More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3798 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3798  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
462 aa  921    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2477  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.72 
 
 
484 aa  432  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.32 
 
 
468 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1884  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.35 
 
 
464 aa  418  1e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0017284  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3584  outer membrane protein oprM  51.32 
 
 
468 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4008  outer membrane protein oprM  51.42 
 
 
468 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2510  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48 
 
 
465 aa  411  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1834  multidrug efflux outer membrane protein EefC  46.98 
 
 
457 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000044393 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1929  multidrug efflux outer membrane protein EefC  46.09 
 
 
457 aa  394  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000583054 
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  47.33 
 
 
491 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.23 
 
 
474 aa  383  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1337  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.05 
 
 
471 aa  384  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  45.45 
 
 
512 aa  380  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.44 
 
 
499 aa  381  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.9 
 
 
517 aa  375  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4027  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.29 
 
 
467 aa  373  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.296212  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.47 
 
 
470 aa  374  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.12 
 
 
475 aa  374  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  44.12 
 
 
474 aa  369  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.45 
 
 
474 aa  370  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.170655 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1416  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  44.79 
 
 
469 aa  367  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.71 
 
 
477 aa  367  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  44.79 
 
 
485 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  44.91 
 
 
485 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.26 
 
 
484 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  43.86 
 
 
499 aa  362  8e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.31 
 
 
486 aa  360  4e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.35 
 
 
489 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.35 
 
 
492 aa  358  9.999999999999999e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.83 
 
 
484 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.36 
 
 
471 aa  357  2.9999999999999997e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.61 
 
 
484 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.35 
 
 
486 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.67 
 
 
477 aa  355  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.39 
 
 
484 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  44.62 
 
 
487 aa  354  2e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  42.31 
 
 
486 aa  351  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.02 
 
 
474 aa  350  2e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.4 
 
 
482 aa  351  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3369  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.42 
 
 
489 aa  348  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.413443  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.36 
 
 
516 aa  347  3e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2864  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.17 
 
 
468 aa  347  4e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0383351  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.57 
 
 
478 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.84 
 
 
469 aa  341  1e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.67 
 
 
495 aa  341  2e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.11 
 
 
472 aa  339  5e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1220  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.56 
 
 
467 aa  338  9e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.373524  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.45 
 
 
476 aa  333  3e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.48 
 
 
470 aa  331  1e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2838  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.88 
 
 
528 aa  330  2e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.207275 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.01 
 
 
501 aa  330  3e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3841  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.79 
 
 
490 aa  329  7e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626052  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2896  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.76 
 
 
477 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2327  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.48 
 
 
528 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.356993  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.01 
 
 
500 aa  326  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.83 
 
 
489 aa  325  1e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51570  multidrug efflux pump RND-family outer membrane protein  38.32 
 
 
505 aa  324  2e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0329698  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.24 
 
 
483 aa  322  7e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3466  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43 
 
 
461 aa  322  7e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1737  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  40.61 
 
 
497 aa  322  7e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00746142  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.32 
 
 
499 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.92 
 
 
503 aa  320  3e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.17 
 
 
480 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.83 
 
 
496 aa  318  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0009  drug efflux lipoprotein  40.83 
 
 
514 aa  317  3e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.347699  normal  0.0645676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.73 
 
 
481 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2110  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.72 
 
 
520 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277325  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.34 
 
 
501 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3590  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  40.87 
 
 
491 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2819  outer membrane protein OprJ  40.31 
 
 
468 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.980235 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.13 
 
 
514 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.35 
 
 
514 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2756  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.61 
 
 
469 aa  311  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0415066  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.6 
 
 
480 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40 
 
 
485 aa  310  4e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.61 
 
 
510 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.69 
 
 
505 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.09 
 
 
467 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41681  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3678  outer membrane efflux protein  40.43 
 
 
469 aa  305  1.0000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0849669  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1286  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.14 
 
 
543 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.556611  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.14 
 
 
519 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.323921  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2544  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.6 
 
 
467 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.109213  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1996  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.15 
 
 
500 aa  303  5.000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.67 
 
 
546 aa  303  6.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16116  normal  0.32958 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.06 
 
 
515 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6990  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.62 
 
 
479 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0598431  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.3 
 
 
507 aa  302  9e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.3 
 
 
507 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.3 
 
 
507 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.3 
 
 
508 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.3 
 
 
508 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  40.49 
 
 
492 aa  300  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.85 
 
 
472 aa  299  6e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0060  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.48 
 
 
514 aa  299  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0428433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.48 
 
 
514 aa  299  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0856  outer membrane efflux protein OprB  40.48 
 
 
514 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1020  outer membrane efflux protein  40.48 
 
 
514 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.224609  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0080  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.48 
 
 
551 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1582  outer membrane efflux protein OprB  40.48 
 
 
512 aa  299  9e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0861  outer membrane efflux protein OprB  40.48 
 
 
514 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.89354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>