More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3511 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  100 
 
 		 139 aa  280  5.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  97.12 
 
 		 139 aa  274  4e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.88 
 
 		 139 aa  209  7e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  71.64 
 
 		 139 aa  204  3e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0205  biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.45 
 
 		 139 aa  189  8e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000105504  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3472  protein TolR  65.94 
 
 		 137 aa  167  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0578496  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3325  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.04 
 
 		 137 aa  160  6e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.110206  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.18 
 
 		 137 aa  158  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  56.12 
 
 		 144 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  50.76 
 
 		 140 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  52.89 
 
 		 143 aa  136  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  49.22 
 
 		 141 aa  131  3e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2163  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.07 
 
 		 131 aa  130  6e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0401461  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0748  protein TolR  51.24 
 
 		 155 aa  129  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.031429  normal  0.177174 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.8 
 
 		 144 aa  124  3e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.76 
 
 		 152 aa  124  5e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  46.62 
 
 		 150 aa  122  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  46.62 
 
 		 150 aa  122  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.62 
 
 		 150 aa  122  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  50 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0857  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.09 
 
 		 139 aa  120  7e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.345374  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  46.09 
 
 		 146 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.8 
 
 		 139 aa  118  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.15 
 
 		 149 aa  117  7e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  46.34 
 
 		 134 aa  116  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  43.08 
 
 		 155 aa  116  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  45.04 
 
 		 139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0840  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.03 
 
 		 137 aa  114  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0352738 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  43.57 
 
 		 138 aa  114  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  44.62 
 
 		 152 aa  114  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  43.48 
 
 		 146 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.96 
 
 		 154 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.44 
 
 		 151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.11 
 
 		 148 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.88 
 
 		 136 aa  111  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.41 
 
 		 158 aa  111  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  41.61 
 
 		 146 aa  110  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0135  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 		 156 aa  110  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.22 
 
 		 145 aa  110  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  43.9 
 
 		 150 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 		 140 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  42.28 
 
 		 151 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.85 
 
 		 154 aa  109  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.65 
 
 		 137 aa  109  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  42.28 
 
 		 151 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.44 
 
 		 151 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 		 142 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.26 
 
 		 159 aa  108  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  44.17 
 
 		 150 aa  107  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  44.17 
 
 		 150 aa  107  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.55 
 
 		 140 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  41.46 
 
 		 147 aa  107  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  41.79 
 
 		 148 aa  107  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  39.29 
 
 		 146 aa  107  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  39.29 
 
 		 146 aa  107  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  37.41 
 
 		 152 aa  107  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  43.94 
 
 		 150 aa  107  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.39 
 
 		 149 aa  106  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.86 
 
 		 149 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.26 
 
 		 162 aa  106  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.41 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 		 142 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 		 140 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.32 
 
 		 144 aa  105  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.31 
 
 		 138 aa  105  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.94 
 
 		 150 aa  105  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.55 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 		 140 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.35 
 
 		 148 aa  104  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3239  tolR protein  39.29 
 
 		 148 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1762  protein TolR  42.86 
 
 		 147 aa  105  3e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0412  TolR  42.86 
 
 		 147 aa  105  3e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.127174  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.46 
 
 		 154 aa  104  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  42.06 
 
 		 149 aa  105  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  41.73 
 
 		 167 aa  105  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  40.15 
 
 		 142 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.42 
 
 		 149 aa  104  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.71 
 
 		 142 aa  104  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.67 
 
 		 141 aa  103  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  43.44 
 
 		 156 aa  103  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.44 
 
 		 156 aa  103  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.32 
 
 		 143 aa  103  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  39.68 
 
 		 142 aa  103  9e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  39.39 
 
 		 142 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  39.39 
 
 		 142 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  39.39 
 
 		 142 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  39.39 
 
 		 142 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  39.39 
 
 		 140 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  39.39 
 
 		 142 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  40.8 
 
 		 147 aa  102  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  41.55 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  41.55 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.72 
 
 		 155 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  41.67 
 
 		 152 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  38.52 
 
 		 144 aa  100  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  40.16 
 
 		 173 aa  101  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  38.52 
 
 		 144 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  38.52 
 
 		 144 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>