More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0619 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0619  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  527  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0738447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0574  LuxR family DNA-binding response regulator  91.86 
 
 		 258 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0613  two component LuxR family transcriptional regulator  91.86 
 
 		 258 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0682847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4590  two component LuxR family transcriptional regulator  84.88 
 
 		 258 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.038066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0640  two component LuxR family transcriptional regulator  68.08 
 
 		 269 aa  352  5e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4836  DNA binding response regulator, LuxR family  62.9 
 
 		 260 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.765839  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4376  LuxR response regulator receiver  60.87 
 
 		 265 aa  308  4e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.945677 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55810  putative two-component response regulator  49.81 
 
 		 275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4863  LuxR family DNA-binding response regulator  50.76 
 
 		 272 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.090532  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2151  two component LuxR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2881  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.47 
 
 		 212 aa  99.4  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.08 
 
 		 216 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.08 
 
 		 216 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0981  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.96 
 
 		 221 aa  95.5  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1860  two component LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 235 aa  89  7e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 225 aa  88.6  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  27.85 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2809  two component LuxR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 219 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.09 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0819  LuxR family two component transcriptional regulator  29.91 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.633548  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3680  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.233635 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2430  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.33 
 
 		 231 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.33 
 
 		 231 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1537  two component LuxR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 242 aa  80.5  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.81 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 215 aa  81.3  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0806  two component LuxR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2955  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.54 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.800941 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02441  two-component response regulator  28.63 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2399  response regulator receiver protein  27.42 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.635003 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0213  DNA-binding response regulator  38.28 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0254  DNA-binding response regulator  38.28 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000466037 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 460 aa  78.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0996419 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3494  two component LuxR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0403  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 		 374 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.150899 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2491  LuxR response regulator receiver  28.94 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0747  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.5 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.643618  normal  0.38139 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01891  two-component response regulator  28.74 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.991625  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  37.01 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.91 
 
 		 253 aa  76.6  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4366  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.56 
 
 		 225 aa  77  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4847  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 147 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0738416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01871  two-component response regulator  29.51 
 
 		 242 aa  76.3  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3794  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 		 376 aa  76.3  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0277983  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01871  two-component response regulator  28.28 
 
 		 242 aa  76.3  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.528311  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0301  two component LuxR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.54347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0315  two component LuxR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0084678 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2239  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 466 aa  75.5  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1708  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.43 
 
 		 463 aa  75.9  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0547  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4219  response regulator receiver protein  29.67 
 
 		 217 aa  75.5  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  hitchhiker  0.000784643 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 204 aa  74.7  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2107  two component LuxR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 245 aa  75.1  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.66 
 
 		 463 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346405  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0171  two component LuxR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0031  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.62 
 
 		 229 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 217 aa  75.1  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0618  DNA-binding response regulator  34.13 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0651  DNA-binding response regulator  34.13 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0279  response regulator receiver protein  28.39 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01981  two-component response regulator  28.28 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.125891  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0780  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6596  two component LuxR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 249 aa  73.6  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1440  response regulator  32.29 
 
 		 391 aa  73.2  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0677305  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0719  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0563  response regulator  34.13 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2427  two component LuxR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 245 aa  73.2  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.27075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2642  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 1216 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.974276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2873  two component LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1735  DNA-binding response regulator  34.59 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0708  DNA-binding response regulator  34.13 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.675964 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0562  response regulator  34.13 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1740  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.72 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000204942  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4491  two component LuxR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 233 aa  72.8  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.697305 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0504  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35 
 
 		 443 aa  72.4  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0253  DNA-binding response regulator PhoB  37.17 
 
 		 229 aa  72  0.000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0503  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  72  0.000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 239 aa  72  0.00000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4651  DNA-binding response regulator  34.13 
 
 		 225 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00217543  unclonable  3.82242e-26 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1183  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.47 
 
 		 481 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2987  LuxR family two component transcriptional regulator  27.12 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 209 aa  71.6  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 481 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.874499  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0889  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 457 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.562969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1198  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.67 
 
 		 225 aa  71.6  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0351  DNA-binding response regulator  32.05 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3443  response regulator receiver protein  30 
 
 		 223 aa  71.6  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0537  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35 
 
 		 446 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2232  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  36.21 
 
 		 227 aa  71.6  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.326614  normal  0.43086 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>