139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3989 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3989  hypothetical protein  100 
 
 
473 aa  979    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3829  protein of unknown function DUF1254  35.97 
 
 
445 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4566  hypothetical protein  34.85 
 
 
470 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348758  normal  0.0184707 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2634  hypothetical protein  33.97 
 
 
459 aa  276  8e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.805074 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0466  protein of unknown function DUF1254  36.4 
 
 
478 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2480  protein of unknown function DUF1254  35.03 
 
 
445 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0779635  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8195  protein of unknown function DUF1254  33.4 
 
 
482 aa  271  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1832  hypothetical protein  36.46 
 
 
488 aa  270  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0322254  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1253  hypothetical protein  35.12 
 
 
476 aa  268  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.881685  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6753  hypothetical protein  33.55 
 
 
482 aa  266  8e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00687417 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1716  hypothetical protein  34.08 
 
 
462 aa  260  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0458772  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0423  hypothetical protein  34.01 
 
 
477 aa  256  5e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531053  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4247  hypothetical protein  36.95 
 
 
472 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.53241  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7485  protein of unknown function DUF1254  33.56 
 
 
490 aa  253  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0382  hypothetical protein  33.78 
 
 
476 aa  247  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5226  hypothetical protein  33.78 
 
 
480 aa  247  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.254071 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5158  hypothetical protein  31.6 
 
 
480 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1631  hypothetical protein  35.29 
 
 
798 aa  242  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.619053  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6909  protein of unknown function DUF1254  36.43 
 
 
470 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.566125 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3051  hypothetical protein  33.19 
 
 
480 aa  232  8.000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.738736  normal  0.746733 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1467  protein of unknown function DUF1254  31.51 
 
 
471 aa  228  3e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00137026  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3919  hypothetical protein  35.88 
 
 
438 aa  226  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.820039  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6960  protein of unknown function DUF1254  35.5 
 
 
480 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0350  hypothetical protein  30.48 
 
 
465 aa  225  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0215119  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0232  protein of unknown function DUF1254  33.49 
 
 
436 aa  225  2e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4623  protein of unknown function DUF1254  31.09 
 
 
482 aa  223  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1374  hypothetical protein  33.25 
 
 
445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3898  hypothetical protein  34.51 
 
 
442 aa  219  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143262  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3476  hypothetical protein  33.56 
 
 
479 aa  216  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.558971  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3454  hypothetical protein  33.41 
 
 
473 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4882  hypothetical protein  34.22 
 
 
481 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.196066  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3986  phosphatidylserine decarboxylase  31.25 
 
 
461 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3684  hypothetical protein  33.63 
 
 
488 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0446196  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3163  hypothetical protein  30.6 
 
 
479 aa  211  3e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3151  hypothetical protein  32.27 
 
 
479 aa  209  6e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00208087  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3213  hypothetical protein  32.27 
 
 
479 aa  209  6e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.211255  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4218  hypothetical protein  31.84 
 
 
467 aa  208  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.314234  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3390  protein of unknown function DUF1254  33.18 
 
 
447 aa  206  6e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3704  hypothetical protein  31.46 
 
 
436 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0102  protein of unknown function DUF1254  30.22 
 
 
487 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.972928 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3747  hypothetical protein  31.91 
 
 
479 aa  201  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4637  hypothetical protein  33.42 
 
 
421 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5642  hypothetical protein  31.82 
 
 
435 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2472  hypothetical protein  30.23 
 
 
469 aa  194  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0095  protein of unknown function DUF1254  29.53 
 
 
491 aa  193  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.870201  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1375  hypothetical protein  29.87 
 
 
465 aa  190  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1456  hypothetical protein  29.96 
 
 
482 aa  190  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3918  hypothetical protein  29.65 
 
 
437 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5162  hypothetical protein  29.63 
 
 
432 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0254  hypothetical protein  30.98 
 
 
542 aa  183  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6666  protein of unknown function DUF1214  29.02 
 
