More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2220 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  87.7 
 
 		 512 aa  948    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  88.67 
 
 		 512 aa  964    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  84.6 
 
 		 513 aa  925    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  89.06 
 
 		 512 aa  967    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  87.5 
 
 		 514 aa  948    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  86.13 
 
 		 512 aa  938    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  88.67 
 
 		 512 aa  965    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  88.67 
 
 		 512 aa  965    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  86.13 
 
 		 512 aa  942    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  88.87 
 
 		 512 aa  966    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  89.06 
 
 		 512 aa  967    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  89.06 
 
 		 512 aa  967    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  89.06 
 
 		 512 aa  967    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  87.5 
 
 		 512 aa  954    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  100 
 
 		 512 aa  1060    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  89.06 
 
 		 512 aa  967    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  49.81 
 
 		 516 aa  533  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  50.39 
 
 		 518 aa  530  1e-149  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.94 
 
 		 523 aa  516  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.94 
 
 		 525 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  47.18 
 
 		 518 aa  514  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.94 
 
 		 525 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.94 
 
 		 525 aa  511  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47 
 
 		 522 aa  504  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.86 
 
 		 514 aa  496  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  46.42 
 
 		 522 aa  491  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.64 
 
 		 513 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.64 
 
 		 513 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.337458 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  48.64 
 
 		 513 aa  491  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  48.64 
 
 		 513 aa  491  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  46.23 
 
 		 536 aa  488  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.64 
 
 		 513 aa  491  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.64 
 
 		 513 aa  491  1e-137  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.64 
 
 		 513 aa  491  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  48.64 
 
 		 513 aa  491  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.44 
 
 		 513 aa  486  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  46.23 
 
 		 522 aa  484  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.28 
 
 		 513 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.28 
 
 		 513 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.28 
 
 		 513 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.28 
 
 		 513 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.08 
 
 		 513 aa  478  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  43.95 
 
 		 514 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  43.55 
 
 		 514 aa  442  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  42.08 
 
 		 515 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  43.24 
 
 		 520 aa  426  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  40.93 
 
 		 513 aa  419  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  42.2 
 
 		 517 aa  415  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  42.12 
 
 		 519 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  42.12 
 
 		 519 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  42 
 
 		 521 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  41.92 
 
 		 519 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  42 
 
 		 519 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  41.23 
 
 		 525 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  42.42 
 
 		 519 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  42.52 
 
 		 515 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  39.7 
 
 		 505 aa  351  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  38.96 
 
 		 502 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  39.55 
 
 		 511 aa  346  6e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  39.36 
 
 		 511 aa  344  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  39.23 
 
 		 502 aa  343  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  38.46 
 
 		 502 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  38.46 
 
 		 502 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  38.23 
 
 		 506 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  38.2 
 
 		 502 aa  339  8e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.51 
 
 		 531 aa  339  9e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  38.43 
 
 		 502 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  38.27 
 
 		 510 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.96 
 
 		 532 aa  307  2.0000000000000002e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.97 
 
 		 541 aa  282  1e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  47.74 
 
 		 313 aa  274  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.9 
 
 		 539 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  33.64 
 
 		 527 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.34 
 
 		 540 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 525 aa  261  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.34 
 
 		 525 aa  249  1e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1758  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  31.49 
 
 		 498 aa  247  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.4 
 
 		 604 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.78 
 
 		 532 aa  239  8e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.39 
 
 		 710 aa  238  3e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.44 
 
 		 576 aa  236  7e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.04 
 
 		 527 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  37.95 
 
 		 698 aa  233  5e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 576 aa  233  8.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.05 
 
 		 594 aa  232  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  40.76 
 
 		 529 aa  231  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.74 
 
 		 452 aa  230  6e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.95 
 
 		 517 aa  229  1e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.85 
 
 		 522 aa  226  7e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  39.68 
 
 		 508 aa  226  7e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0751  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 485 aa  224  2e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0880271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  37.58 
 
 		 696 aa  225  2e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.28 
 
 		 459 aa  224  3e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2226  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.84 
 
 		 569 aa  224  3e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.977744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.66 
 
 		 544 aa  224  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2539  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 487 aa  223  7e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.846517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5108  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.13 
 
 		 684 aa  223  9e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  31.29 
 
 		 455 aa  223  9e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.33 
 
 		 501 aa  222  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  33.19 
 
 		 553 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>