More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_1388 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  87.7 
 
 
512 aa  951    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  100 
 
 
512 aa  1058    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  88.09 
 
 
512 aa  956    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  97.65 
 
 
512 aa  1033    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  98.83 
 
 
512 aa  1048    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  98.83 
 
 
512 aa  1048    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  88.48 
 
 
512 aa  951    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  98.24 
 
 
512 aa  1037    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  98.24 
 
 
512 aa  1037    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  86.11 
 
 
513 aa  930    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  87.89 
 
 
512 aa  951    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  88.87 
 
 
514 aa  954    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  98.83 
 
 
512 aa  1048    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  97.84 
 
 
512 aa  1036    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  98.83 
 
 
512 aa  1048    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  88.87 
 
 
512 aa  966    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  49.71 
 
 
516 aa  525  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  50.19 
 
 
518 aa  528  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.52 
 
 
523 aa  522  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.71 
 
 
525 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.71 
 
 
525 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  47.96 
 
 
518 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.71 
 
 
525 aa  514  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.16 
 
 
522 aa  504  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.64 
 
 
514 aa  501  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.17 
 
 
522 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  46.62 
 
 
536 aa  488  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  48.25 
 
 
513 aa  485  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  48.25 
 
 
513 aa  485  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  48.25 
 
 
513 aa  485  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.25 
 
 
513 aa  485  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.25 
 
 
513 aa  486  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.39 
 
 
522 aa  486  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.25 
 
 
513 aa  485  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.25 
 
 
513 aa  485  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.25 
 
 
513 aa  486  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.05 
 
 
513 aa  481  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.28 
 
 
513 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.47 
 
 
513 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.47 
 
 
513 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.47 
 
 
513 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.47 
 
 
513 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  43.24 
 
 
514 aa  435  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  42.77 
 
 
514 aa  433  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  42.61 
 
 
515 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  44.15 
 
 
520 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  43.95 
 
 
517 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  41.89 
 
 
513 aa  422  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  42.83 
 
 
519 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  42.83 
 
 
519 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  42.83 
 
 
519 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  43.59 
 
 
519 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  43.05 
 
 
521 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  42.03 
 
 
519 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  43.35 
 
 
515 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  42.23 
 
 
525 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  39.96 
 
 
505 aa  347  3e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  39.39 
 
 
511 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  39.2 
 
 
511 aa  342  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  37.64 
 
 
502 aa  340  5e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  38.07 
 
 
502 aa  339  8e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  37.64 
 
 
502 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  38.07 
 
 
502 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  37.88 
 
 
506 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  37.91 
 
 
502 aa  335  9e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  38.19 
 
 
531 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  38.1 
 
 
502 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  38.88 
 
 
510 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.51 
 
 
532 aa  317  4e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.06 
 
 
541 aa  286  7e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  47.44 
 
 
313 aa  280  3e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
540 aa  278  1e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  33.78 
 
 
527 aa  274  3e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.64 
 
 
539 aa  269  8e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  33.02 
 
 
525 aa  262  8.999999999999999e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.4 
 
 
525 aa  253  8.000000000000001e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.21 
 
 
604 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.98 
 
 
532 aa  244  3e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.85 
 
 
710 aa  244  3e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.47 
 
 
527 aa  240  5e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.82 
 
 
452 aa  239  1e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  40.48 
 
 
576 aa  237  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  38.48 
 
 
698 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  40.48 
 
 
529 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.9 
 
 
517 aa  234  3e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.36 
 
 
594 aa  233  5e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.5 
 
 
576 aa  233  8.000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.91 
 
 
561 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5108  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.31 
 
 
684 aa  231  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.54 
 
 
459 aa  231  3e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.21 
 
 
522 aa  229  1e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.77 
 
 
452 aa  228  2e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.22 
 
 
544 aa  228  2e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2250  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.87 
 
 
571 aa  228  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.28606  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  40.95 
 
 
508 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.83 
 
 
456 aa  228  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0495  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.21 
 
 
456 aa  227  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  38.36 
 
 
696 aa  228  3e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
469 aa  227  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  39.38 
 
 
459 aa  226  6e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>