119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0102 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0102  protein of unknown function DUF1254  100 
 
 
487 aa  984    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.972928 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0095  protein of unknown function DUF1254  92.59 
 
 
491 aa  915    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.870201  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0254  hypothetical protein  58.87 
 
 
542 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4247  hypothetical protein  39.46 
 
 
472 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.53241  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4566  hypothetical protein  36.05 
 
 
470 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348758  normal  0.0184707 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3829  protein of unknown function DUF1254  35.86 
 
 
445 aa  283  5.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0382  hypothetical protein  35.89 
 
 
476 aa  274  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2480  protein of unknown function DUF1254  37.13 
 
 
445 aa  263  6e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0779635  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0466  protein of unknown function DUF1254  35.4 
 
 
478 aa  256  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6753  hypothetical protein  35.1 
 
 
482 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00687417 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8195  protein of unknown function DUF1254  35.17 
 
 
482 aa  253  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2634  hypothetical protein  35.36 
 
 
459 aa  250  4e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.805074 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0423  hypothetical protein  35.07 
 
 
477 aa  246  4.9999999999999997e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531053  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1253  hypothetical protein  34.54 
 
 
476 aa  246  6e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.881685  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1757  hypothetical protein  37.47 
 
 
432 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0409  putative lipoprotein  37.47 
 
 
473 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390709  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0319  putative lipoprotein  37.47 
 
 
473 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0232  protein of unknown function DUF1254  36.53 
 
 
436 aa  243  7e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1847  putative lipoprotein  37.21 
 
 
473 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.418718  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0851  putative lipoprotein  37.21 
 
 
473 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.437824  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1141  putative lipoprotein  37.21 
 
 
473 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2115  putative lipoprotein  37.21 
 
 
473 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1832  hypothetical protein  34.51 
 
 
488 aa  240  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0322254  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7485  protein of unknown function DUF1254  32.71 
 
 
490 aa  238  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1716  hypothetical protein  34.7 
 
 
462 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0458772  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2166  putative lipoprotein  35.29 
 
 
484 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.459318  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3454  hypothetical protein  35.87 
 
 
473 aa  219  1e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4317  hypothetical protein  33.82 
 
 
470 aa  218  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.872596 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6891  protein of unknown function DUF1214  33.26 
 
 
472 aa  216  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0179873  normal  0.195601 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2936  putative lipoprotein  34.19 
 
 
465 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4623  protein of unknown function DUF1254  32.01 
 
 
482 aa  204  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5367  hypothetical protein  33.03 
 
 
478 aa  203  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5493  hypothetical protein  33.03 
 
 
478 aa  203  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0168482  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3989  hypothetical protein  30.22 
 
 
473 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4778  hypothetical protein  32.96 
 
 
478 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.535493 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3300  hypothetical protein  34.24 
 
 
475 aa  199  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.064553 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5372  hypothetical protein  32.05 
 
 
479 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.920481 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0165  hypothetical protein  33.12 
 
 
478 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477037  normal  0.139033 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4826  hypothetical protein  31.69 
 
 
479 aa  190  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.853525  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1467  protein of unknown function DUF1254  28.48 
 
 
471 aa  174  2.9999999999999996e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00137026  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1063  hypothetical protein  27.42 
 
 
493 aa  169  1e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.294245  normal  0.0969669 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3898  hypothetical protein  29.93 
 
 
442 aa  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143262  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3919  hypothetical protein  31.19 
 
 
438 aa  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.820039  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6909  protein of unknown function DUF1254  30.16 
 
 
470 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.566125 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2472  hypothetical protein  29.57 
 
 
469 aa  149  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3986  phosphatidylserine decarboxylase  26.17 
 
 
461 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5158  hypothetical protein  27.27 
 
 
480 aa  144  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3684  hypothetical protein  27.11 
 
 
488 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0446196  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4882  hypothetical protein  27.91 
 
 
481 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.196066  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1374  hypothetical protein  29.14 
 
