44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0852 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_0852  pectate lyase  100 
 
 		 415 aa  856    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0125727 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1773  pectate lyase  66.07 
 
 		 437 aa  535  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2045  pectate lyase  63.2 
 
 		 437 aa  532  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2305  pectate lyase  62.01 
 
 		 439 aa  512  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.708632  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2204  pectate lyase  61.89 
 
 		 439 aa  507  9.999999999999999e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.748809  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1931  Pectate lyase  44.74 
 
 		 458 aa  311  2e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.24321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2390  hypothetical protein  38.15 
 
 		 489 aa  205  9e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.520688  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1528  Parallel beta-helix repeat protein  38.4 
 
 		 425 aa  196  7e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1887  hypothetical protein  36.05 
 
 		 426 aa  190  5e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2946  hypothetical protein  35.98 
 
 		 733 aa  180  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000153655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1855  Pectate disaccharide-lyase  32.16 
 
 		 653 aa  164  3e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3576  hemolysin-type calcium-binding region  33.58 
 
 		 547 aa  158  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.996068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2919  hypothetical protein  31.71 
 
 		 338 aa  139  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000462284  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  32.58 
 
 		 540 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26480  hypothetical protein  34.68 
 
 		 907 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178741  normal  0.268207 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4828  Ricin B lectin  32.8 
 
 		 576 aa  123  6e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02537  pectate lyase (Eurofung)  32.41 
 
 		 410 aa  123  7e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3575  pectate lyase L precursor  30.18 
 
 		 491 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  32.5 
 
 		 750 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3869  fibronectin type III domain-containing protein  33.33 
 
 		 1431 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.849627  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1888  hypothetical protein  29.63 
 
 		 616 aa  110  5e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.65 
 
 		 694 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4259  exopolygalacturonate lyase  30.18 
 
 		 744 aa  101  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  28.99 
 
 		 1409 aa  99.4  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4196  exopolygalacturonate lyase  30.77 
 
 		 734 aa  95.9  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4562  exopolygalacturonate lyase  30.18 
 
 		 744 aa  96.3  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  29.25 
 
 		 922 aa  95.5  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3996  exopolygalacturonate lyase  31.15 
 
 		 734 aa  95.5  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000914  putative exopolygalacturonate lyase  30.06 
 
 		 742 aa  92  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00565  pectate lyase L  36.25 
 
 		 217 aa  75.9  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4134  Pectate disaccharide-lyase  31.51 
 
 		 700 aa  73.9  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2850  hypothetical protein  27.95 
 
 		 665 aa  69.3  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0112  hypothetical protein  35.78 
 
 		 1024 aa  62  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4387  hypothetical protein  27.33 
 
 		 502 aa  60.1  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1882  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.09 
 
 		 428 aa  54.7  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.640976 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0662  parallel beta-helix repeat-containing protein  30.22 
 
 		 500 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000522571  normal  0.950756 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2195  carbohydrate-binding family 6 protein  35.05 
 
 		 965 aa  51.2  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.862232  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2876  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.27 
 
 		 512 aa  49.3  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.794955 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1656  Carbohydrate binding family 6  34.23 
 
 		 951 aa  47.4  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00148801  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  23.53 
 
 		 352 aa  47  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1237  hypothetical protein  33.7 
 
 		 689 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.157954 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0292  parallel beta-helix repeat-containing protein  32.31 
 
 		 463 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0099  hypothetical protein  31.48 
 
 		 520 aa  44.3  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2850  hypothetical protein  25 
 
 		 540 aa  43.5  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000112945  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>