More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0996 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  98.41 
 
 		 502 aa  996    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  98 
 
 		 531 aa  983    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  80.84 
 
 		 502 aa  822    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 502 aa  1009    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  78.9 
 
 		 511 aa  799    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  81.44 
 
 		 502 aa  827    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  83.63 
 
 		 502 aa  854    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  80.59 
 
 		 506 aa  806    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  98.21 
 
 		 502 aa  994    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  76.83 
 
 		 505 aa  766    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  78.7 
 
 		 511 aa  798    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  70.28 
 
 		 510 aa  693    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.93 
 
 		 532 aa  400  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  42.25 
 
 		 518 aa  395  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  41.72 
 
 		 518 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  43.02 
 
 		 520 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  42.8 
 
 		 517 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.08 
 
 		 522 aa  382  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  42.22 
 
 		 519 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  43.05 
 
 		 519 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  42.22 
 
 		 519 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.66 
 
 		 522 aa  373  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  42.33 
 
 		 519 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.05 
 
 		 536 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.47 
 
 		 523 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.02 
 
 		 522 aa  371  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.28 
 
 		 525 aa  368  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.28 
 
 		 525 aa  368  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  42.45 
 
 		 521 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.28 
 
 		 525 aa  368  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  43.58 
 
 		 519 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  43.87 
 
 		 515 aa  362  9e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  39.07 
 
 		 516 aa  360  3e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.01 
 
 		 514 aa  359  8e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  41.68 
 
 		 525 aa  356  5.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.25 
 
 		 513 aa  352  7e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.25 
 
 		 513 aa  352  7e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.78 
 
 		 513 aa  352  8.999999999999999e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  41.25 
 
 		 513 aa  352  1e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  41.25 
 
 		 513 aa  352  1e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.25 
 
 		 513 aa  352  1e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.25 
 
 		 513 aa  352  1e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  41.25 
 
 		 513 aa  352  1e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.25 
 
 		 513 aa  352  1e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  39.69 
 
 		 512 aa  352  1e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.44 
 
 		 513 aa  351  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.59 
 
 		 513 aa  351  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.59 
 
 		 513 aa  351  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.59 
 
 		 513 aa  351  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.59 
 
 		 513 aa  351  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  38.7 
 
 		 513 aa  349  5e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  40.72 
 
 		 514 aa  347  2e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  37.86 
 
 		 514 aa  343  5.999999999999999e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  38.45 
 
 		 514 aa  341  2e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  38.59 
 
 		 512 aa  341  2e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  38.18 
 
 		 513 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  38.75 
 
 		 512 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  38.43 
 
 		 512 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  38.74 
 
 		 512 aa  336  5.999999999999999e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  38.37 
 
 		 512 aa  334  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  38.37 
 
 		 512 aa  334  3e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.27 
 
 		 541 aa  333  4e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  37 
 
 		 515 aa  333  5e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  38.37 
 
 		 512 aa  333  5e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  37.43 
 
 		 512 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  37.43 
 
 		 512 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  37.43 
 
 		 512 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  37.43 
 
 		 512 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  38.19 
 
 		 512 aa  332  8e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  38.1 
 
 		 512 aa  331  2e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  36.47 
 
 		 527 aa  326  5e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.1 
 
 		 539 aa  310  4e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 525 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.62 
 
 		 532 aa  298  1e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.17 
 
 		 540 aa  291  2e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  36.2 
 
 		 698 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.15 
 
 		 467 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.21 
 
 		 582 aa  277  4e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.97 
 
 		 525 aa  274  3e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  35.7 
 
 		 696 aa  273  4.0000000000000004e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.6 
 
 		 710 aa  273  7e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.87 
 
 		 604 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.28 
 
 		 501 aa  270  5.9999999999999995e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0304  putative PAS/PAC sensor protein  34.83 
 
 		 459 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2756  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.95 
 
 		 462 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.66 
 
 		 577 aa  267  2.9999999999999995e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.84 
 
 		 501 aa  266  5.999999999999999e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.27 
 
 		 703 aa  266  8.999999999999999e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0400  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.06 
 
 		 455 aa  263  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0351818  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0355  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.83 
 
 		 455 aa  263  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2683  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.11 
 
 		 566 aa  263  6e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.15 
 
 		 636 aa  262  8.999999999999999e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  36.34 
 
 		 639 aa  262  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  46.01 
 
 		 453 aa  261  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0311  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.61 
 
 		 455 aa  261  2e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0294  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.61 
 
 		 455 aa  261  2e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0298  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.61 
 
 		 455 aa  261  2e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0326  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.61 
 
 		 455 aa  261  2e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0399  putative PAS/PAC sensor protein  34.89 
 
 		 695 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0358  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.38 
 
 		 455 aa  261  2e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>