More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2154 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 155 aa  303  5.0000000000000004e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  61.7 
 
 		 156 aa  153  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  62.32 
 
 		 157 aa  152  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  52.9 
 
 		 153 aa  146  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  52.9 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  52.9 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  50.76 
 
 		 147 aa  131  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  45.26 
 
 		 152 aa  127  7.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  51.2 
 
 		 152 aa  126  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  52.46 
 
 		 158 aa  125  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.66 
 
 		 147 aa  125  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  49.17 
 
 		 149 aa  120  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  47.11 
 
 		 151 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  47.11 
 
 		 151 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  52.07 
 
 		 145 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.97 
 
 		 149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  45.45 
 
 		 152 aa  118  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  51.24 
 
 		 147 aa  118  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.54 
 
 		 148 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.93 
 
 		 166 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.37 
 
 		 154 aa  116  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.24 
 
 		 151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  47.69 
 
 		 155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.03 
 
 		 151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.72 
 
 		 149 aa  115  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0272  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.97 
 
 		 149 aa  114  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  46.67 
 
 		 150 aa  112  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  48.36 
 
 		 148 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.83 
 
 		 150 aa  112  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.82 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  43.07 
 
 		 146 aa  111  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.11 
 
 		 139 aa  111  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  45.83 
 
 		 150 aa  111  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  45.83 
 
 		 150 aa  111  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  45.07 
 
 		 167 aa  111  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.14 
 
 		 173 aa  110  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  41.18 
 
 		 173 aa  110  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  44.44 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  39.39 
 
 		 139 aa  108  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  44.7 
 
 		 145 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.34 
 
 		 159 aa  107  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.45 
 
 		 149 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.63 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.63 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.46 
 
 		 144 aa  107  8.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  43.26 
 
 		 152 aa  106  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  44.44 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 167 aa  105  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  42.86 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.34 
 
 		 137 aa  105  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.51 
 
 		 149 aa  104  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.88 
 
 		 139 aa  104  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  36.92 
 
 		 139 aa  104  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  44.35 
 
 		 156 aa  104  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.35 
 
 		 156 aa  104  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.28 
 
 		 158 aa  103  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  40.6 
 
 		 139 aa  103  8e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  42.64 
 
 		 146 aa  103  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  40.58 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.35 
 
 		 156 aa  102  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  39.86 
 
 		 141 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4149  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.72 
 
 		 156 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0266463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  42.34 
 
 		 148 aa  103  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  40 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.18 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  39.86 
 
 		 141 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  36.15 
 
 		 139 aa  101  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  45.97 
 
 		 141 aa  101  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  39.86 
 
 		 141 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1309  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.09 
 
 		 135 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  39.13 
 
 		 141 aa  101  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1810  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.9 
 
 		 157 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48447  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  39.74 
 
 		 177 aa  100  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  38.41 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  38.41 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  38.41 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  38.41 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  38.41 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  38.41 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.34 
 
 		 137 aa  99  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  38.41 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  38.41 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  38.41 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  40.15 
 
 		 150 aa  98.6  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.84 
 
 		 142 aa  98.6  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2163  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 131 aa  98.6  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0401461  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0857  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 139 aa  97.4  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.345374  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  38.57 
 
 		 151 aa  97.4  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  37.21 
 
 		 176 aa  97.1  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  37.21 
 
 		 176 aa  97.1  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  37.21 
 
 		 176 aa  97.1  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  37.21 
 
 		 176 aa  97.1  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0840  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.7 
 
 		 137 aa  96.7  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0352738 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  40.8 
 
 		 140 aa  96.3  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  37.76 
 
 		 141 aa  96.3  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0921  biopolymer transport protein, ExbD  41.18 
 
 		 141 aa  95.9  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284427  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40.15 
 
 		 146 aa  95.9  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 		 154 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1268  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.99 
 
 		 156 aa  95.5  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0930334  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2306  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.99 
 
 		 156 aa  95.5  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426715  normal  0.290697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>