More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1280 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  77.82 
 
 
506 aa  778    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  81.24 
 
 
502 aa  825    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  80.84 
 
 
502 aa  822    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  100 
 
 
502 aa  1008    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  96.81 
 
 
502 aa  977    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  90.02 
 
 
502 aa  915    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  70.87 
 
 
510 aa  702    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  79.21 
 
 
505 aa  787    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  81.24 
 
 
502 aa  826    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  82.45 
 
 
511 aa  830    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  82.25 
 
 
511 aa  828    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  81.27 
 
 
531 aa  827    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.57 
 
 
532 aa  406  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.86 
 
 
522 aa  391  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  42.02 
 
 
517 aa  388  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  42.14 
 
 
520 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  42.33 
 
 
519 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.15 
 
 
536 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.5 
 
 
522 aa  380  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  41.94 
 
 
519 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  42.33 
 
 
519 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  40.5 
 
 
518 aa  378  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  40.27 
 
 
518 aa  375  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  42.14 
 
 
519 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.68 
 
 
522 aa  372  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.34 
 
 
523 aa  375  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  42.8 
 
 
519 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.39 
 
 
525 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.39 
 
 
525 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.2 
 
 
525 aa  367  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  43.08 
 
 
515 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  39.58 
 
 
516 aa  360  4e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  40.39 
 
 
521 aa  360  4e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  39.73 
 
 
513 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  40.12 
 
 
525 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.93 
 
 
513 aa  357  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  38.51 
 
 
515 aa  356  5e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  39.38 
 
 
514 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  40.99 
 
 
513 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  40.99 
 
 
513 aa  355  1e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.99 
 
 
513 aa  355  1e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.73 
 
 
513 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  40.99 
 
 
513 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.73 
 
 
513 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  39.58 
 
 
514 aa  355  1e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.99 
 
 
513 aa  355  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.73 
 
 
513 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.73 
 
 
513 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.99 
 
 
513 aa  355  1e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.99 
 
 
513 aa  354  2e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  38.8 
 
 
512 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.8 
 
 
513 aa  353  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.8 
 
 
513 aa  353  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  38.22 
 
 
512 aa  351  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  38.8 
 
 
514 aa  350  5e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  38.77 
 
 
512 aa  346  6e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  38.72 
 
 
513 aa  345  8e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  37.67 
 
 
514 aa  345  1e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  38.22 
 
 
512 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  37.64 
 
 
512 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  37.64 
 
 
512 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  37.64 
 
 
512 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  37.64 
 
 
512 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  38.2 
 
 
512 aa  339  8e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  37.64 
 
 
512 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  38.13 
 
 
512 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  38.13 
 
 
512 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  37.94 
 
 
512 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  38.13 
 
 
512 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  37.02 
 
 
527 aa  332  8e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.14 
 
 
539 aa  302  8.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.75 
 
 
541 aa  301  2e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.76 
 
 
532 aa  295  9e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  36.28 
 
 
525 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.71 
 
 
540 aa  286  7e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  37.17 
 
 
698 aa  279  8e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.42 
 
 
582 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.06 
 
 
525 aa  272  1e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.84 
 
 
710 aa  270  5e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.75 
 
 
604 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.39 
 
 
748 aa  266  8e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.61 
 
 
467 aa  266  8.999999999999999e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5404  proprionate catabolism activator, Fis family  42.26 
 
 
678 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000463562  normal  0.497573 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.02 
 
 
577 aa  265  2e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.19 
 
 
453 aa  263  4e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.11 
 
 
544 aa  263  4.999999999999999e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  45.51 
 
 
313 aa  263  4.999999999999999e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1204  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.43 
 
 
676 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000134686  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.57 
 
 
703 aa  260  3e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2756  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.62 
 
 
462 aa  259  8e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  43.53 
 
 
696 aa  259  8e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  36.62 
 
 
935 aa  259  9e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2053  transcriptional regulator  36.87 
 
 
696 aa  258  2e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000640776  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.77 
 
 
460 aa  257  3e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.41 
 
 
501 aa  257  3e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  36.2 
 
 
639 aa  257  4e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.45 
 
 
501 aa  257  4e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2250  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.85 
 
 
571 aa  256  6e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.28606  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1332  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.4 
 
 
439 aa  255  1.0000000000000001e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0399  putative PAS/PAC sensor protein  43.81 
 
 
695 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>