More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4753 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 149 aa  295  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  77.95 
 
 		 151 aa  208  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  78.74 
 
 		 151 aa  208  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  72.09 
 
 		 152 aa  192  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.09 
 
 		 149 aa  189  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  66.15 
 
 		 150 aa  180  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  66.15 
 
 		 150 aa  180  5.0000000000000004e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  65.38 
 
 		 150 aa  179  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  62.7 
 
 		 149 aa  169  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  61.9 
 
 		 152 aa  166  8e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  61.29 
 
 		 147 aa  154  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  60.48 
 
 		 145 aa  154  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  53.06 
 
 		 152 aa  154  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.25 
 
 		 144 aa  154  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  57.6 
 
 		 151 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  57.6 
 
 		 151 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  57.26 
 
 		 148 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.02 
 
 		 149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.37 
 
 		 149 aa  143  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.37 
 
 		 149 aa  143  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.59 
 
 		 147 aa  141  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  52.8 
 
 		 173 aa  138  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  50.68 
 
 		 167 aa  137  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  55.65 
 
 		 134 aa  137  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.48 
 
 		 166 aa  137  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.65 
 
 		 137 aa  133  8e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  52.03 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.76 
 
 		 154 aa  131  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.41 
 
 		 148 aa  131  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0272  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.8 
 
 		 149 aa  130  9e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  44.14 
 
 		 155 aa  129  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  46.92 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  48.06 
 
 		 156 aa  123  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.06 
 
 		 156 aa  123  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.36 
 
 		 159 aa  122  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 		 162 aa  122  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.06 
 
 		 156 aa  120  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.2 
 
 		 150 aa  119  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.97 
 
 		 155 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6883  putative TolR protein  50.35 
 
 		 159 aa  117  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604254  normal  0.0755944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  46.03 
 
 		 153 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  46.03 
 
 		 153 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  47.97 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  45.24 
 
 		 153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.6 
 
 		 173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1309  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.19 
 
 		 135 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45 
 
 		 154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 		 141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0146  protein TolR  46.03 
 
 		 150 aa  111  3e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  41.35 
 
 		 139 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  43.75 
 
 		 146 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  43.75 
 
 		 146 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1810  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.95 
 
 		 157 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48447  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  47.26 
 
 		 150 aa  110  9e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  41.91 
 
 		 139 aa  110  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  41.91 
 
 		 139 aa  110  9e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  45.65 
 
 		 139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4149  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.2 
 
 		 156 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0266463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  41.73 
 
 		 140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  45.14 
 
 		 157 aa  108  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.85 
 
 		 139 aa  107  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  44.27 
 
 		 156 aa  107  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.51 
 
 		 154 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.26 
 
 		 145 aa  106  9.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  44.96 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  40.32 
 
 		 143 aa  105  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 		 139 aa  105  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  47.18 
 
 		 146 aa  104  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  47.9 
 
 		 142 aa  104  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.96 
 
 		 148 aa  105  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0748  protein TolR  38.58 
 
 		 155 aa  105  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.031429  normal  0.177174 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.77 
 
 		 144 aa  105  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  43.2 
 
 		 141 aa  105  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.15 
 
 		 150 aa  104  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.74 
 
 		 136 aa  104  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.37 
 
 		 145 aa  104  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.21 
 
 		 141 aa  104  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.38 
 
 		 144 aa  103  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  44 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  44 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  44 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  44 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  44 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  44 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  44 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  44 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  44 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  45.16 
 
 		 142 aa  103  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  40.54 
 
 		 154 aa  103  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.54 
 
 		 154 aa  103  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  43.15 
 
 		 150 aa  102  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  47.37 
 
 		 145 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  41.18 
 
 		 140 aa  103  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.47 
 
 		 153 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  44.68 
 
 		 148 aa  102  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  40.77 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  43.15 
 
 		 150 aa  102  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  48.09 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  46.34 
 
 		 141 aa  101  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2163  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.65 
 
 		 131 aa  102  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0401461  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>