109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0874 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0874  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 196 aa  392  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.392038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2070  XRE family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 190 aa  95.5  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0855  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1711  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 186 aa  65.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 504 aa  50.8  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  41.89 
 
 		 488 aa  50.1  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  33.7 
 
 		 516 aa  49.3  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  41.18 
 
 		 272 aa  49.3  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  33.96 
 
 		 495 aa  48.9  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 68 aa  48.1  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 77 aa  47.8  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 505 aa  47.8  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 196 aa  47.4  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 825 aa  47.4  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 179 aa  47  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  36.78 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 488 aa  47  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 125 aa  46.2  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 490 aa  45.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3863  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  32.69 
 
 		 507 aa  45.4  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.640494  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  37.35 
 
 		 95 aa  45.4  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0914  helix-turn-helix domain protein  37.93 
 
 		 106 aa  45.4  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0680459  hitchhiker  0.00000175026 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  40.62 
 
 		 149 aa  45.4  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 209 aa  45.1  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0670  transcriptional regulator  27.4 
 
 		 129 aa  45.1  0.0007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000580347  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3647  transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 		 507 aa  45.1  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 104 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 208 aa  44.7  0.0008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  41.18 
 
 		 216 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  36.23 
 
 		 144 aa  44.7  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1896  transcriptional regulator, XRE family  28.26 
 
 		 512 aa  44.7  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1256  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 491 aa  45.1  0.0008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  35.29 
 
 		 489 aa  44.7  0.0009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  35.29 
 
 		 303 aa  43.9  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 81 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 76 aa  44.3  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 110 aa  44.7  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 488 aa  44.3  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  32.89 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 490 aa  43.9  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1997  helix-turn-helix domain protein  36.07 
 
 		 107 aa  44.3  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285438  hitchhiker  0.000964376 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 117 aa  43.9  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  32.38 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 104 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  43.14 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2675  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 422 aa  43.1  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0980951  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 513 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 96 aa  43.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  36.07 
 
 		 104 aa  43.5  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 67 aa  43.9  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 374 aa  42.7  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2600  transcriptional regulator  22.99 
 
 		 423 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00128459  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  35.94 
 
 		 508 aa  42.7  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 77 aa  42.7  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5730  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  43.1  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 374 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  33.02 
 
 		 194 aa  43.1  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  36.51 
 
 		 201 aa  42.7  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  37.18 
 
 		 190 aa  43.1  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 374 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 374 aa  42.4  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  36.67 
 
 		 374 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 205 aa  42.4  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 374 aa  42.4  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 380 aa  42.7  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0070  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 67 aa  42.4  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0082  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5234  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302998 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 374 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  28.89 
 
 		 517 aa  42.4  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  35.05 
 
 		 503 aa  42.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 300 aa  42  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  32.79 
 
 		 68 aa  42  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0363  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 68 aa  42.4  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  39.71 
 
 		 195 aa  42.4  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 118 aa  42.4  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0075  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 73 aa  42  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  39.39 
 
 		 283 aa  42.4  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  35.71 
 
 		 436 aa  42  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0941  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 141 aa  42  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.551097  normal  0.0671843 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  31.91 
 
 		 182 aa  42  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 		 312 aa  42  0.006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0073  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  42  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0074  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  42  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0070  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 67 aa  42  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0070  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 67 aa  42  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0074  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  42  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  48.15 
 
 		 199 aa  42  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 93 aa  42  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0086  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  42  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786766  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0083  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  42  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000440854 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 124 aa  42  0.006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  31.94 
 
 		 188 aa  41.6  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 176 aa  41.6  0.007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>