hypothetical protein  30.11 
 
 		 480 aa  153  8.999999999999999e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.738736  normal  0.746733 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3476  hypothetical protein  29.39 
 
 		 479 aa  152  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.558971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0466  protein of unknown function DUF1254  30.18 
 
 		 478 aa  150  7e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3151  hypothetical protein  29.96 
 
 		 479 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00208087  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3213  hypothetical protein  29.96 
 
 		 479 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.211255  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2472  hypothetical protein  25.55 
 
 		 469 aa  148  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3989  hypothetical protein  26.99 
 
 		 473 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0382  hypothetical protein  30.37 
 
 		 476 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4637  hypothetical protein  28.15 
 
 		 421 aa  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3919  hypothetical protein  27.68 
 
 		 438 aa  143  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.820039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3918  hypothetical protein  26.77 
 
 		 437 aa  143  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3898  hypothetical protein  29.9 
 
 		 442 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143262  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5150  protein of unknown function DUF1214  28.51 
 
 		 464 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  0.802645 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3704  hypothetical protein  27.59 
 
 		 436 aa  131  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5642  hypothetical protein  25.44 
 
 		 435 aa  131  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0232  protein of unknown function DUF1254  26.77 
 
 		 436 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1374  hypothetical protein  27.39 
 
 		 445 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3390  protein of unknown function DUF1254  26.89 
 
 		 447 aa  121  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1375  hypothetical protein  26.59 
 
 		 465 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3520  hypothetical protein  24.77 
 
 		 427 aa  119  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1293  hypothetical protein  24.43 
 
 		 482 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0149064 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0095  protein of unknown function DUF1254  24.39 
 
 		 491 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.870201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4778  hypothetical protein  27.41 
 
 		 478 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.535493 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0254  hypothetical protein  24.84 
 
 		 542 aa  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2471  hypothetical protein  25 
 
 		 488 aa  111  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0350  hypothetical protein  27.18 
 
 		 465 aa  111  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0215119  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5372  hypothetical protein  27.04 
 
 		 479 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.920481 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5367  hypothetical protein  27.16 
 
 		 478 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5493  hypothetical protein  27.16 
 
 		 478 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0168482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0165  hypothetical protein  25.81 
 
 		 478 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477037  normal  0.139033 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2936  putative lipoprotein  27.02 
 
 		 465 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0102  protein of unknown function DUF1254  24.75 
 
 		 487 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.972928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4826  hypothetical protein  26.79 
 
 		 479 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.853525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0409  putative lipoprotein  26.11 
 
 		 473 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390709  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3496  hypothetical protein  34.22 
 
 		 449 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1847  putative lipoprotein  25.61 
 
 		 473 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.418718  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0851  putative lipoprotein  25.61 
 
 		 473 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.437824  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1141  putative lipoprotein  25.61 
 
 		 473 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2115  putative lipoprotein  25.61 
 
 		 473 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1757  hypothetical protein  25.86 
 
 		 432 aa  107  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0319  putative lipoprotein  25.86 
 
 		 473 aa  107  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6891  protein of unknown function DUF1214  27.18 
 
 		 472 aa  106  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0179873  normal  0.195601 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1113  protein of unknown function DUF1214  37.8 
 
 		 200 aa  105  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.540526  normal  0.810485 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1063  hypothetical protein  23.93 
 
 		 493 aa  104  4e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.294245  normal  0.0969669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3454  hypothetical protein  25.91 
 
 		 473 aa  103  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3300  hypothetical protein  26.92 
 
 		 475 aa  103  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.064553 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5162  hypothetical protein  26.17 
 
 		 432 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3986  phosphatidylserine decarboxylase  25.43 
 
 		 461 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4317  hypothetical protein  26.72 
 
 		 470 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.872596 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3490  protein of unknown function DUF1254  25.22 
 
 		 452 aa  97.4  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4999  hypothetical protein  26.92 
 
 		 506 aa  96.7  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0433305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1147  hypothetical protein  25.16 
 
 		 479 aa  95.9  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.294682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6665  protein of unknown function DUF1214  26.06 
 
 		 512 aa  95.1  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110382  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2166  putative lipoprotein  24.18 
 
 		 484 aa  94.7  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.459318  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1115  protein of unknown function DUF1214  38.12 
 
 		 222 aa  93.6  7e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.829732 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1456  hypothetical protein  24.7 
 
 		 482 aa  92.4  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3038  hypothetical protein  24.88 
 
 		 431 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0592  hypothetical protein  24.9 
 
 		 511 aa  85.1  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.930976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6080  hypothetical protein  26.61 
 
 		 423 aa  84  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.985101  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2579  hypothetical protein  25.06 
 
 		 512 aa  82  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0744  hypothetical protein  23.93 
 
 		 485 aa  80.9  0.00000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.278709 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2624  protein of unknown function DUF1214  29.13 
 
 		 459 aa  79  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000350326  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2605  protein of unknown function DUF1214  28.51 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461285  hitchhiker  0.000899244 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1209  hypothetical protein  24.42 
 
 		 445 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.376745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2989  hypothetical protein  22.98 
 
 		 431 aa  77  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7169  protein of unknown function DUF1214  23.59 
 
 		 456 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3918  protein of unknown function DUF1214  22.61 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3030  hypothetical protein  23.03 
 
 		 495 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756301 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6394  hypothetical protein  24.87 
 
 		 491 aa  75.1  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>