 
492 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.371166  normal  0.505876 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2471  hypothetical protein  30.79 
 
 
488 aa  177  4e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4317  hypothetical protein  31.19 
 
 
470 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.872596 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5150  protein of unknown function DUF1214  28.63 
 
 
464 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  0.802645 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1063  hypothetical protein  30.52 
 
 
493 aa  170  5e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.294245  normal  0.0969669 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0744  hypothetical protein  28.67 
 
 
485 aa  168  2e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.278709 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3038  hypothetical protein  31.44 
 
 
431 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2166  putative lipoprotein  28.95 
 
 
484 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.459318  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0409  putative lipoprotein  29.09 
 
 
473 aa  166  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390709  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0319  putative lipoprotein  29.09 
 
 
473 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1757  hypothetical protein  29.09 
 
 
432 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2989  hypothetical protein  31.93 
 
 
431 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1847  putative lipoprotein  28.85 
 
 
473 aa  162  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.418718  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0851  putative lipoprotein  28.85 
 
 
473 aa  162  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.437824  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1141  putative lipoprotein  28.85 
 
 
473 aa  162  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2115  putative lipoprotein  28.85 
 
 
473 aa  162  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2936  putative lipoprotein  27.89 
 
 
465 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6891  protein of unknown function DUF1214  27.11 
 
 
472 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0179873  normal  0.195601 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1147  hypothetical protein  30.22 
 
 
479 aa  154  5e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.294682  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2979  hypothetical protein  28.04 
 
 
462 aa  152  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.293037  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5367  hypothetical protein  27.05 
 
 
478 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5493  hypothetical protein  27.05 
 
 
478 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0168482  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4778  hypothetical protein  27.05 
 
 
478 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.535493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3029  hypothetical protein  26.99 
 
 
488 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.633531 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0165  hypothetical protein  26.64 
 
 
478 aa  147  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477037  normal  0.139033 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4826  hypothetical protein  26.86 
 
 
479 aa  147  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.853525  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3300  hypothetical protein  29.88 
 
 
475 aa  147  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.064553 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5372  hypothetical protein  26.86 
 
 
479 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.920481 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0741  protein of unknown function DUF1214  26.13 
 
 
490 aa  145  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5000  hypothetical protein  27.44 
 
 
512 aa  144  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163634  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5319  hypothetical protein  27.25 
 
 
467 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.138792 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3520  hypothetical protein  26.41 
 
 
427 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000893  hypothetical protein  27.15 
 
 
435 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6080  hypothetical protein  30.89 
 
 
423 aa  139  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.985101  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3077  hypothetical protein  26.9 
 
 
474 aa  137  4e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.923842  normal  0.428423 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1208  hypothetical protein  26.35 
 
 
484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.614813  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3490  protein of unknown function DUF1254  28.61 
 
 
452 aa  123  6e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2980  hypothetical protein  28.32 
 
 
466 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.125715  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1293  hypothetical protein  27.04 
 
 
482 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0149064 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4286  hypothetical protein  26.58 
 
 
480 aa  114  5e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4372  hypothetical protein  26.58 
 
 
480 aa  114  5e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0578425  normal  0.546982 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3918  protein of unknown function DUF1214  26.21 
 
 
512 aa  105  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0910  hypothetical protein  28.61 
 
 
517 aa  103  5e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.190364  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1113  protein of unknown function DUF1214  38.06 
 
 
200 aa  103  8e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.540526  normal  0.810485 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1209  hypothetical protein  25.75 
 
 
445 aa  103  9e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.376745  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3377  putative lipoprotein  23.94 
 
 
499 aa  98.6  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.220862  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1115  protein of unknown function DUF1214  39.1 
 
 
222 aa  97.1  6e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.829732 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4999  hypothetical protein  25.53 
 
 
506 aa  93.2  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0433305  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7169  protein of unknown function DUF1214  26.46 
 
 
456 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0604  hypothetical protein  25.58 
 
 
457 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.620958  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>