More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1247 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3089  colicin uptake protein TolR  100 
 
 		 141 aa  281  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0178891  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1247  colicin uptake protein TolR  100 
 
 		 141 aa  281  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.011625  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2904  colicin uptake protein TolR  92.91 
 
 		 141 aa  238  2.9999999999999997e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.036935  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1154  colicin uptake protein TolR  92.91 
 
 		 141 aa  236  8e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1395  colicin uptake protein TolR  88.03 
 
 		 142 aa  223  5.0000000000000005e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000355274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2870  colicin uptake protein TolR  88.03 
 
 		 142 aa  223  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000760123  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2958  colicin uptake protein TolR  88.03 
 
 		 142 aa  223  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0054  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1277  colicin uptake protein TolR  86.62 
 
 		 142 aa  219  7e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000179595  hitchhiker  0.0000285964 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0904  colicin uptake protein TolR  82.39 
 
 		 142 aa  211  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000690537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0809  colicin uptake protein TolR  82.39 
 
 		 142 aa  211  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.005244  normal  0.553409 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0782  colicin uptake protein TolR  82.39 
 
 		 142 aa  211  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000604041  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0842  colicin uptake protein TolR  82.39 
 
 		 142 aa  211  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000118866  normal  0.967316 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0873  colicin uptake protein TolR  82.39 
 
 		 142 aa  211  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0231291  normal  0.338899 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1236  colicin uptake protein TolR  87.88 
 
 		 143 aa  210  5.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.048565  normal  0.237365 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2897  protein TolR  87.12 
 
 		 142 aa  206  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000501773  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0761  colicin uptake protein TolR  87.12 
 
 		 142 aa  206  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121219  normal  0.932499 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0841  colicin uptake protein TolR  87.12 
 
 		 142 aa  206  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000322993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2917  colicin uptake protein TolR  87.12 
 
 		 142 aa  206  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000710621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0767  colicin uptake protein TolR  87.12 
 
 		 142 aa  206  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000440347  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0791  colicin uptake protein TolR  86.36 
 
 		 142 aa  204  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.53707e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0660  colicin uptake protein TolR  87.12 
 
 		 142 aa  204  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000013266  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00698  membrane spanning protein in TolA-TolQ-TolR complex  86.36 
 
 		 142 aa  204  4e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000297247  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00687  hypothetical protein  86.36 
 
 		 142 aa  204  4e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000428395  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0260  colicin uptake protein TolR  62.77 
 
 		 140 aa  158  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00469758  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  44.85 
 
 		 139 aa  113  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.86 
 
 		 145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.22 
 
 		 140 aa  106  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1729  tolR protein  43.48 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.71 
 
 		 148 aa  100  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.06 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1431  tolR membrane protein  38.46 
 
 		 146 aa  100  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.87088e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  41.55 
 
 		 151 aa  100  8e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  41.55 
 
 		 151 aa  100  8e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  38.81 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.06 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.06 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  38.81 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  38.81 
 
 		 144 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  37.86 
 
 		 145 aa  98.6  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.31 
 
 		 154 aa  97.4  6e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 		 144 aa  96.7  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  37.78 
 
 		 145 aa  95.9  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  39.26 
 
 		 145 aa  95.9  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.04 
 
 		 142 aa  95.5  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1896  TolR protein, membrane component  36.81 
 
 		 148 aa  95.1  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  41.41 
 
 		 142 aa  94.4  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.26 
 
 		 144 aa  94  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 		 144 aa  93.6  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003915  Tol biopolymer transport system TolR protein  34.97 
 
 		 147 aa  93.6  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0762164  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  38.81 
 
 		 144 aa  93.2  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.04 
 
 		 142 aa  93.2  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  40.29 
 
 		 146 aa  91.7  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.96 
 
 		 145 aa  91.7  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01608  hypothetical protein  34.97 
 
 		 147 aa  90.9  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0534  protein TolR  40.31 
 
 		 151 aa  90.9  6e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  40 
 
 		 142 aa  90.5  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  41.1 
 
 		 148 aa  90.5  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 		 149 aa  88.6  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  36.55 
 
 		 146 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  36.55 
 
 		 146 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  35 
 
 		 142 aa  87.4  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0947  protein TolR  37.04 
 
 		 144 aa  85.1  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.324869  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0896  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 		 151 aa  84.3  5e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000238629  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  39.23 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.51 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.14 
 
 		 138 aa  81.6  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  36.09 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  36.09 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01562  protein TolR  35.82 
 
 		 149 aa  80.5  0.000000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1066  TolR protein  36.03 
 
 		 145 aa  80.1  0.000000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 		 137 aa  80.1  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0412  TolR  34.81 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.127174  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  33.58 
 
 		 139 aa  79  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  36.67 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.67 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1762  protein TolR  34.81 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  35.11 
 
 		 150 aa  78.6  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1567  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 		 149 aa  77.8  0.00000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00086349 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.56 
 
 		 166 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 		 147 aa  77.8  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  36.03 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  38.58 
 
 		 156 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  35.94 
 
 		 150 aa  76.6  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  38.58 
 
 		 157 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  37.88 
 
 		 153 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  35.94 
 
 		 150 aa  76.6  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  33.81 
 
 		 152 aa  75.5  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  35.07 
 
 		 139 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.45 
 
 		 153 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1135  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.75 
 
 		 152 aa  75.5  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  33.33 
 
 		 150 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.67 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  34.21 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  33.81 
 
 		 140 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  34.21 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 		 167 aa  74.7  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  35.07 
 
 		 139 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  37.12 
 
 		 153 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>