More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2088 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  100 
 
 		 145 aa  288  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  83.22 
 
 		 144 aa  238  2e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  82.88 
 
 		 145 aa  236  9e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  77.62 
 
 		 145 aa  225  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  78.32 
 
 		 144 aa  222  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  77.46 
 
 		 142 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  76.22 
 
 		 144 aa  217  5e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  76.22 
 
 		 144 aa  217  5e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.83 
 
 		 144 aa  212  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  74.83 
 
 		 144 aa  212  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  74.83 
 
 		 144 aa  212  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  74.83 
 
 		 144 aa  212  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.13 
 
 		 144 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.24 
 
 		 142 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  75.52 
 
 		 144 aa  209  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  75.52 
 
 		 144 aa  209  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.54 
 
 		 140 aa  184  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1729  tolR protein  62.68 
 
 		 141 aa  164  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  56.93 
 
 		 139 aa  159  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.25 
 
 		 145 aa  149  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.26 
 
 		 145 aa  138  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.77 
 
 		 154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  49.23 
 
 		 142 aa  127  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.1 
 
 		 148 aa  127  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.1 
 
 		 149 aa  125  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  44.06 
 
 		 142 aa  125  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003915  Tol biopolymer transport system TolR protein  51.37 
 
 		 147 aa  124  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0762164  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  45.07 
 
 		 146 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  45.07 
 
 		 146 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01608  hypothetical protein  51.37 
 
 		 147 aa  123  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.32 
 
 		 148 aa  117  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.62 
 
 		 150 aa  116  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0412  TolR  46.32 
 
 		 147 aa  116  9e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.127174  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1762  protein TolR  46.32 
 
 		 147 aa  116  9e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3239  tolR protein  41.26 
 
 		 148 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  42.76 
 
 		 151 aa  115  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  42.76 
 
 		 151 aa  115  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1431  tolR membrane protein  45.52 
 
 		 146 aa  115  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.87088e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  44.22 
 
 		 154 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.22 
 
 		 154 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.69 
 
 		 149 aa  115  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.603451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  44.52 
 
 		 150 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.52 
 
 		 153 aa  111  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  43.84 
 
 		 150 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  44.85 
 
 		 146 aa  110  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  44.52 
 
 		 150 aa  110  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  45.93 
 
 		 148 aa  110  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  45.21 
 
 		 150 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  45.21 
 
 		 150 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1896  TolR protein, membrane component  42.47 
 
 		 148 aa  108  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0534  protein TolR  45.52 
 
 		 151 aa  107  6e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04990  TolR-like protein  42.03 
 
 		 147 aa  107  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0118688  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  44.53 
 
 		 150 aa  104  5e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.57 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1567  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.58 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00086349 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  36.5 
 
 		 139 aa  100  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  44.78 
 
 		 136 aa  99  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  44.78 
 
 		 136 aa  99  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1375  tolR protein  43.8 
 
 		 149 aa  98.2  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103721  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  42.34 
 
 		 142 aa  97.8  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  37.23 
 
 		 139 aa  97.4  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  44.6 
 
 		 149 aa  97.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  44.6 
 
 		 149 aa  97.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  44.6 
 
 		 149 aa  97.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  44.6 
 
 		 149 aa  96.7  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  44.6 
 
 		 149 aa  96.7  8e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  44.6 
 
 		 149 aa  96.7  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  44.6 
 
 		 149 aa  96.7  8e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0896  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.89 
 
 		 151 aa  95.9  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000238629  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1135  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.28 
 
 		 152 aa  95.9  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  43.07 
 
 		 142 aa  95.1  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.64 
 
 		 139 aa  95.1  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.99 
 
 		 149 aa  94.4  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0748  protein TolR  37.59 
 
 		 155 aa  94  7e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.031429  normal  0.177174 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  37.88 
 
 		 139 aa  93.6  8e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  39.58 
 
 		 152 aa  93.6  8e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2585  protein TolR  40.88 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  38.69 
 
 		 150 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0771  protein TolR  40.88 
 
 		 149 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0696  protein TolR  40.88 
 
 		 149 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.219875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.69 
 
 		 150 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3918  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.44 
 
 		 148 aa  92  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.833668  normal  0.0813936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0319  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 		 149 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0679  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 		 149 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57915  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0802  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 		 149 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  38.69 
 
 		 150 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  41.09 
 
 		 156 aa  91.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 		 149 aa  92  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1066  TolR protein  39.13 
 
 		 145 aa  91.7  3e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.09 
 
 		 156 aa  91.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0761  protein TolR  44.44 
 
 		 148 aa  90.9  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.156142  normal  0.243025 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0305  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.7 
 
 		 139 aa  90.5  6e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199404  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0733  putative TOLR-related transport transmembrane protein  41.54 
 
 		 144 aa  89.4  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0726  protein TolR  41.54 
 
 		 144 aa  89.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.784758  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.53 
 
 		 156 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2453  protein TolR  43.94 
 
 		 148 aa  89.4  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.69 
 
 		 152 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.57 
 
 		 138 aa  89  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  37.21 
 
 		 140 aa  89  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.38 
 
 		 139 aa  89  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0652382  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>