More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3974 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  100 
 
 		 154 aa  310  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 154 aa  310  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  91.78 
 
 		 150 aa  278  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  91.78 
 
 		 150 aa  275  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  91.78 
 
 		 150 aa  275  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  91.78 
 
 		 150 aa  275  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  87.01 
 
 		 153 aa  271  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  78.77 
 
 		 150 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  78.08 
 
 		 146 aa  230  5e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  78.08 
 
 		 146 aa  230  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  75.34 
 
 		 150 aa  230  6e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04990  TolR-like protein  56.38 
 
 		 147 aa  173  8e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0118688  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3239  tolR protein  56.16 
 
 		 148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.63 
 
 		 149 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.603451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.34 
 
 		 145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.26 
 
 		 148 aa  130  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  47.92 
 
 		 142 aa  126  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.95 
 
 		 142 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.94 
 
 		 144 aa  125  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.58 
 
 		 144 aa  124  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.52 
 
 		 140 aa  122  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.22 
 
 		 144 aa  121  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.22 
 
 		 144 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.22 
 
 		 142 aa  120  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  45.58 
 
 		 145 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.9 
 
 		 148 aa  118  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.54 
 
 		 154 aa  118  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  44.9 
 
 		 144 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  45.07 
 
 		 150 aa  117  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.22 
 
 		 144 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.54 
 
 		 144 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.9 
 
 		 149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  44.22 
 
 		 145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  41.33 
 
 		 148 aa  114  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  43.54 
 
 		 144 aa  115  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  46.04 
 
 		 142 aa  114  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  44.22 
 
 		 145 aa  115  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.54 
 
 		 144 aa  115  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  43.54 
 
 		 144 aa  115  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  43.75 
 
 		 139 aa  114  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  42.86 
 
 		 144 aa  113  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0412  TolR  43.26 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.127174  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1762  protein TolR  43.26 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  40.54 
 
 		 151 aa  111  5e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  40.54 
 
 		 151 aa  111  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  46.21 
 
 		 146 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.14 
 
 		 145 aa  109  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1135  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.24 
 
 		 152 aa  107  7.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  42.57 
 
 		 152 aa  105  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.07 
 
 		 166 aa  105  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0534  protein TolR  46.43 
 
 		 151 aa  105  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1729  tolR protein  44.9 
 
 		 141 aa  103  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  41.26 
 
 		 136 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  41.26 
 
 		 136 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  38.19 
 
 		 167 aa  101  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.62 
 
 		 149 aa  101  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1567  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.41 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00086349 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.03 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  36.11 
 
 		 152 aa  99.4  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  39.16 
 
 		 150 aa  97.8  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.16 
 
 		 150 aa  97.8  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.68 
 
 		 144 aa  97.8  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  39.16 
 
 		 150 aa  97.8  4e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  39.58 
 
 		 139 aa  98.2  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.87 
 
 		 176 aa  97.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.14 
 
 		 152 aa  97.8  5e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  39.55 
 
 		 141 aa  97.8  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.53 
 
 		 176 aa  97.1  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.53 
 
 		 176 aa  97.1  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.53 
 
 		 176 aa  97.1  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.53 
 
 		 176 aa  97.1  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.48 
 
 		 158 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  40.43 
 
 		 147 aa  96.7  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 		 141 aa  96.3  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  39.13 
 
 		 134 aa  96.3  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  38.81 
 
 		 141 aa  95.5  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.71 
 
 		 137 aa  95.1  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.42 
 
 		 143 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 151 aa  94.7  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  38.89 
 
 		 139 aa  95.1  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  41.04 
 
 		 142 aa  94.7  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  36.17 
 
 		 150 aa  94.4  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.77 
 
 		 143 aa  94.4  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  37.23 
 
 		 150 aa  94  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  44.12 
 
 		 141 aa  94.4  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  37.23 
 
 		 150 aa  94  6e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.05 
 
 		 147 aa  94  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.85 
 
 		 137 aa  93.6  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.43 
 
 		 158 aa  93.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.17 
 
 		 154 aa  93.2  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.94 
 
 		 139 aa  92  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003915  Tol biopolymer transport system TolR protein  39.86 
 
 		 147 aa  92.8  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0762164  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  35.92 
 
 		 140 aa  92  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  41.18 
 
 		 141 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  36.67 
 
 		 143 aa  91.3  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  36.67 
 
 		 143 aa  91.3  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.84 
 
 		 139 aa  91.3  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  35.42 
 
 		 138 aa  90.9  5e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  40.29 
 
 		 152 aa  90.9  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  36.67 
 
 		 143 aa  91.3  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>