45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1773 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1773  pectate lyase  100 
 
 		 437 aa  893    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2305  pectate lyase  74.37 
 
 		 439 aa  678    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.708632  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2045  pectate lyase  94.97 
 
 		 437 aa  850    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2204  pectate lyase  70.84 
 
 		 439 aa  627  1e-178  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.748809  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0852  pectate lyase  64.94 
 
 		 415 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0125727 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1931  Pectate lyase  41.59 
 
 		 458 aa  299  6e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.24321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2390  hypothetical protein  38.48 
 
 		 489 aa  230  5e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.520688  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1528  Parallel beta-helix repeat protein  39.9 
 
 		 425 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1887  hypothetical protein  39.37 
 
 		 426 aa  199  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2946  hypothetical protein  38.12 
 
 		 733 aa  189  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000153655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3576  hemolysin-type calcium-binding region  31.89 
 
 		 547 aa  155  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.996068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1855  Pectate disaccharide-lyase  32.61 
 
 		 653 aa  155  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  32.88 
 
 		 750 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3575  pectate lyase L precursor  29.36 
 
 		 491 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2919  hypothetical protein  31.45 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000462284  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4828  Ricin B lectin  31.39 
 
 		 576 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  30.84 
 
 		 540 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26480  hypothetical protein  31.65 
 
 		 907 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178741  normal  0.268207 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3869  fibronectin type III domain-containing protein  32.2 
 
 		 1431 aa  114  5e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.849627  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.68 
 
 		 694 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02537  pectate lyase (Eurofung)  29.38 
 
 		 410 aa  105  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  29.11 
 
 		 1409 aa  101  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3996  exopolygalacturonate lyase  30.77 
 
 		 734 aa  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1888  hypothetical protein  27.67 
 
 		 616 aa  101  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4259  exopolygalacturonate lyase  29.51 
 
 		 744 aa  99.4  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4562  exopolygalacturonate lyase  29.8 
 
 		 744 aa  97.4  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4196  exopolygalacturonate lyase  30.18 
 
 		 734 aa  96.3  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00565  pectate lyase L  37.43 
 
 		 217 aa  95.9  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  28.52 
 
 		 922 aa  83.6  0.000000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000914  putative exopolygalacturonate lyase  28.2 
 
 		 742 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4134  Pectate disaccharide-lyase  28.34 
 
 		 700 aa  75.9  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2876  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.05 
 
 		 512 aa  60.8  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.794955 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2850  hypothetical protein  25 
 
 		 665 aa  60.5  0.00000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  34.21 
 
 		 951 aa  56.2  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  30.84 
 
 		 965 aa  54.3  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4387  hypothetical protein  26.26 
 
 		 502 aa  53.1  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0292  parallel beta-helix repeat-containing protein  29.84 
 
 		 463 aa  49.3  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0361  hypothetical protein  25.2 
 
 		 341 aa  47.8  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0371  hypothetical protein  25.2 
 
 		 480 aa  47.8  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1882  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.84 
 
 		 428 aa  47.4  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.640976 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0099  hypothetical protein  28.57 
 
 		 520 aa  47  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0662  parallel beta-helix repeat-containing protein  38.89 
 
 		 500 aa  46.2  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000522571  normal  0.950756 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2210  hypothetical protein  38.3 
 
 		 435 aa  44.3  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  36.21 
 
 		 1024 aa  43.9  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0468  protein of unknown function DUF1565  25.61 
 
 		 653 aa  43.1  0.01  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.672167  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>