More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1823 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  83.01 
 
 		 515 aa  861    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  85.14 
 
 		 519 aa  915    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  100 
 
 		 521 aa  1052    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  93.82 
 
 		 525 aa  968    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  87.07 
 
 		 520 aa  935    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  85.14 
 
 		 519 aa  915    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  84.3 
 
 		 519 aa  905    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  84.91 
 
 		 517 aa  911    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  82.75 
 
 		 519 aa  867    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  84.3 
 
 		 519 aa  905    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  44.77 
 
 		 523 aa  433  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  45.45 
 
 		 518 aa  431  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.7 
 
 		 514 aa  419  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  44.42 
 
 		 522 aa  418  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  44.38 
 
 		 522 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  44.08 
 
 		 513 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  44.08 
 
 		 513 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  44.08 
 
 		 513 aa  414  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  43.05 
 
 		 512 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  44.08 
 
 		 513 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  44.08 
 
 		 513 aa  414  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  44.08 
 
 		 513 aa  414  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  43.05 
 
 		 512 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  43.05 
 
 		 512 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  44.08 
 
 		 513 aa  414  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  44.08 
 
 		 513 aa  415  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  44.08 
 
 		 513 aa  414  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.62 
 
 		 536 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.71 
 
 		 522 aa  412  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  43.05 
 
 		 512 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  42.66 
 
 		 512 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  42.66 
 
 		 512 aa  409  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.08 
 
 		 525 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  42.66 
 
 		 512 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.08 
 
 		 525 aa  409  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  42.66 
 
 		 512 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.08 
 
 		 525 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  42 
 
 		 512 aa  409  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  42.66 
 
 		 512 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.65 
 
 		 513 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.65 
 
 		 513 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.65 
 
 		 513 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.65 
 
 		 513 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  42.15 
 
 		 512 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.65 
 
 		 513 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  41.81 
 
 		 512 aa  405  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  41.97 
 
 		 518 aa  405  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  41.43 
 
 		 512 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  42.15 
 
 		 512 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  41.43 
 
 		 513 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  41.62 
 
 		 516 aa  398  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  41.81 
 
 		 514 aa  395  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  39.09 
 
 		 514 aa  379  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  38.52 
 
 		 514 aa  377  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  42.45 
 
 		 502 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  38.88 
 
 		 513 aa  372  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.29 
 
 		 531 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.28 
 
 		 502 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  40.7 
 
 		 502 aa  372  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  40.96 
 
 		 502 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  42.28 
 
 		 502 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  41.23 
 
 		 505 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  40.39 
 
 		 502 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  41.47 
 
 		 511 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  41.15 
 
 		 511 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  41.97 
 
 		 506 aa  359  5e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  37.38 
 
 		 515 aa  358  9e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.29 
 
 		 532 aa  341  2e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  40.38 
 
 		 510 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  33.46 
 
 		 527 aa  293  8e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.07 
 
 		 541 aa  290  3e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  43.22 
 
 		 313 aa  265  2e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.4 
 
 		 539 aa  264  3e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.38 
 
 		 540 aa  263  4e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 525 aa  259  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.31 
 
 		 636 aa  248  2e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.49 
 
 		 544 aa  244  3.9999999999999997e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  33.19 
 
 		 698 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.7 
 
 		 594 aa  241  2e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.61 
 
 		 527 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.12 
 
 		 517 aa  233  6e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.55 
 
 		 581 aa  233  7.000000000000001e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  40.58 
 
 		 529 aa  233  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.5 
 
 		 525 aa  232  1e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 576 aa  232  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.2 
 
 		 710 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  34.22 
 
 		 639 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1270  Fis family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 464 aa  232  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.83 
 
 		 495 aa  230  6e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.62 
 
 		 463 aa  229  8e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.12 
 
 		 688 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.11 
 
 		 585 aa  229  1e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.29 
 
 		 604 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  35.99 
 
 		 668 aa  228  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.99 
 
 		 668 aa  228  2e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0750  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.03 
 
 		 576 aa  227  3e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.14 
 
 		 597 aa  228  3e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  42.53 
 
 		 439 aa  226  7e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.54 
 
 		 532 aa  226  8e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.18 
 
 		 703 aa  226  9e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>