More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_1758 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_1758  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  100 
 
 
498 aa  1024    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  33.78 
 
 
518 aa  285  2.0000000000000002e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  33.08 
 
 
525 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  33.08 
 
 
525 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  32.89 
 
 
525 aa  273  6e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  32.51 
 
 
523 aa  262  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  32.17 
 
 
514 aa  261  3e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  33.97 
 
 
522 aa  259  8e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  32.82 
 
 
522 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  32.38 
 
 
513 aa  252  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  30.84 
 
 
512 aa  250  4e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  31.99 
 
 
514 aa  248  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  31.03 
 
 
512 aa  247  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  31.49 
 
 
512 aa  247  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  31.92 
 
 
513 aa  247  4e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  31.92 
 
 
513 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  31.92 
 
 
513 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  31.92 
 
 
513 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  31.92 
 
 
513 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  31.92 
 
 
513 aa  246  6.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  31.92 
 
 
513 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  31.92 
 
 
513 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  31.49 
 
 
522 aa  246  6.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  31.93 
 
 
536 aa  246  8e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  31.42 
 
 
516 aa  244  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  31.05 
 
 
512 aa  244  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  32.38 
 
 
512 aa  243  6e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  32.38 
 
 
512 aa  243  6e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  32.18 
 
 
512 aa  243  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  32.31 
 
 
512 aa  242  9e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  32.18 
 
 
512 aa  242  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  31.67 
 
 
512 aa  242  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  31.73 
 
 
513 aa  242  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  29.2 
 
 
518 aa  241  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  32.18 
 
 
512 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  32.18 
 
 
512 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  32.18 
 
 
512 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  32.18 
 
 
512 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  30.96 
 
 
513 aa  239  6.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  30.96 
 
 
513 aa  239  6.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  30.96 
 
 
513 aa  239  6.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  30.96 
 
 
513 aa  239  6.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  30.96 
 
 
513 aa  239  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  29.12 
 
 
514 aa  222  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  28.46 
 
 
513 aa  219  7.999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  28.73 
 
 
515 aa  213  7e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  28.52 
 
 
514 aa  213  7.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  27.81 
 
 
520 aa  182  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  27.81 
 
 
519 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  27.81 
 
 
519 aa  178  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  27.62 
 
 
519 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  27.43 
 
 
519 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  26.33 
 
 
532 aa  173  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  26.34 
 
 
525 aa  174  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  27.72 
 
 
521 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  26.29 
 
 
517 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  27.24 
 
 
519 aa  160  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  27.45 
 
 
515 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  24.39 
 
 
502 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  31.51 
 
 
313 aa  132  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  24.25 
 
 
502 aa  128  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  24.39 
 
 
502 aa  123  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  24.21 
 
 
502 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  24.08 
 
 
505 aa  121  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  24.21 
 
 
502 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  24.21 
 
 
531 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  24.44 
 
 
511 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  24.3 
 
 
502 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  24.44 
 
 
511 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  23.68 
 
 
506 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  21.21 
 
 
527 aa  107  5e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1952  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.94 
 
 
545 aa  103  7e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  22.49 
 
 
541 aa  99.4  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  24.39 
 
 
510 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  23.66 
 
 
501 aa  97.4  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  21.13 
 
 
539 aa  96.7  8e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  23.93 
 
 
688 aa  95.5  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  24.16 
 
 
501 aa  95.9  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4836  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  25.99 
 
 
456 aa  92.4  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  23.12 
 
 
540 aa  91.3  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  20.7 
 
 
544 aa  90.9  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0477  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  24.32 
 
 
443 aa  90.1  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4293  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  23.68 
 
 
448 aa  89.7  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.475037  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  23.68 
 
 
445 aa  89  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5183  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  25.84 
 
 
474 aa  87.4  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0160974  normal  0.0962758 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0533  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  25.84 
 
 
474 aa  87  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0137425  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.19 
 
 
504 aa  87  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1904  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.94 
 
 
456 aa  87  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.865916 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0082  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.89 
 
 
466 aa  86.3  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0374  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.46 
 
 
471 aa  86.3  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.774685 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4176  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  24.12 
 
 
452 aa  86.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1877  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  24.16 
 
 
694 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  20.97 
 
 
574 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  24.12 
 
 
687 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  22.91 
 
 
597 aa  85.1  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.35 
 
 
466 aa  85.1  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  23.38 
 
 
473 aa  84.7  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  23.64 
 
 
655 aa  85.1  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46990  putative two-component response regulator  22.61 
 
 
425 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0103448  normal  0.161007 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5669  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  23.75 
 
 
454 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.946519  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>