More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02829 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  66.41 
 
 		 518 aa  733    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  100 
 
 		 518 aa  1064    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  52.9 
 
 		 516 aa  576  1.0000000000000001e-163  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  52.14 
 
 		 512 aa  547  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.07 
 
 		 525 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.07 
 
 		 525 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.87 
 
 		 525 aa  538  9.999999999999999e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.1 
 
 		 523 aa  533  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  50.19 
 
 		 512 aa  529  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  50.39 
 
 		 512 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  50.39 
 
 		 512 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  50.39 
 
 		 512 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  50.39 
 
 		 512 aa  529  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  50.39 
 
 		 512 aa  529  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  50.39 
 
 		 512 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  50.19 
 
 		 512 aa  528  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  50.39 
 
 		 512 aa  530  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  50.19 
 
 		 512 aa  528  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  49.22 
 
 		 512 aa  521  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.42 
 
 		 522 aa  518  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.42 
 
 		 522 aa  520  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  50 
 
 		 514 aa  521  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  49.61 
 
 		 512 aa  521  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  49.32 
 
 		 513 aa  520  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  50.1 
 
 		 512 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.74 
 
 		 522 aa  513  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.38 
 
 		 536 aa  511  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.44 
 
 		 513 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.25 
 
 		 513 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.25 
 
 		 513 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.25 
 
 		 513 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.25 
 
 		 513 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.08 
 
 		 514 aa  493  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  47.67 
 
 		 513 aa  488  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  47.67 
 
 		 513 aa  488  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.67 
 
 		 513 aa  488  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.67 
 
 		 513 aa  488  1e-137  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.67 
 
 		 513 aa  489  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  47.67 
 
 		 513 aa  488  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.67 
 
 		 513 aa  488  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.67 
 
 		 513 aa  489  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.47 
 
 		 513 aa  483  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  46.83 
 
 		 513 aa  474  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  45.37 
 
 		 514 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  45.07 
 
 		 514 aa  467  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  45.44 
 
 		 515 aa  462  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  44.49 
 
 		 520 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  42.75 
 
 		 517 aa  410  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  43.24 
 
 		 519 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  42.97 
 
 		 519 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  42.97 
 
 		 519 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  43.58 
 
 		 515 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  42.39 
 
 		 519 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  42.2 
 
 		 519 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.72 
 
 		 502 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  41.97 
 
 		 521 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  41.75 
 
 		 506 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  41.81 
 
 		 525 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  41.72 
 
 		 502 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  41.72 
 
 		 502 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.51 
 
 		 531 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  41.17 
 
 		 505 aa  391  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  41.57 
 
 		 511 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  41.38 
 
 		 511 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  40.27 
 
 		 502 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  41.33 
 
 		 502 aa  378  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  39.96 
 
 		 502 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  40.16 
 
 		 510 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.9 
 
 		 532 aa  334  3e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 		 541 aa  293  6e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  34.36 
 
 		 527 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1758  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  33.78 
 
 		 498 aa  285  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  46.47 
 
 		 313 aa  275  2.0000000000000002e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.39 
 
 		 540 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.44 
 
 		 525 aa  266  8e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.59 
 
 		 539 aa  262  1e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.95 
 
 		 461 aa  254  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  40.95 
 
 		 461 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.95 
 
 		 461 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.95 
 
 		 461 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  40.95 
 
 		 461 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.95 
 
 		 461 aa  253  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.95 
 
 		 532 aa  251  2e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 525 aa  248  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.83 
 
 		 604 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2305  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.03 
 
 		 601 aa  244  3e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  34.55 
 
 		 662 aa  243  3.9999999999999997e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.72 
 
 		 495 aa  243  7e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.27 
 
 		 703 aa  241  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.38 
 
 		 463 aa  240  4e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.94 
 
 		 452 aa  239  9e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 454 aa  239  9e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  30.75 
 
 		 698 aa  239  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  40.45 
 
 		 439 aa  239  1e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.17 
 
 		 561 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  39.51 
 
 		 457 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 452 aa  238  2e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.79 
 
 		 333 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  32.77 
 
 		 668 aa  238  3e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.94 
 
 		 710 aa  237  4e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>