39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3575 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3575  pectate lyase L precursor  100 
 
 		 491 aa  980    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3576  hemolysin-type calcium-binding region  38.93 
 
 		 547 aa  239  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.996068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2390  hypothetical protein  35.56 
 
 		 489 aa  190  5e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.520688  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1931  Pectate lyase  31.96 
 
 		 458 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.24321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2305  pectate lyase  30.77 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.708632  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2045  pectate lyase  30.08 
 
 		 437 aa  141  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1528  Parallel beta-helix repeat protein  31.49 
 
 		 425 aa  141  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1773  pectate lyase  29.98 
 
 		 437 aa  140  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2204  pectate lyase  30.58 
 
 		 439 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.748809  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1887  hypothetical protein  28.98 
 
 		 426 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0852  pectate lyase  30.18 
 
 		 415 aa  124  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0125727 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3562  hypothetical protein  55.14 
 
 		 159 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2946  hypothetical protein  29.84 
 
 		 733 aa  113  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000153655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  29.23 
 
 		 750 aa  106  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1855  Pectate disaccharide-lyase  28.54 
 
 		 653 aa  102  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.08 
 
 		 694 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02537  pectate lyase (Eurofung)  29 
 
 		 410 aa  101  3e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1888  hypothetical protein  27.83 
 
 		 616 aa  93.2  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2919  hypothetical protein  28.75 
 
 		 338 aa  88.2  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000462284  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  28.72 
 
 		 1409 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  29.43 
 
 		 540 aa  84.7  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3869  fibronectin type III domain-containing protein  27.54 
 
 		 1431 aa  81.6  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.849627  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4828  Ricin B lectin  28.37 
 
 		 576 aa  79.7  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2850  hypothetical protein  27.91 
 
 		 665 aa  68.2  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0099  hypothetical protein  30.4 
 
 		 520 aa  66.6  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26480  hypothetical protein  26.3 
 
 		 907 aa  64.7  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178741  normal  0.268207 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2876  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.79 
 
 		 512 aa  63.9  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.794955 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  28.32 
 
 		 922 aa  63.2  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4259  exopolygalacturonate lyase  25.88 
 
 		 744 aa  62.4  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4562  exopolygalacturonate lyase  25.49 
 
 		 744 aa  60.5  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4196  exopolygalacturonate lyase  25 
 
 		 734 aa  58.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3996  exopolygalacturonate lyase  23.81 
 
 		 734 aa  58.5  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4387  hypothetical protein  30.27 
 
 		 502 aa  54.3  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3563  hypothetical protein  45.45 
 
 		 82 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00565  pectate lyase L  31.44 
 
 		 217 aa  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000914  putative exopolygalacturonate lyase  29.25 
 
 		 742 aa  49.3  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4134  Pectate disaccharide-lyase  28.14 
 
 		 700 aa  47.8  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0160  hypothetical protein  26.07 
 
 		 600 aa  46.6  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0662  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.87 
 
 		 500 aa  44.7  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000522571  normal  0.950756 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>