 
445 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5162  hypothetical protein  30.66 
 
 
432 aa  140  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0744  hypothetical protein  25.68 
 
 
485 aa  140  7e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.278709 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3476  hypothetical protein  27.82 
 
 
479 aa  139  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.558971  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3051  hypothetical protein  29.25 
 
 
480 aa  139  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.738736  normal  0.746733 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0350  hypothetical protein  28.11 
 
 
465 aa  138  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0215119  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5226  hypothetical protein  26.12 
 
 
480 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.254071 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1631  hypothetical protein  26.54 
 
 
798 aa  137  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.619053  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6960  protein of unknown function DUF1254  27.25 
 
 
480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1456  hypothetical protein  28.8 
 
 
482 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4218  hypothetical protein  23.48 
 
 
467 aa  135  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.314234  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3747  hypothetical protein  26.86 
 
 
479 aa  134  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3163  hypothetical protein  26.4 
 
 
479 aa  131  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3704  hypothetical protein  29.55 
 
 
436 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1147  hypothetical protein  28.94 
 
 
479 aa  126  9e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.294682  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3151  hypothetical protein  28.21 
 
 
479 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00208087  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3213  hypothetical protein  28.21 
 
 
479 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.211255  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5642  hypothetical protein  25.91 
 
 
435 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2471  hypothetical protein  26.24 
 
 
488 aa  125  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1375  hypothetical protein  28.21 
 
 
465 aa  124  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3390  protein of unknown function DUF1254  28.57 
 
 
447 aa  117  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6666  protein of unknown function DUF1214  24.36 
 
 
492 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.371166  normal  0.505876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3520  hypothetical protein  29.47 
 
 
427 aa  109  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3029  hypothetical protein  24.75 
 
 
488 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.633531 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1293  hypothetical protein  25.57 
 
 
482 aa  106  7e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0149064 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3077  hypothetical protein  24.68 
 
 
474 aa  102  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.923842  normal  0.428423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5000  hypothetical protein  24.79 
 
 
512 aa  103  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163634  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3918  hypothetical protein  26.15 
 
 
437 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5150  protein of unknown function DUF1214  26.26 
 
 
464 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  0.802645 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1208  hypothetical protein  26.22 
 
 
484 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.614813  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4637  hypothetical protein  28.5 
 
 
421 aa  100  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6080  hypothetical protein  26.61 
 
 
423 aa  98.6  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.985101  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0741  protein of unknown function DUF1214  24.04 
 
 
490 aa  98.6  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2979  hypothetical protein  25.63 
 
 
462 aa  94.4  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.293037  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3496  hypothetical protein  24.62 
 
 
449 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1113  protein of unknown function DUF1214  32.52 
 
 
200 aa  83.2  0.000000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.540526  normal  0.810485 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5319  hypothetical protein  24.2 
 
 
467 aa  83.2  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.138792 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1115  protein of unknown function DUF1214  32.6 
 
 
222 aa  80.1  0.00000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.829732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7169  protein of unknown function DUF1214  23.44 
 
 
456 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5465  hypothetical protein  26.45 
 
 
451 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640967  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3490  protein of unknown function DUF1254  23.41 
 
 
452 aa  78.2  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2980  hypothetical protein  25.06 
 
 
466 aa  77.4  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.125715  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1114  protein of unknown function DUF1254  34.21 
 
 
196 aa  75.9  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4286  hypothetical protein  24.45 
 
 
480 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4372  hypothetical protein  24.45 
 
 
480 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0578425  normal  0.546982 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2989  hypothetical protein  22.22 
 
 
431 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1116  protein of unknown function DUF1254  34.86 
 
 
191 aa  72.4  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.810485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3038  hypothetical protein  26.63 
 
 
431 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2579  hypothetical protein  24.76 
 
 
512 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1209  hypothetical protein  23.16 
 
 
445 aa  67.8  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.376745  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6665  protein of unknown function DUF1214  23.45 
 
 
512 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110382  normal  0.780423 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>