More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_1103 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  100 
 
 
313 aa  648    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.68 
 
 
522 aa  305  6e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.68 
 
 
523 aa  305  8.000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.35 
 
 
522 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.32 
 
 
525 aa  301  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.32 
 
 
525 aa  301  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.32 
 
 
525 aa  301  1e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.51 
 
 
513 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.19 
 
 
513 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.19 
 
 
513 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.19 
 
 
513 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.19 
 
 
513 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.51 
 
 
513 aa  296  3e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  49.51 
 
 
513 aa  295  5e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  49.51 
 
 
513 aa  295  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.51 
 
 
513 aa  295  5e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  49.51 
 
 
513 aa  295  5e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.51 
 
 
513 aa  295  5e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.51 
 
 
513 aa  295  5e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.51 
 
 
513 aa  295  5e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.51 
 
 
513 aa  295  7e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.21 
 
 
514 aa  291  9e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  48.25 
 
 
512 aa  290  3e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.42 
 
 
522 aa  290  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  46.62 
 
 
536 aa  285  8e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  47.76 
 
 
512 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  47.94 
 
 
518 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  48.06 
 
 
512 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  47.42 
 
 
513 aa  281  1e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  47.74 
 
 
512 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  47.44 
 
 
512 aa  280  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  47.74 
 
 
512 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  47.74 
 
 
512 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  47.74 
 
 
512 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  47.74 
 
 
514 aa  279  5e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  47.74 
 
 
512 aa  279  6e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  47.74 
 
 
512 aa  278  6e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  47.74 
 
 
512 aa  278  6e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  47.74 
 
 
512 aa  278  6e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  45.25 
 
 
515 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  46.47 
 
 
518 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  44.94 
 
 
519 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  45.45 
 
 
515 aa  273  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  44.62 
 
 
517 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  47.74 
 
 
512 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  46.77 
 
 
512 aa  272  6e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  43.71 
 
 
514 aa  268  7e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  45.11 
 
 
513 aa  268  8e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  43.85 
 
 
520 aa  268  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  43.4 
 
 
514 aa  265  7e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  43.22 
 
 
521 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  43.85 
 
 
525 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  45.51 
 
 
502 aa  263  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  44.55 
 
 
506 aa  261  8e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  44.03 
 
 
519 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  43.71 
 
 
519 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  43.71 
 
 
519 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  44.55 
 
 
505 aa  259  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  44.23 
 
 
502 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  43.4 
 
 
519 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  44.13 
 
 
502 aa  255  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  43.87 
 
 
516 aa  254  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.63 
 
 
531 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  43.59 
 
 
502 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  43.59 
 
 
502 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  43.59 
 
 
502 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  43.27 
 
 
511 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  43.27 
 
 
511 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  43.87 
 
 
510 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  39.32 
 
 
532 aa  229  7e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.36 
 
 
540 aa  224  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39 
 
 
541 aa  215  5.9999999999999996e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.38 
 
 
539 aa  212  7.999999999999999e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  37.42 
 
 
527 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0700  hydrogenase sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.5 
 
 
482 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0848  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.5 
 
 
482 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23473  normal  0.837957 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  35.22 
 
 
671 aa  202  6e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.9 
 
 
636 aa  201  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.25 
 
 
463 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.42 
 
 
463 aa  198  9e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.42 
 
 
495 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.68 
 
 
452 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.02 
 
 
467 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0304  putative PAS/PAC sensor protein  37.79 
 
 
459 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.2 
 
 
655 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.14 
 
 
457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0965  two-component response regulator PilR  36.05 
 
 
446 aa  197  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.25964  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.07 
 
 
670 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.62 
 
 
670 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1940  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.54 
 
 
455 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525901  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  37.38 
 
 
687 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  36.62 
 
 
668 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  36.62 
 
 
670 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.71 
 
 
577 aa  196  5.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2305  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.69 
 
 
601 aa  196  5.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.7 
 
 
452 aa  196  5.000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.14 
 
 
457 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.07 
 
 
670 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1825  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.71 
 
 
336 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.760782  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  37.07 
 
 
670 aa  196  6e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>